За исключением Голицыных, участь остальных преданных лиц царевны подлежала суду боярскому и не вызывала затруднений. По боярскому приговору 11 сентября из арестованных окольничий Шакловитый, стрелецкие пятидесятники Обросим Петров, Кузьма Чермной, пятисотенный Иван Муромцев, полковник Семен Рязанов и стрелец Дементий Лаврентьев были приговорены к смертной казни, а остальные — к нещадному наказанию кнутом и к ссылке в Сибирь. Кроме того, из сотрудников князя Василия, его ратный товарищ, севский воевода Леонтий Романович Неплюев, был лишен чести, звания, всего имения и осужден к вечной ссылке в Пустозерск. Другой сотрудник — Змеев — сослан на житье в его костромское имение. Только думный дворянин Косргов и думный дьяк Украинцев не были наказаны и оставлены на прежних местах.
Счастливый поворот обстоятельств расположил к милосердию молодого царя, тогда еще не очерствелого и не раздраженного смелою стойкостью противной партии. По рассказу Гордона, с которым одинаково говорят и другие современные очевидцы, Петр высказывал намерение пощадить жизнь всех обвиненных и только по усиленным убеждениям патриарха согласился на смертную казнь главных трех преступников: Шакловитого, Петрова и Чермного. Таким образом, и на этот раз церковь не изменила своим традициям как верного охранителя самодержавной власти.
Приговор был исполнен 12 сентября на открытом месте перед монастырем у Московской дороги при многочисленном стечении народа.
Последние три дня Федора Леонтьича не тревожили допросами и о нем как будто забыли. Еще более захудел он за это время. После лукулловского обеда у князя Троекурова снова наступили долгие голодные дни, так как кусок черного заскорузлого хлеба и кружка какой-то желтоватой вонючей воды не могли приходиться по вкусу, желудку, привыкшему к сочным боярским яствам.
«Вот и третий день прошел, а меня не токмо пытать, а и не спрашивают, — думал заключенный, полулежа или полусидя на связке соломы в своем совершенно почти темном ящике-каморке, грязном и вонючем, без скамьи и стола. — Не дошла ли царевна у Ивана Алексеича моего освобождения. Царевне ведь без меня не жить… Разве заболела с испуга и горя… Уж не умерла ли? Нет… тогда и царь здесь не жил бы, уехал бы в Москву… Чаю, скоро придут за мной…»
Действительно, за Федором Леонтьичем скоро пришли — освободить, и пришла даже целая команда. Только чудно это освобождение: лица у пришедших серьезные и мрачные, подняли так грубо, не так, как стрелецкого начальника, руки связали, вывели из тюрьмы, но повели не к дворцу, а вон из монастыря. На дороге присоединились еще такие же команды с Оброськой, Кузьмой, Дементием, Ивашкой и Семеном Рязановым. Прошли монастырский двор и вышли из ограды на площадь. Народу тьма кишит, и все толкаются около какого-то возвышающегося помоста, на котором прохаживается странный человек. Догадался наконец Федор Леонтьич, за каким делом привели их… остановился… уперся… Грубые толчки заставили, однако ж, все приближаться и приближаться к роковому месту. «Вот оно что… казнят… — как-то туманно пробежало по мозгу. — Да не острастка ли?»
Вот подошли они вплоть к помосту. Думный дьяк прочитал смертный приговор, смысла которого Федор Леонтьич даже и не понял, так в голове все свилось и затуманилось. Слышит: кто-то, как будто голос Оброськи, причитает, плачет, кается перед православными, крестится и просит в чем-то прощения… Зачтем он убивается? Ведь это так… случается, и положат вон туда на плаху, а потом и снимут и отпустят на свободу на все четыре стороны. С дикими, безумно-расширенными глазами поднялся машинально Федор Леонтьич на помост, бессознательно, по привычке сотворил правой рукой крестное знамение, не почувствовал, как сам ли он наклонился или другие наклонили низко… низко… так, что голова коснулась плахи… Вот сейчас прочтут приговор и поднимут… Но не сошел Федор Леонтьич, а только красивая голова его скатилась с помоста.
Вслед за головой стрелецкого начальника скатились головы Обросима Петрова и Кузьмы Чермного.
С полковником Рязановым, Муромцевым и Лаврентьевым поступлено было иначе. Их тоже вводили на помост, тоже клали голову на плаху, но тотчас же поднимали и, раздев, укладывали ничком… Другой человек явился с ременным кнутом и… бил нещадно. Подняли их, бесчувственных, вырезали языки и отнесли… Куда?.. Для отправки на вечное житье в Сибирь.
Не менее тяжкая доля постигла и других преданных лиц царевны. Преподобный монах Сильвестр Медведев, предвидя неминуемую развязку, тотчас по приезде в Кремль полковника Нечаева убежал вместе с Никитой Гладким из Москвы в монастырское село Микулино (в 7 верстах от Москвы) к другу своему — расстриге попу Григорию, а оттуда побежали в Польшу. Пробираясь по Смоленской дороге, они остановились на несколько дней отдохнуть в Бизюковом монастыре, близ Дорогобужа, у старого знакомца своего — игумена Варфоломея. Здесь-то и захватил их дорогобужский воевода Борис Суворов, извещенный послушником отца Варфоломея. Медведева и Гладкого доставили в Троицкий монастырь спустя два дня после казни Шакловитого.