Иосиф Флавий рассказывает о единственном, но характерном случае, когда мужество покинуло Ирода. В начале похода один из мулов оступился и его мать едва при этом не погибла. При виде этого отчаяние Ирода было настолько велико, что он выхватил свой меч и готов был поразить себя. Только убеждения его спутников, что он не имеет права покинуть их в самый трудный момент, удержали его от этого шага. К счастью, мать его скоро оправилась и беглецы продолжили свой путь. Движение, конечно, замедляли столкновения с преследователями. Ироду пришлось вступить в ожесточённую схватку с парфянами, которых поддерживали их иудейские союзники. Сражение было очень тяжёлым, но закончилось полным разгромом нападавших. Уже став царём, Ирод приказал воздвигнуть на этом месте, расположенным на расстоянии 60 стадий (прим. 11 км) от Иерусалима, великолепную крепость с роскошным дворцом, названную им Ирадион (Геродион). После этого дела беглецов пошли лучше. Теперь уже к Ироду стали присоединяться многие сторонники, а в Идумее к нему со значительными силами присоединился его брат Иосиф. Общая численность отряда Ирода насчитывала уже около девяти тысяч человек. Посовещавшись, братья решили укрыть в неприступной и хорошо снабженной крепости Масаде женщин, а для их охраны отрядить самых надёжных и стойких воинов, всего примерно 800 человек. Остальных Ирод распустил, снабдив каждого деньгами и продовольствием. После этого Ирод направился в Петру, столицу набатейского царства, надеясь на помощь его царя Малха.
Тем временем после бегства Ирода парфяне окончательно сбросили маску посредников и доброжелателей. Они стали безжалостно грабить Иерусалим и, прежде всего, царский дворец. Правда, Ирод сумел заблаговременно скрыть свои личные богатства в Идумее, и парфянам мало что досталось. Обманутые в своих ожиданиях, они стали грабить окрестности города и другие местности, том числе и столицу Идумеи — богатый город Марису. Однако желая закрепить свою власть, парфянский царь провозгласил иудейским царём Антигона, передал ему не разграбленным личное достояние Гиркана — 300 талантов и выдал ему на расправу Фазаэля и самого Гиркана. Судя по рассказу Иосифа, закованный в цепи Фазаэль, не желая подвергаться унижениям, покончил с собой, размозжив голову о каменную стену своей темницы. Последним утешением этого мужественного человека было переданное ему тайное сообщение о том, что Ирод избежал гибели и может успешно продолжать борьбу.
Расправа с Гирканом была жестокой и позорной. По одному сообщению, он бросился к ногам Антигона, униженно прося о пощаде. В ответ новопровозглашённый парфянами царь в злобе лично отгрыз своему дяде уши (по другому сообщению, он приказал отрезать Гиркану уши). В любом случае Гиркан лишился возможности оставаться Первосвященником, поскольку закон требовал, чтобы Первосвященник обладал телесным совершенством. Хотя Антигон не выполнил своего обещания парфянам о передаче 500 пленниц, они утвердили его в качестве иудейского царя в Иерусалиме, а искалеченный Гиркан в оковах был увезён в далёкую Парфию.
Всего этого, конечно, не знал Ирод, направлявшийся в Набатею. Как было уже сказано ранее, это царство было связано давними и длительными интересами с семейством Антипатра. Кроме того, в этой стране семья имела значительные финансовые интересы, поскольку Набатея была важным посредником в международной торговле между Средиземноморьем и странами Востока, в том числе и Дальнего. Ирод явно рассчитывал получить там хотя бы часть денег, вложенных его отцом в торговые операции, или просто получить деньги в долг, чтобы выкупить брата Фазаэля. Речь шла о весьма большой сумме в 300 талантов, причём в качестве залога он даже хотел оставить набатейцам семилетнего сына Фазаэля. Возможно также, Ирод рассчитывал вообще укрепить союз с набатейским царём Малхом (58–28 гг. до н.э.).