Такая переписка между Москвой и Переяславлем возобновлялась неоднократно. Мать, чуя своим любящим сердцем, что над головой сына скопляется гроза, усиленно зовёт его домой, а он, не ведая забот и тревог, весёлый и радостный, шлёт ей известия о кораблях.
«Гей, о здравии слышать желаю и благословения прошу, — пишет он ей, — а у нас все здорово, а о судах паки подтверждаю, что зело хороши все, и о том Тихон Никитич сам известит. Недостойный Petrus». [1]
Скоро, однако, царственному плотнику-подмастерью пришлось внять голосу матери, временно устраниться от любимых занятий и любезных ему мастеров «Немецкой слободы» и действительно подумать о своей дальнейшей судьбе. Притязаниям Софии наступила пора дать отпор, и настало время променять топор, пилу и барабан на единодержавный скипетр, для которого семнадцатилетняя рука его уже достаточно окрепла.
Осенью 1689 года у него произошёл окончательный разрыв с сестрою, которую, по настояниям близких ко двору Натальи Кирилловны лиц, он решил устранить от незаконного участия в управлении делами государства.
Придя к такому решению, он писал старшему брату, царю Ивану Алексеевичу:
«Братец государь царь Иван Алексеевич с невестушкою, и с своею супругою, и с рождением своим в милости Божьей, здравствуйте. Известно тебе, государю, чиню купно же и соизволения твоего прошу о сём, что милостию Божиею вручен нам двум особам скипетр правления прородительного нашего Российского царствия, якоже о сем свидетельствует матери нашие восточные церкви соборное действо 190 году, также и братнем нашим, окрестным государем, о государствовании нашем известно, а о третьей особе, чтоб с нами быть в равенственном правлении, отнюдь не воспоминалось. А как сестра наша царевна София Алексеевна государством нашим учела владеть своею волею, и в том владении, что явилось особам нашим противное и народу тягость и наше терпение, о том тебе, государю, известно. А ныне злодеи наши Фетка Шакловитой с товарищами, не довольствуясь милостью нашею, преступая обещания свои, умышлял с иными ворами об убийстве над нашим и матери нашей здоровьем, и в том по розыску и с пытки винились. А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особям Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли семи в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей ц. с. а., с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быть не изволяем: на то б и твоя б государя моего брата воля склонилася, потому что учела она в дела вступать и в титлах писаться собою без нашего изволения, к тому же еще и царским венцом для конечной нашей обиды хотела венчаться. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас. Тебе же, государю братцу, объявляю и прошу: позволь, государь, мне отеческим своим изволением, для лучшей пользы и для народного успокоения, не обсылаясь к тебе, государю, учинить по приказам правдивых судей, а не приличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре. А как, государь братец, случимся вместе, и тогда поставим все на мере. А я тебя, государя брата яко отца почитать готов. А о ином к тебе, государю, приказано словесно донести верному нашему боярину князю Петру Ивановичу Прозоровскому и против сего моего писания и словесного приказу учинить мне отповедь. [2]
Пишу в печалях брат ваш царь Пётр здравия вашего желаю и челом бью».
Столкновение с сестрой повело за собою открытую борьбу, в которой София Алексеевна, опиравшаяся исключительно на приверженцев старины, должна была уступить брату. За последнего встала молодая Москва, представители «Немецкой слободы», к которым присоединилась и вся Россия: в сентябре 1689 года царевна София была отстранена от правления, заключена в монастырь, и Пётр принял в единоличное ведение судьбу государства. Но он был еще слишком молод и неопытен, чтобы на самом деле управлять тяжёлым кормилом правления. Первое время все делалось согласно указаниям его дяди, Льва Кирилловича Нарышкина; сам же молодой государь, немедленно по окончании борьбы с сестрою, снова обратился к излюбленным военным упражнениям, но уже теперь в присутствии и при участии всего двора.
Жители «Немецкой слободы», иностранцы, проживавшие в Москве, снова выступили на правильный план, из коих любимцев Петра и человеком наиболее при нем влиятельным становится Лефорт, делающийся отныне его неразлучным товарищем, верным участником всех царских предприятий и затей. Этот блестящий представитель «Немецкой слободы» в короткое время успевает убедить своего царственного друга, что время науки исключительно в слободе миновало, что за этим временем остается лишь предание славного прошедшего, но что путь истинной славы молодого монарха лежит не в окрестностях Москвы, а за пределами государства. Лефорт раскрывает перед Петром двери Европы, и юный государь, первый из всех русских царей, по совету своего друга, решается, в целях самообразования, переступить порог Отечества. Таким образом, в лице Лефорта Россия находит живое звено, соединяющее ее со всем остальным просвещенным миром, которого она так долго доселе чуждалась.