Затем со стороны посольской избы начались усердные петиции королю в пользу присоединения Киева; причем указывали на слишком открытое положение Волыни с востока, т. е. со стороны москвитян и татар, откуда она доселе защищена была Киевом, и ссылались на древние летописи, по которым будто бы «сей город трижды был взят и разграблен польскими королями». Однако когда этот вопрос отдан был на обсуждение сената, то нашлось несколько сенаторов, в том числе епископ. краковский Филипп Падневский, воеводы краковский Станислав Мышковский и сендомирский Петр Зборовский, которые возражали против присоединения Киева. Они указывали на большие издержки, которых потребует оборона этого края, и желали издержки эти предоставить литовцам. После довольно горячих споров мнение сторонников присоединения превозмогло. В заседании 5 июня король через канцлера объявил сейму о присоединении Киева к Польскому королевству. Краковский воевода имел смелость открыто протестовать против сего решения. «Все присутствовавшие были так рассержены и взволнованы, что насилу удержались, чтобы не плевать на него», — по замечанию сеймового дневника. Князь Острожский немедля принес присягу в качестве киевского воеводы.
Таким образом, почти вся Юго-западная Русь и часть Северо-западной были оторваны от великого княжества Литовского и присоединены к Польскому королевству. Дело унии наполовину уже совершилось. Вторая половина дела сама собою вытекала из первой; ибо какую самостоятельную силу могло представлять теперь великое княжество, ограниченное собственно Литовским краем и Белорусскими землями? По выражению жмудского старосты Ходковича, у Литвы «были обрезаны крылья». А потому дальнейший ход Люблинского сейма представляет только постепенное, неотразимое подчинение литовцев польским требованиям.
Литовские сенаторы и послы по большей части вновь воротились на сейм, в виду опасности лишиться должностей и имений и в виду того, что их отсутствие не только не прекратило Люблинского сейма, но напротив помогло ему беспрепятственно отнять у Литвы обширные и лучшие области. Уже на следующий день после присоединения Киева, т. е. 6 июня, литовцы, по приказанию короля, собрались в замок на совещание с польскими сенаторами. Тут Ходкович от имени товарищей с горечью и гневом упрекал поляков в незаконном отнятии областей у Литовского княжества. Но поляки, уклоняясь от прений, мягко приглашали литвинов приступить к окончанию унии и занять места в общих заседаниях. Посольская изба вздумала было оскорбиться речью Ходковича и 7 июня обратилась к королю с жалобой. Король посоветовал оставить эту жалобу и принять во внимание, что «литовцы не могут не сердиться: у них ведь оборваны крылья». Затем вновь начались пререкания об условиях унии. Так как высшие должности (канцлеры, маршалы, подскарбни и пр.) оставались в Литве нетронутыми, то литвины требовали, чтобы за их княжеством оставлена была и особая печать, чтобы общие сеймы бывали попеременно и в Польше, и в Литве, чтобы вновь избранный король принес присягу как Польскому королевству, так и великому княжеству Литовскому. «Если сейм всегда будет собираться только в королевстве, — говорили они, — то какую будет иметь власть рядом с маршалом коронным литовский маршал? Или какая будет должность канцлера великого княжества Литовского, когда на сейме все дела будут выходить только с печатью королевства?» Кроме того, литвины желали, чтобы отказ короля от литовского наследства сделан был в пользу не одной Польской короны, но и распространен был также на великое княжество, и чтобы Инфлянты (Ливония) оставлены были за Литвой.