Первоначально программа ССУ по России была направлена главным образом на уничтожение ядерного оружия. В 1997 финансовом году сенаторы Нанн, Лугар и республиканец от штата Нью-Мексико Пит Доменичи добились принятия поправки к Закону об ассигнованиях на оборону, предусматривавшей выделение Министерству обороны и Министерству энергетики дополнительно 94 млн. долл. на помощь России и другим постсоветским государствам в обеспечении безопасного хранения их ядерного, химического и биологического оружия. В рамках программы ССУ администрация Буша создала в Москве и Киеве Международные центры по науке и технике (МЦНТ). В задачу центров входило обеспечение работой специалистов-атомщиков, чтобы удержать их от эмиграции в страны-изгои. В конечном счете финансирование этих центров перешло от Министерства обороны к Госдепартаменту. В момент наибольшей активности, по оценке Госдепартамента, центры в Москве и Киеве обеспечивали работой до 11,5 тыс. бывших советских ученых-атомщиков{319}.[67]
Параллельно с этим Министерство энергетики также осуществляло несколько программ, направленных на реформирование сферы ядерной безопасности в России. В 1994 году американские ядерные лаборатории установили контакты с коллегами в прежде закрытых российских городах Арзамас-16 и Челябинск-70. В результате этих контактов между национальными лабораториями, дополнявшими межправительственное сотрудничество между американским Министерством энергетики и российским Министерством атомной промышленности, была разработана Программа по защите, контролю и отчетности в отношении ядерных материалов (ПЗКОЯМ). Эта программа была направлена на обеспечение безопасности хранения и ведения отчетности о российских ядерных материалах. Развивалась она медленно, поскольку никто не хотел отвлекаться от главной задачи — ядерного разоружения, особенно придания безъядерного статуса Украине, Беларуси и Казахстану{320}. Начав со скромного бюджета в 3 млн. долл. в 1993 году, эта программа в период администрации Клинтона к 2001 году расширилась до 145 млн. долл.{321}
В этот же период Министерство энергетики США инициировало Программу предотвращения распространения (ППР). Сходная по своему содержанию с программой МЦНТ, она была направлена на то, чтобы предоставить средства ученым-ядерщикам, которые были готовы использовать свои знания и технологический потенциал в гражданской сфере. В 1994 году Конгресс выделил на эту программу 35 млн. долл. В последующем эта цифра ежегодно снижалась. В 1998 году Министерство энергетики начало новую программу под названием «Инициатива ядерных городов», на которую в 2000 году было выделено 25 млн. долл.{322} К 2001 финансовому году бюджетные средства, выделенные Министерству энергетики на оказание помощи России, составляли 335,5 млн. долл., что делало это бюрократическое ведомство самым крупным поставщиком помощи России, его опережало лишь Министерство обороны. В отличие от этого, «российский» бюджет Агентства международного развития на 2001 финансовый год составлял 91,4 млн. долл., в то время как все ассигнования в рамках Закона «О поддержке свободы…» составляли 159,4 млн. долл., то есть менее половины того, чем располагало Министерство энергетики{323}.
В первые годы осуществления Программы совместного снижения угроз никто в администрации Клинтона не сомневался, что она должна быть продолжена. Однако были споры относительно приоритетности этой программы в общей бюджетной схеме Пентагона. Уильям Перри и его аппарат настойчиво добивались расширения финансирования этой программы, даже в ущерб некоторым другим проектам Министерства обороны. Перри вспоминает: «Мне надо было составить реалистичную программу, найти источники ее финансирования, а затем пойти в Конгресс и заявить: «Мы не собираемся выполнять те шесть программ, которые вы от нас ожидаете. Вместо этого мы намерены направить деньги на реализацию программы Нанна-Лугара». Теперь мы это делаем… Сэм Нанн оказал мне очень серьезную поддержку, и нам удалось преодолеть сопротивление оппозиции»{324}.