Князь Андрей мог также дать сильный отпор, так как у него в вотчине находились и стрельцы и множество вооруженного народа из его дворовых холопов, но, узнав, что отец его уже захвачен, он сдался без малейшего сопротивления. Его также связали и вместе с отцом повезли в Воздвиженское.
Обрадовался Милославский, увидев, что Хованского так легко поймали в расставленную западню. Желая поскорее избавиться от своего лиходея и опасаясь, что при розыске Хованский может оговорить и его, Милославский повел дело так, что, еще до привоза Хованских в Воздвиженское, участь их была решена окончательно и боярами и правительницею.
Едва лишь привезли Хованских в Воздвиженское, как их без всяких расспросов повели за село для объявления смертного приговора. Казнь над ними должна была, по настоянию Милославского, совершиться немедленно, хотя было 17 сентября — день именин царевны Софьи.
— Господа бояре! — говорил испуганный и смущенный старик Хованский своим товарищам по царской думе, собравшимся теперь присутствовать при его казни. — Выслушайте от меня о главных заводчиках с самого начала стрелецкого мятежа, от кого он был вымышлен и учинен, и их царским величествам милостиво донесите, чтобы дали нам с теми заводчиками очные ставки. Если же то все, как говорят мои враги, наделал мой сын, то я предам его проклятию.
— Поздно теперь толковать об этом! — крикнул Милославский. — Великие государи порешили казнить тебя за твои злодейства смертью. Выслушай-ка лучше свой приговор.
Изумленными глазами смотрели Иван Хованский и его сын на Милославского и других бояр в то время, когда с них снимали кафтаны, отрывали вороты их рубашек и связывали им назад руки, а заменявший палача стремянной стрелец пробовал пальцем только что отточенное лезвие простого деревенского топора.
Окончились все приготовления к казни, и выступил в середину составившегося около Хованского круга дьяк Федор Шакловитый и начал читать написанный им заранее приговор.
В приговоре этом старик Хованский обвинялся в том, что он «всякие дела делал по своим прихотям, не докладывая государям», «что он государеву казну истощил и выграбил, всему же государству тем учинил великое разорение и людям тягость», «что он учинил великим государям бесчестие», «держал мучительно за решетками и за приставы многих людей мучительно», «чинил жестокие правежи», «многих людей обесчестил, изувечил и разорил», «царское величество преслушался». Затем в приговоре, читанном Хованскому, объявлялось, что он говорил при государях и боярах, «будто все государство стоит по его кончину, и когда его не будет, то не спасется никакая плоть», что он «совокупя проклятых раскольников, Никиту Пустосвята с товарищами, ратовал на святую церковь» и «оберегал их от казни». Винили его и в том, что он не отпускал стрельцов против башкир и калмыков, а также и в Коломенское, что он не был «у действа нового лета и тем своим непослушанием то действо опорочил, святейшему патриарху досаду учинил и от всех народов в зазор привел». Обвиняли старика Хованского и в том, что он делал изветы на дворян новгородских «облыгал надворную пехоту», а сам говаривал ей смутные речи. В заключение упоминалось о подметном письме, с которым «сходны были воровские дела и измена Хованского».
Кроме того, старик Хованский и его сын обвинялись еще и в том, что они при великих государях и при всех боярах «вычитывали свои службы с великою гордостью, будто никто так не служивал, как они», тогда как — говорилось в приговоре — всюду, где ни бывали Хованские, «государских людей своевольством своим и ослушанием их государских указов и безумной своею дерзостью они напрасно теряли и отдавали неприятелям». Обвинялись оба Хованские и в том еще, что «в палате дела всякие отговаривали против их государскому указу и соборному уложению с великим шумом, невежеством и возношением, и многих господ своих и всю братию бояр бесчестили и нагло поносили и никого в свою пору не ставили, и того ради многим граживали смертью и копиями».
— И великие государи, — возгласил Шакловитый, окончив чтение обвинительных статей, — указали вас, князь Иван и князь Андрей Хованские, за такие ваши великие вины и за многие воровства, и за измену казнить смертью.
Старик Хованский понял, что всякие оправдания будут теперь напрасны. Молча, со злобным укором оглянул он бояр, исполнителей казни, подошел к заранее приготовленной плахе и положил на нее свою голову. Один стрелец схватил его за волосы, другой махнул топором, и отсеченная голова упала на землю.