Так повествуют об этом событии все русские летописцы. Вероятно, в этих рассказах содержится изрядная доля преувеличения, поскольку они создавались в то время, когда официальная традиция уже рассматривала Годунова, как властолюбивого преступника, старавшегося всеми правдами и неправдами утвердиться на московском престоле. Во всяком случае комедия с избранием была разыграна не только по одной личной прихоти Бориса; это была уловка, при помощи которой он хотел уклониться от навязываемых ему боярами условий. Одно современное известие говорит, что бояре добивались, «чтобы он государству по предписанной грамоте крест целовал», то есть подписал некий акт, ограничивающий его власть. Таким образом, затянувшееся избрание на царство было, так сказать, войной нервов: бояре молчали, ожидая, что Борис сам заговорит с ними о крестоцеловании, а Годунов отмалчивался, не уступая и не отказываясь прямо, в надежде, что Земский собор выберет его без всяких условий. Борис перемолчал бояр, но тем самым подготовил свою будущую гибель, поставив себя в оппозицию родовой знати, все еще могущественной, несмотря на опричный разгром. Современники прямо объясняют несчастья Бориса и его семьи негодованием чиноначальников всей Русской земли, от которых «много напастных зол на него восстало».
Венчание на царство состоялось 1 сентября. В церкви Борис громко сказал патриарху поразившие всех слова: «Бог свидетель, отче, в моем царстве не будет нищих и бедных». Затем, дернув ворот рубашки, он добавил: «И эту последнюю разделю со всеми!»
И действительно, царствование Бориса открылось невиданными щедротами и милостями. Крестьяне были освобождены на один год от уплаты податей, а инородцы – от ясачного платежа; купцы получили право беспошлинной торговли сроком на два года, служилым людям выдали разом годовое жалованье. Закрылись кабаки, где народ пропивался до исподнего, сидевшие в тюрьмах вышли на свободу, опальные получили прощение, казни прекратились совсем, вдовы, сироты и нищие получили вспоможение. Царь строил новые города – Цивильск, Уржум, Царево – Кокшайск, Саратов, Царицын, укреплял старые, украшал Москву, «как невесту», по выражению патриарха Иова. Даже недоброжелатели Бориса отмечали, что он «всем любезен бысть» и что в первые два года его царствования Россия цвела всеми благами.
И вдруг все изменилось. В 1600 году возобновились опалы. Особое ожесточение Борис проявил по отношению к Бельскому и семье Романовых. Бельского привезли в Москву и били кнутом; кроме того, Борис приказал своим немецким докторам выщипать ему бороду. Четырех братьев Романовых обвинили в стремлении «достать царство» и отравить Бориса. Старшего, Федора Никитича, постригли в монахи под именем Филарета; его жену вместе с детьми, среди которых находился малолетний Михаил – будущий основатель династии, сослали в Пермскую волость. Прочих братьев рассеяли по отдаленным городам. Ссылка постигла и дьяка Василия Щелкалова (его брат Андрей был удален от дел еще в 1593 году). Царицу Марфу, вдову Грозного, которой в последние годы царствования Федора было разрешено жить в Москве, отослали в дальний монастырь, верст за 600 от столицы. Впрочем приставам, назначенным следить за ссыльными, было приказано заботиться о безопасности поднадзорных и их безбедном содержании, но в то же время строжайше предписывалось следить, чтобы они не общались ни с одной живой душой и ни с кем не переписывались, словно Борис стремился пресечь тайные сношения бояр с кем-то. Тогда же Годунов распорядился сделать перепись монахов по монастырям.
На этом царь не успокоился. Шпионство и доносы приобрели необыкновенный размах, сопровождаясь пытками, казнями и разорением домов. Стало страшно упоминать само имя Бориса – за одно это царевы соглядатаи хватали людей и тащили в пыточную. Сам царь спрятался во дворце и почти не появлялся перед народом. Сначала никто не мог понять причину этих погромов. Было ясно, что Борис кого-то ищет, и этот неведомый кто-то, представляет большую угрозу для царя. Потом распространился слух, что около 1600 года в Литву ушел некий юноша, и будто бы это не кто иной, как царевич Дмитрий, чудесно спасшийся от убийц, подосланных Годуновым. Это известие, как молния, осветило умы людей, тайная причина гонений стала ясной. Француз Жак Маржерет, служивший тогда в иноземной гвардии Бориса, определенно говорит в своих записках, что пытки и доносы начались из-за «распространившихся в народе слухов о живом Дмитрии».