На другой же день кончины царя Федора Алексеевича, то есть 28 апреля, происходило его погребение. Обряд этот совершали патриарх, девять митрополитов, пять архиепископов, два епископа и все бывшие в Москве архимандриты и игумены. Погребальное шествие открывали шесть стольников, они несли обитую золотою объярью крышку царского гроба. От них ее приняли на Красном крыльце стольники. Гроб, покрытый золотою парчою, несли также стольники на носилках, обитых бархатом, а при входе в Архангельский собор их заменили священники. За гробом шли: царь Петр Алексеевич, царица Наталья Кирилловна и царевна Софья Алексеевна, а другую вдовую царицу, Марфу Матвеевну, несли в креслах спальники и бояре, которые, как и царское семейство и все другие чиновные и служилые люди, были одеты в «печальной», то есть в черной одежде. За гробом шел народ с зажженными восковыми свечами, розданными на счет царской казны.
— Дивно, что так спешно государя хоронят! — говорил в толпе один старик. — Того прежде не водилось. Бывало, дадут собраться из окрестных мест народу и съехаться отовсюду духовным властям и служилым людям. Чего так теперь торопятся? Чего доброго, заживо его похоронят.
— Нешто не знаешь, что на погребение царя Алексея Михайловича набралось столько народу в Москву, сколько прежде никогда не бывало. Принялись тоща душить, резать и грабить; так что в день его похорон нашли в Москве более ста ограбленных и убитых. Вот, чтобы того же не случилось, и поторопились поскорее похоронить государя, — вразумлял старика подьячий.
— Нет, тут что-нибудь да не ладно, — отозвался кто-то из толпы, а старик сомнительно покачал головою.
Появление Софьи как сестры-царевны на погребении ее брата было в Москве первым еще случаем. Все дивились этому и в особенности тому, что молодая царевна шла не только пешком, но и не заслонилась «запонами» и даже с отброшенною с лица фатою. Изумление бояр и разных чинов служилых людей возросло еще более, когда царь и царица, не оставшись на отпевании, тотчас после обедни ушли из собора, а между тем царевна Софья оставалась в соборе до тех пор, пока не засыпали могилы.
Лишь только царица вернулась в свой терем, как к ней явились монахини, посланные тетками и сестрами покойного государя.
— Благоверная царица! — заявила старшая из этих посланниц. — Царевны кручинятся и скорбят, что ты на отпевании их племянника и братца остаться не изволила.
— Сынок мой больно устал, мал он еще; невмоготу ему было на ножках стоять, — отвечала царица на этот укор.
Совсем иначе отзывались в теремах царевен о Софье Алексеевне:
— Вот она братца любила, так поистине любила. В горести не помнила даже, что и делала; для него и своей царственной скромности не поберегла и на отпевании осталась до конца. Не то что мачеха! — умиленно почмокивали губами многочисленные приживалки.
Возвращаясь одна из Архангельского собора, царевна, закрыв ширинкою лицо, громко всхлипывала, сопровождая свои слезы обычными в то время причитаниями.
— Извели братца нашего злые люди, — плакалась Софья, идя посреди расступавшегося перед нею народа. — Нет у нас ни батюшки, ни матушки, братца нашего Ивана на царство не выбрали! Умилосердитесь, православные, над нами, сиротами, если мы в чем провинились перед, вами, отпустите нас в чужие земли к королям христианским!
— Эх вы, сиротинки горемычные! — подхватывали на пути царевны московские торговки и бабы, расчувствовавшись от ее причитаний, и принимались сами реветь и нюнить.
Слова и слезы царевны не прошли даром, и уже на другой день заговорили в Москве и принялись охать и ахать о царевиче Иване Алексеевиче и об его сестрах, предсказывая, что изведут их злые люди. После похорон Федора Алексеевича, по существовавшему в ту пору обычаю, в опочивальне умершего царя сидели, в продолжение первых девяти суток, денно и нощно около его постели очередными сменами бояре, окольничие и дьяки, а священники и дьячки беспрестанно читали евангелие и псалтырь. Такие же смены и такое же чтение было, в течение всего сорокоуста, и в Архангельском соборе у могилы новопреставившегося. Каждый день отправлялись по нем панихиды, как в этой древней усыпальнице государей московских, так и в кремлевском дворце, в так называемой Панафидской палате, а по монастырям ежедневно за счет царской казны кормили монашествующую братию и нищих за упокой души царя Федора Алексеевича.