Полученные при допросах Шакловитого показания следователи постарались использовать против князя Василия Голицына, который, по их мнению, отделался слишком легко. Патрик Гордон пишет: «Интересно отметить, что несмотря на то, что князь Вас[илий] Вас[ильевич] был надежной опорой и поддержкой царевны и, как всем было известно, он знал обо всех происках против жизни молодого царя, если сам не был их инициатором, всё же он был наказан не как предатель или изменник, что могло произойти лишь благодаря власти и влиянию, которое его двоюродный брат князь Борис Алексеевич в то время имел на царя и его окружение».{450}
Копию записи показаний Шакловитого вместе с «вопросными статьями» следователи 10 сентября послали вдогонку отправленному в ссылку Василию Голицыну. Но поспешная казнь главного обвиняемого и свидетеля не позволила уличить Василия Васильевича в «преступлениях». В лаконичных ответах на каждую инкриминируемую «статью» он писал, что «Федке таких слов не говаривал» или «Федке того не приказывал». Как отметил А. С. Лавров, «один из ответов носил откровенно издевательский характер. Касаясь письма Шакловитого о предполагавшемся венчании на царство царевны Софьи Алексеевны, Голицын написал: „через почту Федка ко мне не писывал; а будет есть мое письмо к нему о том Федке, чтоб великие государи указали мне показать, как в нем писано“. Но подлинного письма в распоряжении следствия не было, а привести на „очную ставку“ казненного Шакловитого было невозможно».{451}
Таким образом, боярской комиссии не удалось окончательно погубить главу правительства Софьи. Достаточных оснований для обвинения его в причастности к антипетровскому «заговору» не нашлось. В результате было лишь изменено место ссылки: 18 сентября последовал указ царей Ивана и Петра об отправке отца и сына Голицыных вместо Каргополя в Яренск.
Лишившаяся всех сторонников и приближенных Софья молилась в кремлевских храмах и ждала решения своей участи. 7 сентября ее имя было исключено из царского титула. По замечанию Е. Ф. Шмурло, «это было сделано в очень деликатной форме, но сущность оставалась неизменною».{452} Соответствующее распоряжение гласило: «Великие Государи Цари и Великие Князи Иоанн Алексеевич, Петр Алексеевич всеа Великия и Малыя России Самодержцы указали: в своих Великих Государей грамотах, в Приказех во всех делех и в челобитных писать свое Великих Государей именование и титлу по сему, как писано в сем указе выше сего».{453}
Между 8 и 12 сентября царь Петр отправил письмо брату Ивану:
«Милостию Божиею вручен нам двум особам скипетр правления прародительнаго нашего Российскаго царствия, якоже о сем свидетельствует матери нашие восточные Церкви соборное действо 190 (1682. — В. Н.) году, также и братием нашим, окресным государем, о государствовании нашем извесно, а о третьей особе, чтоб с нами быть в равенственном правлении, отнюдь не воспоминалось. А как сестра наша царевна София Алексеевна государством нашим учела владеть своею волею, и в том владении что явилось особам нашим противное и народу тягость и наше терпение, о том тебе, государю, извесно. А ныне злодеи наши Фетка Шакловитой с товарыщи, не удоволяся милостию нашею, преступи обещание свое, умышлял с иными ворами об убивстве над нашим и матери нашей здоровием, и в том по розыску и с пытки винились. А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей… с нашими двемя мужескими особоми в титлах в росправе дел быти не изволяем; на то б и твоя б государя моего брата воля склонилася, потому что учела она в дела вступать и в титлах писаться собою без нашего изволения, к тому же еще и царским венцом для конечной нашей обиды хотела венчатца. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас».{454}
В сентябре 1689 года во время допросов сторонников царевны следователи неоднократно предпринимали попытки установить причастность Софьи к заговору с целью убийства Петра или членов его семьи. Разумеется, поиск каких-либо свидетельств и иных улик был заведомо бесперспективен, поскольку царевна никогда не согласилась бы санкционировать братоубийственное кровопролитие и вряд ли знала о замыслах Шакловитого, который подговаривал стрельцов к «побиению бояр» по собственной инициативе. Следствие лишь установило, что Софья встречалась со стрелецкими командирами, уговаривала их «постоять» за нее и царя Ивана, просила защиты от происков Нарышкиных и Бориса Голицына, раздавала стрельцам деньги с целью привлечь их на свою сторону. Во всех этих действиях невозможно заметить не только «преступление», но и какой-либо злой умысел. Софья лишь пыталась защититься от притеснений врагов.