Иосиф, с своей стороны, горячо защищал строгие меры. Заволжские старцы в другом своем послании доказывали, что если еретики ничем своей ереси не обнаруживают, то не должно истязаниями вымучивать от них признание, а если еретик принесет покаяние, то следует его допустить в церковь и даже ко Св. Причастию. Иосиф на такое, по его словам «любопрепирательное послание», отвечал посланием к старцам о повиновении соборному определению. Тут он, между прочим, советует не только выпытывать признания в ереси, но в случае надобности, для открытия ее прибегать к хитрости или «богонаучному коварству», с помощью которого Флавиан, патриарх Антиохийский, выпытывал признание у начальника Мессальянской ереси. В заключение Иосиф убеждает старцев оказать повиновение соборному определению (1504 г.); в противном случае им самим угрожает отлучением от Св. Причастия.
В этой полемике о еретиках между Иосифом Волоцким и представителем заволжских старцев Вассианом Патрикеевым сочувствие многих современников оказалось на стороне последнего, как проповедника более гуманных, более христианских воззрений. Сам великий князь Василий Иванович некоторое время показывал большую милость Вассиану и приблизил его к себе, как умного, правдивого советника и своего дальнего родственника. (Они были троюродными братьями по бабке Вассиана, сестре Василия Темного.) Переехав в Москву, Вассиан проживал то в Симонове, то в Чудове монастыре. Он усердно печаловался за еретиков и написал по поводу их целый ряд посланий (или «тетрадей») против Иосифа; причем его самого за излишнюю строгость к заблудшимся уподоблял еретику Новату. Но энергический игумен не оставался в долгу; своими увещаниями, обращенными к одному из ближних бояр великого князя (Василию Андреевичу Челяднину) и к самому «Державному», он добился того, что последний велел схватить всех известных еретиков и держать в темнице до самой смерти.
Одновременно с препирательством о еретиках между Иосифом и Вассианом Патрикеевым шла жаркая полемика о другом, еще более жгучем вопросе, поднятом теми же заволжскими старцами (на известном соборе 1503 г.), т. е. о монастырском землевладении. После соборного определения, решившего вопрос в пользу этого землевладения, Нил Сорский замолчал; но за него продолжал борьбу ученик его Вассиан. Сему последнему приписывают пространное рассуждение о неприличии монастырям владеть вотчинами. Здесь он обвиняет противников в том, что самые ссылки их на писания Отцов Церкви бывают часто неправильные и ложные, и современных ему иноков изображает людьми жадными к стяжанию и мирским благам, отступившими от древнего благочестия. Впечатление, произведенное этим рассуждением, заставило Иосифа Волоцкого написать опровержение, которое он назвал «Отвещание Любозазорным» и в коем по преимуществу указывает на иноческие труды знаменитых русских подвижников, начиная с Антония и Феодосия.
В эпоху этой полемики Иосифу пришлось не только писанием, но и самим делом отстаивать неприкосновенность монастырского имущества.
Иосифов монастырь, как известно, находился в уделе Волочком; когда умер благодетель монастыря князь Борис Васильевич, удел его разделился между двумя сыновьями: младший (Иван Борисович Русский) умер еще при Иване III и отказал свою часть великому князю Московскому; оставался в живых старший, Федор Борисович, которому принадлежал самый Волоко-Ламский. Этот князь Федор любил разгульную жизнь, и, нуждаясь в деньгах, захотел воспользоваться казною находившихся в его земле монастырей. Между прочим, он брал из Иосифова монастыря разные вещи, взял значительную сумму денег под видом займа и вообще начал его притеснять. Выведенный тем из терпения, суровый игумен решился наконец на открытую борьбу. Он послал одного из старейших иноков требовать возврата занятой суммы; князь грозил бить кнутом посланного. Однажды Федор Борисович пред своим приездом в монастырь прислал сказать игумену, чтобы готовил пир и «держал бы про него меды, а квасов бы не держал». Игумен ответил, что устав запрещает иметь хмельные напитки в монастыре. Иосиф купил жемчуг на ризы и епитрахиль; князь прислал просить этот жемчуг себе на венец к шлему и получил отказ. Тогда князь погрозил разорить монастырь, чернецов казнить кнутом. Иосиф начал советоваться с братией, что предпринять и, желая испытать ее, предлагал разойтись по другим монастырям. Но братия подняла ропот; многие иноки, вступив в монастырь, сделали значительные вклады, надеясь спокойно провести в нем остаток жизни, а теперь нищими должны были скитаться по чужим обителям. Решили отправить в Москву челобитье великому князю и митрополиту, чтобы заступились за монастырь и приняли бы его в Московскую державу. Иосиф, конечно, заранее рассчитывал на благоприятный ответ, и не ошибся. Мелкий удельный князь не посмел противиться государевой воле; зато он постарался возбудить против Волоцкого игумена гнев местного церковного владыки.