Однако Самария для Иудеи имела также и важное стратегическое значение, через нее шли важные пути сообщения. Это объясняет тот факт, что после включения её в состав Хасмонейского царства его правители пытались иудаизировать самаритян. Иудейский царь Иоанн Гиркан даже разрушил их священный храм на горе Гаризим, который они почитали вместо горы Сион. Для закрепления контроля над Самарией был построен ряд крепостей и опорных пунктов, самой важной была сооруженная на юго-востоке области крепость Александрион (Сарбата). Построенная на горе, она была важным стратегическим пунктом, гарнизон которого мог контролировать долину Иордана.
Население этой важной в стратегическом и экономическом отношении исторической территории было весьма сложным и пестрым по составу. Как было уже отмечено, значительное количество иудеев расселилось там в послепленный период и особенно в период правления Хасмонейских царей. Однако всё же самый большой процент населения составляли самаритяне. Правда, к сожалению, пока нельзя точно выявить отличие поселений самаритян от поселений иудеев. Гораздо проще по остаткам культа богов определить поселения язычников. Последних в Самарии было заметное число, поскольку известно, что ещё Александр Македонский превратил главный город области Самарию в македонскую военную колонию. Эллинистическое население, несомненно, увеличилось во время правления в Палестине Птолемеев и Селевкидов. Пережив трудные времена под властью Хасмонеев в составе независимой Иудеи, эта часть населения укрепила свои позиции при господстве римлян, заинтересованных в увеличении лояльного к ним населения. Таким образом, в области проживали три группы населения, явно недружелюбно относящиеся друг к другу. Однако именно она стала надёжным оплотом Ирода. Поскольку ничего не сообщается о волнениях и беспорядках, то надо признать, что иудейский царь наряду с полководческими проявил отличные дипломатические и организационные способности.
Обеспечив себе тыл, Ирод направляется в Галилею, чтобы овладеть последними опорными пунктами Антигона, главным из которых была крепость Сепфорис (Циппори). Стремительный марш к этой твердыне не задержала даже снежная буря, поскольку зима 39/38 года до н.э. была особенно суровой. По причине того, что или само имя царя уже внушало страх, или из нежелания сражаться за дело Антигона гарнизон Сепфориса, не дожидаясь осады, просто разбежался. Ироду достались большие склады продовольствия, что помогло быстро восстановить силы его измученных бурей войск. Далее он, не теряя времени, выступил на восточную границу Галилеи с Сирией против «разбойников», скрывавшихся в пещерах Хермонского горного хребта. Как пишет Иосиф Флавий, необходимость этого похода была вызвана набегами этих воинственных горцев, «опустошавших большую часть страны, приводя её в такое состояние, в какое не привела бы даже война» (ИД. Т. 2. С. 52).
Трудно определить этническое и социальное происхождение этих «разбойников». Есть основания полагать, что частично это были бежавшие сторонники Антигона галилеяне, смешавшиеся с местными горными племенами. Во всяком случае нет сомнения в их боевом духе и способности вести как регулярную войну, так и партизанскую. В первом же сражении в открытом поле у деревни Арбела на берегу Тивериадского озера только с большим трудом отряду Ирода удалось одержать победу, после чего «разбойники» бежали в труднодоступные тогда места в верховья Иордана, а многие укрылись с семьями в горных пещерах. Добраться до них при том уровне техники представляло весьма трудную задачу. Пещеры были расположены в склонах почти отвесных скал, а все подходы к ним представляли собой узкие горные тропы по краям глубоких пропастей. Снабженные большим количеством продовольствия, обитатели этих естественных укрытий могли держаться очень долго. Здесь Ирод проявил свою изобретательность. По его приказу было сооружены окованные железом платформы типа современных подвесных строительных «люлек». Эти «люльки» с размещёнными на них воинами спускали на цепях к устью пещер. Солдаты Ирода были снабжены особыми баграми, с помощью которых они старались сбросить защитников пещер в пропасть и ворваться в пещеры. Успех такой тактики был полным. Однако Иосиф Флавий, подробно описывающий эту операцию и отвагу солдат Ирода, все же отмечает, что сам царь неоднократно предлагал осажденным сдаться, обещая милость и прощение. Многие «разбойники» приняли это предложение и подчинились ему. Как особый случай Иосиф Флавий описывает фанатизм одного из осаждённых. Глава семейства, несмотря на мольбы своей семьи, встал у входа в пещеру, убил последовательно своих детей и жену, а затем сам бросился вслед за ними в пропасть. Всё это время царь лично, стоя на платформе, протягивал к нему правую руку, «умолял его пощадить собственных детей», обещая ему и его семье полную безопасность (ИВ. С. 53). В ответ фанатик отвечал царю дерзкими словами, надсмехаясь над его «слабодушием». Интересно, что в варианте рассказа об этом эпизоде в «Иудейских древностях» «разбойник» обвинял Ирода в «низком происхождении» (ИД. Т. 2. С. 121). Такие обвинения характерны для Антигона и его сторонников, однако отсутствует другой пункт — обвинение в «неполноценном еврействе». Отсюда очевидно, что утверждение Антигона о «полуеврействе» Ирода годилось только для ушей ничего не смыслящих в иудейских делах римлян, но для иудеев, даже весьма враждебных царю, тогда такое утверждение выглядело бы слишком абсурдным.