А в Путивле воинские и посадские люди подняли восстание против Шуйского. В начале XVII века Путивльский полк был немалым, в нём числилось 338 человек, вооружённых огнестрельным оружием (100 конных детей боярских, 138 конных казаков и 100 стрельцов). Мало того, путивльские посадские люди ещё в прошлом 1605 году, встав на сторону царевича Димитрия, и хорошо вооружившись, усилили гарнизон города до тысячи трёхсот человек.
Сам Путивльский воевода князь Григорий Петрович Шаховской – один из зачинщиков восстания не единожды говаривал, де «царь Димитрий жив есть, а живет в прикрытии: боитца от изменников убивства». Путивличи верили князю-воеводе. Избрали они своим предводителем сотника из Епифани Истому Пашкова. В помощь Истоме поставили явившегося из Самбора казачьего атамана Ивана Болотникова. Ходили слухи, что Болотников самолично видел в Самборе спасшегося царя Димитрия и привёз от него грамоту, запечатленную «красной государевой печатью». Да и сам Болотников поведал, что де не раз бывал во дворце в Самборе и беседовал с человеком, который назывался царём Димитрием. Тот часто появлялся в монашеском платье, подробно рассказывал о своём царствовании на Москве и своём «чудесном спасении». Опасаясь врагов, тот человек тайно уходил и скрывался в местном латинском монастыре. Наконец, он снабдил казачьего атамана грамотой с царской печатью и отправил его ко князю Шаховскому в Путивль. Теперь Пашков и Болотников готовились к походу на Кромы.
Весть эта стремительно разнеслась по южным городам России. Путивль поддержали: Чернигов, Новгород-Северский, Рыльск, Стародуб, Кромы, Курск, Елец. Повстанческое войско, ещё в прошлом году получившее хорошее вознаграждение и распущенное по домам царём Димитрием, сохранило свой костяк и оружие. Возродилось оно в считанные дни. Служилые воинские люди, узнав о том, что на Москве произошёл переворот, сами добровольно стали стекаться к Путивлю. Вероятно, туда же из-под Валуёк или от Царёва-Борисова двинулись и отдельные отряды служилых людей из соединения воеводы Фёдора Шереметева, которое царь Димитрий направил на юг (для совместного похода на Азов) ещё в ноябре 1605 года. Никто не верил, что царь Димитрий убит. Служилый люд поднялся, чтобы восстановить на Москве законного государя.
Одно из воеводских донесений южных городов в Разрядный приказ в начале лета 1606 года звучало так: «Собрались украинных городов воры-казаки, и стрельцы, и боярские холопи, и мужики, а побрали себе в головы таких же воров – епифанца Истому Пашкова со товарищи».
Ещё одним важным центром сопротивления Шуйскому стал Елец. Древний город этот был немалой крепостью у границ со степью. Уже с начала XIII века Елец являлся «воротами» в Дикое поле. К началу XVII века в Елецком полку насчитывалось около тысячи сабель и копий. Под рукой Елецкого воеводы верхоконными были 150 детей боярских и 600 казаков. Все эти конные были вооружены как холодным, так и огнестрельным оружием. Остальная часть полка – 250 человек стрельцов и пушкарей. Немалое профессиональное воинство! Готовясь к наступлению на Азов, царь Димитрий приказал укрепить Елец и сосредоточил там немалые запасы продовольствия и оружия. И вот в июне 1606 года Елец восстал против Шуйского. С первых дней восстания ельчане постарались заручиться поддержкой вольных казаков. Их гонцы, посланные «на вольные реки», собрали там несколько тысяч бойцов.
После годичного перерыва Гражданская война в России вспыхнула с новой силой.
Владыка Филарет привёз обретенное в Угличе, в Москву спустя три дня после венчания на царство Василия Шуйского. «Новый царь» и бояре отправились пешком, чтобы встретить обретенные мощи «царевича». Встреча произошла на Ярославской дороге под Москвой. Духовенство и толпы народа сопровождали Шуйского и бояр. «Новый царь» настоял, чтобы инокиня Марфа также встречала гроб с останками «сына». В Подмосковье стоял солнечный, но прохладный июньский день. Дул лёгкий восточный ветерок. Тополя, клёны и берёзы оделись розово-зеленеющей дымкой молодых листочков. Попахивало древесной смолой, печным дымом. На деревах ещё весело щебетали и пели птицы.
Когда гроб подвезли к толпам встречающих, Филарет и духовенство отслужили короткий молебен. Боярство, служилый люд и простонародье стояли без шапок и творили крестное знамение. На лицах людей читались тревога, задумчивость, напряжение. Многим казалось, что вот-вот произойдёт что-то непонятное, неожиданное. Окончив молебен, Владыка благословил. Люди стали торопливо креститься. Взгляды многих обратились на старицу Марфу. Но лик монахини был холоден и непроницаем. Когда открыли крышку, то все узрели, что отрок, лежавший во гробе светел ликом. Тление не коснулось его. Легкий запах миро стал наполнять воздух. Творя крестное знамение, все увидели, что инокиня Марфа, приблизившись ко гробу, перекрестилась, взглянула на покойного, неслышно прошептала молитву и безмолвно отступила назад. В тот день она не произнесла ни слова. Народ зароптал.