В городе решили, что во дворце начался пожар. Народ повалил на дворцовый двор. Первыми прибежали братья царицы, Михаил и Григорий. Мария, устав избивать Волохову, но еще не утолив своего гнева, передала полено Григорию, который продолжил охаживать нерадивую мамку по бокам. Затем явился дядя царицы Андрей Александрович Нагой. Когда на дворе начала скапливаться толпа, он взял тело царевича, отнес его в церковь Спаса и был при нем «безотступно», «чтобы кто царевичева тела не украл». В это время Мария и Михаил стали возбуждать сбежавшийся народ, крича, что царевича зарезали Битяговские, отец и сын, Осип Волохов, Никита Качалов и дьяк Данила Третьяков. Другой дядя царицы Григорий Александрович Нагой, прибывший во дворец одним из последних, услышал уже, что «царевич, сказывают, зарезан, а того не видал, кто зарезал».
Дьяк Михаил Битяговский в это время обедал у себя дома вместе с попом Богданом, духовным отцом Григория Федоровича Нагого. Когда зазвонили в колокола, дьяк послал людей проведать, не пожар ли. Они вернулись, сказав, что сытник Кирилл Моховиков, назвавшись очевидцем несчастного случая, «подал весть», что царевич зарезался.
Битяговский бросился во дворец. Ворота были закрыты, но Кирилл Моховиков отпер их ему, подтвердив, что царевича не стало. По двору метались посадские люди с рогатинами, топорами, саблями. Битяговский побежал в покои царицы – «чаял того, что царевич наверху», но, не найдя никого, спустился вниз. Здесь его заметили дворовые и посадские люди и окружили. Он спросил их: для чего они с топорами и рогатинами? Вместо ответа они стали гоняться за ним и Данилой Третьяковым, который тоже оказался во дворе. Беглецы думали спастись, запершись в Брусяной избе, но толпа «высекла двери», выволокла дьяков из избы и убила обоих. Убили также человека, который выказал сочувствие к Волоховой.
Авдотья Битяговская показала, что велели убить ее мужа братья царицы, Михаил и Григорий, раздраженные постоянными ссорами с ним: Битяговский бранился с Михаилом Нагим за то, что тот «добывает беспрестанно ведунов и ведуний к царевичу Дмитрию» и что он с братом приютили ведуна Андрюшку Мочалова, который гадает им, сколь долговечны государь и государыня.
После убийства Михаила Битяговского с Данилой Третьяковым разделались с Данилой Битяговским и Никитой Качаловым, которые укрылись в Дьячной избе: они тоже были «выволочены» и «побиты до смерти». Затем начали грабить дворы убитых.
«… А на Михайлов двор Битяговского пошли все люди миром, и Михайлов двор разграбили, и питье из погреба в бочках выпив, и бочки кололи» (показания Данилко Григорьева, дворцового конюха).
Вдову Битяговского сильно избили, а подворье разграбили «без остатку». В Дьячной избе разломали «коробейки» и украли 20 рублей государственных денег. При этом убили еще троих людей Михаила Битяговского и двоих – Никиты Качалова; а посадского Савву плотника с шестью товарищами Михаил Нагой приказал лишить жизни за то, что они толковали, будто дьяки убиты «за посмех» (то есть напрасно). Подьячие Третьятко Десятый, Васюк Михайлов, Терешка Ларивонов, писчики Марко Бабкин и Ивашка Ежов, упрекнувшие посадских людей, что зря убили дьяков, услыхали в ответ: «Вам-де от нас то же будет!» – испугались и убежали за город в лес, дожидаться приезда государевых людей. Туда же потянулись многие горожане, опасавшиеся за свои жизни.
Осипа Волохова убили одним из последних. Приехвший по набату в город игумен Алексеевского монастыря Савватий еще застал его в живых около шести часов вечера. Толпа привела Осипа в церковь Спаса, куда зашел Савватий, чтобы повидаться с царицей. Мария стояла у гроба сына; Осип скрывался за одним из столпов храма. Мария указала на него Савватию, как на соучастника убийства царевича. Когда игумен вышел, толпа набросилась на Осипа; его дворовый человек Васька кинулся на тело господина, прикрывая его собой, – так убили и его.
Последней жертвой рассвирепевшей толпы была «женочка юродивая», жившая на дворе у Михаила Битяговского и часто хаживавшая во дворец «для потехи царевичу». Царица приказала ее убить два дня спустя за то, что «та женка царевича портила».
Три дня Углич находился в руках Нагих. Вокруг города на телегах ездили их дворовые люди, по дорогам, ведущим в Москву, были разосланы верховые, чтобы никто не мог подать весть государю об их злодеяниях. Перед приездом следователей Нагие решили скрыть следы своей измены и направить следствие по ложному пути. Городовой приказчик Русин Раков добровольно признался, что был вовлечен в этот заговор Михаилом Нагим, который вечером 18 мая шесть раз вызывал его к себе и, имея за спиной толпу дворни, заставлял его целовать крест: «буде ты наш» – и просил «стоять с нами заодно». Раков волей-неволей согласился. Михаил приказал ему «собрать ножи» и «положить на тех побитых людей», – как доказательство их злых намерений. Раков взял в торговом ряду и у посадских несколько ножей, со двора Битяговского – железную палицу, да свою саблю дал ему Григорий Нагой. Оружие вымазали в куриной крови и положили у трупов Михаила Битяговского, его сына, Никиты Качалова, Осипа Волохова и Данилы Третьякова. Рядом с одним убитым человеком Битяговского положили даже самопал. Несмотря на это разоблачение, Михаил Нагой упорно настаивал, что царевич убит Битяговским с товарищами, а сам он ни в чем не повинен.