Для исполнения приговора стрельцов развезли по местам, где устроены были для них виселицы. 112 человек были повешены у 70 ворот кругом Белого города, 36 человек — у трех ворот Замоскворечья, 48 — у съезжих изб возмутившихся полков, оставалось пятеро (Плешивый, Глотов, Жюченок, Гонец и Долгий), которым предстояла особая честь…
Насмотревшись на последние конвульсии повешенных у Покровских ворот, государь возвратился в Преображенское. Там перед дворцом устроен был помост, приготовлена плаха и лежала секира, но заплечного мастера не было. Государю захотелось попробовать свою силу, потешиться над живым человеческим мясом…
Обрадовались было оставшиеся пять стрельцов, не видя палача. Не зная за собой никакой вины, кроме невольного, почти бессознательного участия в действиях товарищей, они убедили себя в прощении. «Да в чем же мы виноваты? — спрашивали они себя. — Что хотели сестру царя на державство? Так она и прежде с ним державствовала, а его не было больше года… Сами набольшие начальники говорили, будто он и умер… боярам, известно, хотелось самим. Разве мало они нас и голодом, и холодом изводили».
Между тем как радовались и обнадеживались стрельцы, царь с новым любимцем своим Алексашей и свитой сходил с крыльца прямо к устроенному помосту. С довольной улыбкой подошел он к плахе, поднял тяжелую секиру, как перышко, и ловко взмахнул ею несколько раз.
Стали поочередно подводить обезумевших стрельцов, каждого из них старательно укладывали на плаху, и каждому из них гигантская рука, не дрогнув, наносила смертельный удар. Действительно, рука была твердая — при каждом взмахе голова мгновенно с прыжком отскакивала с помоста…
С другого дня начались новые розыски с другими партиями, прибывшими после первых из более отдаленных мест. В этих новых партиях числилось до 856 человек; допросы их продолжались около двух недель. По боярскому приговору, утвержденному государем, все они были приговорены к смертной казни, за исключением только 93, прощенных по малолетству, и 14 — из главных руководителей, оставленных для новых розысков. Казнено было:
11 октября — 144 человека
12 октября — 205 человека
13 октября — 141 человека
17 октября — 109 человека
18 октября — 65 человека
19 октября — 106 человека
21 октября — 2 человека
Всего 772 человека
Виды казни разнообразились: виселицы, обезглавления и колесования, с некоторыми утонченностями. Вешали по всему Земляному городу у всех ворот, точно так же, как у всех ворот Белого города. Сквозь зубцы городских стен пропущены были бревна, закрепленные внутри, на концах которых и висели несчастные. Вешание назначалось для всех рядовых обвиненных, для более же виновных определялось колесование. Один из современников (Желябужский) передает ужасные подробности: «А пуще воры и заводчики: у них за их воровство ломаны руки и ноги колесами. И те колеса воткнуты были на Красной площади на колья, и те стрельцы за свое воровство ломаны живые, положены были на те колеса, и живы были на тех колесах не много не сутки, и на тех колесах стонали и охали. И по указу великого государя один из них застрелен из фузеи; а застрелил его Преображенский сержант Александр Меньшиков. А попы, которые с теми стрельцами были у них в тех полках, один перед Тиунскою избою повешен, а другому отсечена голова и воткнута на кол, а тело его положено на колесо так же, что и стрельцы».
Для личной же забавы государя и его двора отделялись особые отряды стрельцов, числом в 109 человек, которые и приводились в Преображенское. Здесь приближенные царя упражнялись в искусстве рубить головы. Князь Ромодановский отрубил головы четырем стрельцам, Александр Меньшиков — двадцати, Борис Алексеевич Голицын по приказанию царя тоже рубил голову одному стрельцу, но рубил неловко, за что и получил строгий выговор от царя, наблюдавшего это зрелище.
И царевна Софья Алексеевна не была забыта: перед ее кельями повешено было 195 человек, из которых трем, висевшим перед самими ее окнами, вложены были в руки челобитные, согласно их показаниям о письмах царевны. И долго, целых пять месяцев, держались эти челобитные перед окнами Софьи, целых пять месяцев трупы не убирались ни с городских стен, ни с площадей, целых пять месяцев собаки и вороны пользовались роскошным столом из человечьего мяса. Трупный запах заражал воздух, бил в нос проходившим и проникал в жилища.
После казни стрельцов вдовы их высылались из Москвы… и шли они по дешевой цене… разбирали их по деревням всяких чинов люди…