Согласно рассказу, с небольшими изменениями повторяемому в большинстве русских летописей и житии св. Дмитрия, Годунов, добиваясь трона, несколько раз пытался избавиться от царевича. Покушения на его жизнь начались почти сразу же после приезда Нагих в Углич. Сначала Борис действовал при помощи яда, но после безуспешных попыток отравить Дмитрия, решился пролить невинную кровь младенца. Организатором убийства стал окольничий боярин Андрей Петрович Клешнин, ближайший доверенный Бориса. С большим трудом ему удалось найти людей, взявшихся исполнить задуманное преступление. Это были дьяк Михаил Битяговский, его сын Данила и племянник Никита Качалов; в Угличе, куда они приехали в 1591 году, к ним примкнули мамка царевича Василиса Волохова и ее сын Осип. Царица Мария, чуя неладное, удвоила бдительность, но не смогла уберечь сына. В субботу 15 мая, около полудня, мамка, улучив момент, когда царица отвлеклась, вывела Дмитрия во двор. Здесь его уже поджидали убийцы. Осип Волохов подошел к ребенку и нанес ему удар ножом в шею. Однако тяжелое золотое оплечье, усыпанное драгоценными камнями, спасло Дмитрия от немедленной смерти. Кормилица Арина Жданова подняла крик, и Осип поспешно бежал со двора, оставив свою жертву на руках у преданной женщины. Тогда Качалов и Данила Битяговский, избив кормилицу до полусмерти, вырвали Дмитрия из ее объятий и прикончили его. Прибежавшая на крик царица застала сына уже мертвым. Тем временем сторож церкви Спаса, видевший все с колокольни, ударил в набат. Михаил Битяговский хотел остановить его, но, не сумев открыть запертую дверь на колокольню, пошел на дворцовый двор, куда уже сбежался народ. Дьяк попытался отвести обвинение в убийстве царевича от своих сообщников, уверяя толпу, что Дмитрий зарезался сам в припадке падучей. Ложь не помогла; угличане бросились на него, умертвили, а затем расправились с остальными убийцами и их предполагаемыми соучастниками, которые перед смертью покаялись и назвали имя главного виновника злодеяния – Бориса Годунова. Волохову оставили в живых для дачи показаний. В Москву был послан гонец с известием о случившемся. Но царь Федор Иванович узнал страшную новость не от него, а от Бориса, который исказил истину и отговорил царя от поездки в Углич, под предлогом того, что в его окрестностях свирепствует мор. Следственная комиссия, состоявшая из преданных Годунову людей, ввела царя и собор в заблуждение; разгром Углича окончательно скрыл следы преступления.
Версия об убийстве Дмитрия долгое время обладала всеми преимуществами официальной точки зрения, за чью достоверность ручались государство, церковь и наука. Между тем она содержит в себе столько уязвимых мест, что ее почти трехвековое господство в российской исторической науке может быть объяснено только вмешательством цензуры.
Здесь уместно вспомнить один малоизвестный случай из жизни Н. М. Карамзина, рассказанный профессору Н. М. Павлову его коллегой, историком М. П. Погодиным. По словам последнего, в 1823 году, накануне выхода X тома «Истории государства Российского», он побывал в Петербурге в гостях у Карамзина и услышал от него буквально следующее:
– Радуйтесь, – сказал великий историограф, – теперь уже скоро прочтете мой новый том – и Борис Годунов оправдан! Пора наконец снять с него несправедливую охулку.
«Понятно, с каким нетерпением ждал я выхода книги, – рассказывал Погодин Павлову. – Когда наконец получил ее, со страхом и трепетом приступил к чтению. Подхожу к страницам о происшествии в Угличе. Читаю – и глазам не верю. Все навыворот тому, о чем сам он мне говорил с таким восхищением… И вот десятки лет прошли с тех пор, а я всякий раз, как перечитываю этот заколдованный том, слышу – как сейчас звучат они у меня в ушах, – слышу тогдашние его слова. Не могу забыть, не могу и объяснить… Загадка для меня!»
Павлов в ответ возразил, что Карамзин пошел наперекор своим научным убеждениям вполне добровольно, следуя тому взгляду на роль научной критики, который он высказал еще в 1803 году в своей известной статье: «Исторические воспоминания и замечания на пути к Троице». Упомянув в ней о месте погребения Годунова и обо всем, что связано с этим именем, Карамзин писал далее: «Русскому патриоту хотелось бы сомневаться в сем злодеянии… Что если мы клевещем на сей пепел, если несправедливо терзаем память человека, веря ложным мнениям, принятым в летопись бессмыслием или враждою?» И однако же, словно стараясь заглушить в себе вдруг нахлынувшие сомнения, он заключил свои рассуждения довольно странной для историка мыслью: «Но что принято, утверждено общим мнением, то делается некоторого рода святынею; и робкий историк, боясь заслужить имя дерзкого, без критики повоторяет летописи».