Вскоре ситуация в Кремлевском дворце начала меняться. В начале 1679 года со смертью царевны Ирины Михайловны женская йоловина царской семьи освободилась от «старорежимной» тирании. Вздохнул с облегчением и царь Федор, которому не нужно было теперь следовать указаниям жесткой и волевой ревнительницы старины. Уже в следующем месяце государь поспешил организовать дворцовую типографию под руководством Симеона Полоцкого. Это был первый серьезный шаг к возвращению и продолжению культурных нововведений Артамона Матвеева. К несчастью, 25 августа 1680 года Симеон Полоцкий скончался; однако типография осталась в надежных руках продолжателя его дел Сильвестра Медведева. Смерть любимого учителя стала большим горем для Софьи. Теперь процесс ее десятилетнего обучения под руководством выдающегося педагога закончился, и дальше ей предстояло пополнять свои знания уже самостоятельно.
В том же году произошли новые изменения в составе правящей верхушки. Весной 1680 года умер Богдан Хитрово, из прежних лидеров остались только Иван Милославский и князь Юрий Долгорукий. Одновременно Федор Алексеевич по собственной инициативе возвысил князя Василия Голицына, ставшего его основным советником по военным и политическим делам.
Летом 1680 года здоровье царя Федора на время улучшилось, что было использовано им для обретения самостоятельности. Первым независимым шагом стала женитьба 18 июля 1680 года на дочери московского дворянина польского происхождения Агафье Семеновне Грушецкой. Против этого брака выступали и Иван Милославский, и все царевны, но государь никого не послушал. С момента царской женитьбы Милославский всё больше терял влияние. У Федора Алексеевича появились новые фавориты из числа незнатных дворян, выдвинувшихся на службе в дворцовом ведомстве. Главным из них стал Иван Максимович Языков, пожалованный в августе 1680 года и окольничие и получивший должность оружничего — руководителя Оружейного приказа. Тогда же возвысились братья Алексей и Михаил Тимофеевичи Лихачевы: первый получил место главного постельничего, а второй возглавил Цареву Мастеровую палату.
Между тем женитьба Федора Алексеевича повлекла за собой серьезные изменения в придворном быту. Сильная и волевая царица Агафья, воспитанная на польский манер, не побоялась бросить открытый вызов косным старомосковским традициям. Датский комиссар Генрих Бутенант в октябре 1680 года отметил в донесении в Копенгаген: «Во многих вещах видны большие изменения: императрица показывается из публике и часто сидит с его царским величеством в карете, в которую он ей помогает подниматься и выходить, чего никогда раньше не видано».{42} Молодая царица совершила переворот в женской придворной моде — стала носить маленькую шапочку по-польски, оставляя волосы частично открытыми. Появление замужней женщины в таком виде по московским понятиям считалось верхом неприличия.{43}
Вне всякого сомнения, Агафья Семеновна произвела настоящую революцию в женской половине царской семьи, главой которой теперь являлась. Именно с этого момента начинается новая жизнь Софьи и ее сестер. Под влиянием царицы они стали заходить в апартаменты государя, не стеснялись расхаживать по мужской половине дворца и даже открыто появляться на улице. Агафье Семеновне суждено было пробыть русской царицей всего год, но произведенная ею придворная «революция» закрепила свободу царевен и способствовала тому, что Софья Алексеевна два года спустя смогла открыто выйти на арену политической борьбы.
Семейное счастье царя Федора оказалось недолгим. 11 июля 1681 года царица родила сына Илью и спустя три дня скончалась от родовой горячки, а еще спустя неделю умер и новорожденный царевич. Федор Алексеевич был настолько убит горем, что даже не смог участвовать в похоронах супруги и сына.