С публикацией коронационного манифеста Николая II, прощавшего самовольно уехавших из России, Толстой покинул Париж и вернулся в Москву, где встретился со своей женой Е. И. Гавриловой (1869–1912) и четырьмя детьми. Власти разрешили ему провести два дня в Москве, а затем велели отправляться в Нижний Новгород.
Толстой оказался между двух огней: жена подала прошение о разводе и лишении Толстого родительских прав, поскольку он якобы собирался обратить детей в католичество; католические патеры, по признанию самого Толстого, возмущались его возвращением в Россию и «обвиняли <…> чуть ли не ренегатстве».
В Нижнем Новгороде Толстой подписал отказную от детей и вскоре вновь выехал из России. Прибыв во Францию, он получил направление в парижский бенедиктинский монастырь на ул. Вано. В 1897 г. он женился на Е. И. Челышевой (ок. 1869 — ок. 1929), которая родила ему семерых детей. Вернулся в Россию после опубликования указа о свободе вероисповедания от 17 апреля 1905 г.
В 1907 г. выпустил в Москве сборник Путеводная звезда христианина, в 1908 редактировал журнал Церковно-общественная мысль, в 1910 выпустил в Париже Сборник духовных песнопений. В 1912 в Москве вышла книга Всероссийский собор и церковная реформа и роман Цари мира. Преподавал археологию в духовных школах, сотрудничал с рядом газет, с 1910 г. периодически публиковал в журнале Вокруг света фантастические очерки и рассказы. К числу его сочинений относятся также опубликованные еще в 1890-х гг. брошюры и статьи в журнале Душевнополезное чтение и автобиография Исповедь священника, напечатанная в 1914 г. в журнале Голос минувшего.
После революции 1917 г. Толстой жил в Боброве Воронежской губернии, с 1919 г. попеременно в Киеве и Одессе. В Киеве служил в греко-католической церкви Святого Сердца Иисуса. В 1929 г. выступил в Одессе свидетелем на процессе католического священника П. Ашенберга, был запоздало лишен сана за фактическое двоеженство и опубликовал в киевской газете Пролетарская правда собственное отречение от сана с осуждением «польского шовинизма» католического духовенства и эксплуатации «темноты масс».
Позднее работал на Кавказе и Урале переводчиком треста «Цветметзолото», в 1935 г. был вахтером студенческого общежития в Киеве. В 1935-1936 гг. выступал свидетелем по делу «Фашистской контрреволюционной организации римско-католического и униатского духовенства на Правобережной Украине». Был арестован 14 декабря 1937 г., обвинен в руководстве униатским движением Украины; 25 января 1938 г. был приговорен Особым совещанием коллегии НКВД к высшей мере наказания и 4 февраля 1938 г. расстрелян. Сыновья Толстого Михаил и Валентин были расстреляны в 1937 и 1938 г.
Роман Н. А. Толстого «Цари мира» вышел отдельным изданием в Москве (тип. Торгового дома московского изд-ва «Копейка») в 1912 г. Хотя книга была означена как «часть первая», продолжения не последовало.
Текст публикуется с исправлением очевидных опечаток. Орфография и пунктуация приближены к современным нормам. Иллюстрации взяты из оригинального издания.