Шестнадцатидневное правление матери царя Петра и ее братьев закончилось кровавым стрелецким бунтом 15–17 мая 1682 года. Это восстание, на полгода сделавшее стрельцов хозяевами в столице, сыграло решающую роль в судьбе царевны Софьи Алексеевны. Несомненно, решительные действия полков московского стрелецкого гарнизона провоцировались и отчасти направлялись представителями правящей верхушки, оттесненными от власти в результате придворной борьбы и стремящимися устранить противников самыми радикальными способами вплоть до физического уничтожения.
Восстание стрельцов выросло из нескольких на первый взгляд малозначительных инцидентов, которые поначалу не вызвали особой тревоги властей. В них выражалось общее недовольство рядового состава стрелецкого войска своим положением. В январе 1682 года стрельцы полка Богдана Пыжова дважды собирались на сходы, выражая возмущение длительной задержкой жалованья. 23 апреля полк Семена Грибоедова на общем сходе низших чинов решил подать Федору Алексеевичу челобитную с жалобами на своего полковника, наказывавшего стрельцов батогами, заставлявшего стрелецких жен обрабатывать огороды, устроенные на отобранных у них же землях, посылавшего стрельцов в свои вотчины рубить лес, косить сено, копать пруды и выполнять иные хозяйственные работы, за взятки освобождавшего подчиненных от караульной службы и участия в военных походах.
Жалобу вызвался передать в Стрелецкий приказ один из стрельцов, который перед тем изрядно выпил — очевидно, для храбрости. Спиртное оказало соответствующее действие: в присутственном месте парламентер начал буянить и говорить «непотребные речи» о начальнике Стрелецкого приказа князе Юрии Алексеевиче Долгоруком. Растерявшиеся приказные приняли челобитную и донесли о происшествии начальству. Долгорукий пришел в ярость и распорядился отыскать буяна. Но тому хватило наглости через пару дней самому явиться в приказ, чтобы узнать о решении по челобитной. Чрезмерно деятельного ходатая тут же схватили и потащили на площадь для наказания кнутом. Стрельцы, собравшиеся вооруженной толпой, отбили товарища у приказных караульных, а затем до вечера праздновали победу и рассуждали о дальнейших действиях по «приисканию правды». Эта первая открытая стычка с представителями властей показала стрельцам возможность успеха силового давления на «господ неправедных» и положила начало будущим кровавым событиям.
В ту же ночь умер царь Федор, что на время приостановило стрелецкое движение. Но уже через два дня стрельцы многолюдной толпой нахлынули в Кремль, выкрикивая требования арестовать и наказать восьмерых стрелецких полковников за чинимые ими «обиды и утеснения». Таким образом, бунт охватил уже почти половину находившегося в Москве стрелецкого войска, насчитывавшего 19 полков. В поддержку стрельцов выступил также один из двух московских выборных полков солдатского строя — первых регулярных воинских формирований в составе русской армии.
Испугавшись неуправляемого натиска столь мощной военной силы, Наталья Кирилловна безоговорочно согласилась выполнить все требования стрельцов, признав их справедливыми. По царскому указу девятерых полковников сняли с должностей; двое из них подверглись публичной порке кнутом на площади перед зданием Рейтарского приказа, четверых высекли батогами (палками или прутьями), еще троим удалось избежать телесного наказания. Восемь других полковников были публично биты батогами, но остались в должности. Затем приступили к взысканию с бывших командиров украденного за несколько лет жалованья. Некоторым полковникам стрельцы выставили огромные начеты до двух тысяч рублей; тех из них, которые не могли заплатить нужную сумму, ежедневно держали по два часа на правеже, то есть били палками по ногам.
Наказание стрелецких командиров, большинство которых принадлежали к видным дворянским семьям, стало слишком большой уступкой бунтовщикам; тем самым перепуганная царица Наталья продемонстрировала слабость новой власти. Всем было ясно, что не искушенная в политике женщина мало подходит на роль регентши. По отзыву князя Бориса Ивановича Куракина, «сия принцесса… не была ни прилежная и ни искусная в делах».
После такого успеха стрельцы обнаглели сверх меры. Они стали ежедневно собираться многолюдными толпами у съезжих изб, организовывали «круги» по образцу казачьей вольницы и обсуждали положение в столице, намереваясь навести порядок в соответствии со своими представлениями о справедливости. Управляющих Стрелецким приказом отца и сына Долгоруких смутьяны ни во что не ставили, смеялись над ними и угрожали. Офицеров, пытавшихся прекратить эти безобразия, бранили непристойными словами, бросали в них камни и палки. Наиболее строгих и принципиальных начальников затаскивали на сигнальные каланчи и сбрасывали на землю под одобрительные крики озверевшей толпы.