Кажется, Иоанн имеет право гордиться собой. Он явным образом превосходит земщину, переданную в полную власть своевольным, своекорыстным князьям и боярам, этим “волкам”, по выражению ремесленных и торговых людей, превосходит и организацией воинских сил, и очевидным процветанием хлебопашества, солеварения, рыбного промысла и торговли в очищенных от воровства и разбоев опричных владениях, которых никто не собирается и не смеет не то что бы разорять, как проделывали испокон веку родовитые наместники в прежде беззаконные времена, а тронуть хоть пальцем, на этот счёт Иоанн устанавливает в особном дворе твёрдый и жёсткий порядок, оттого и результат налицо.
Всё-таки “туча темна и стала красна, аки огнена” оборачивается тёмным знамением. Незадолго до её восхождения на московские давно уже неясные небеса с кафедры первосвятителя внезапно возвращается в Чудов монастырь митрополит Афанасий, ничем не отметивший своё пребывание на столь высоком посту, уходит, может быть, из честного сознания своей неспособности руководить духовной жизнью всего Московского царства, а как он сам говорит, по своим немощам, что тоже могло приключиться, поскольку он человек пожилой. Зато абсолютно не похожи на правду измышления беглого князя, который доносит доверчивому потомству, будто Афанасий покидает кафедру от стыда и полнейшего несогласия с Иоанном, которому не может простить невиданных ужасов, творимых разнузданными опричниками, хотя те ужасы пока ограничиваются несколькими казнями и переселениями на службу полутора сотен князей и бояр, не желающих служить где велят, тем более служить в открытой для нападений, порубежной Казани, и всего год спустя возвращённых, как полагается по обычаю, к родным очагам. Ещё невероятней дальнейшие россказни заведомого клеветника, будто Иоанн предлагает возвести в сан митрополита казанского архиепископа Германа, известного насильственным обращением в православие казанских татар, черемис и мордвы, из боярского рода Садыревых-Полевых, стало быть, прочно связанного с недовольным боярством. Герман будто отказывается, затем соглашается, даже переселяется на митрополичье подворье в Кремле, однако два дня спустя тихими, понятое дело, речами пытается устыдить Иоанна и побудить его к восстановлению прежнего, доопричного, привольного житья-бытья с грабежами наместников и правом служить где хочу, а главное прекратить гонения и жестокости, то есть, выходит, не отправлять на службу тех князей и бояр, которые почитают опалой служить в глухомани. Иоанн будто выслушивает эти тихие, по уверению беглого князя, безусловно правдивые речи, однако его жаждущие новой крови приспешники во главе, а как же иначе, с Алексеем Басмановым, которого беглый князь ославил антихристом, нашёптывают ему, что этот поп обернётся похуже Сильвестра, поскольку для беглого князя лучше и выше Сильвестра нет никого. Иоанн будто бы распаляется от этих нашёптываний, изгоняет преосвященного Германа из митрополичьих палат, непотребно бранясь: “ты ещё и на митрополию не возведён, а уже связываешь неволей меня”, и повелевает, тут в показаниях беглого правдолюбца выходит заминка, не то отравить непокорного пастыря, не то удавить, вопреки исторически достоверному факту, что отравленный или удавленный Герман благополучно присутствует на освящённом соборе, где подаёт свой голос за нового митрополита, и кончает дни своей смертью шестого ноября 1567 года, полтора года спустя после того, как его повелел отравить или удавить мерзопакостный царь и великий князь Иоанн, тотчас видать, до какого безобразия докатился сей озлобленный человек, изменник, предатель, беглец, водивший против собратьев чужие полки, сжигавший православные храмы, разрушавший монастыри, причём никто нигде и никогда более не упоминает, кроме него, о нелепо придуманном происшествии с Германом.
Избрание нового митрополита происходит и проще по сопровождающим его обстоятельствам, и с истинной терпимостью со стороны Иоанна, который уж если бы захотел вытолкать взашей служителя церкви, так, верно, скорее должен бы вытолкать нового претендента возглавить русскую православную церковь.