Массовые миграции кочевников, которые часто превращались во вторжения и завоевания, с самой древности были отличительной чертой евразийской истории. Узбекское вторжение-миграция было одним из последних таких переселений. Завоевания Шейбани-хана позволили восстановить господство Чингизидов над Мавераннахром, но не отменили культурные преобразования эпохи Тимуридов. Как и Тимуриды, Шейбаниды приняли ислам и покровительствовали мусульманской элите. Государство Шейбанидов представляло собой сильно децентрализованную племенную конфедерацию, однако первенство в Мавераннахре принадлежало Бухаре – столице, центру торговли и образования. Кульминацией истории этой династии стало правление Абдуллы-хана II (1583–1598 гг.), на протяжении которого в Бухаре было построено несколько медресе и караван-сараев. Власть Шейбанидов повлияла и на демографию Мавераннахра: здесь появилось многочисленное тюркское население, значительная часть которого осела и занялась земледелием. Персидский язык остался языком образования и управления, однако в долгосрочной перспективе прирост тюркского населения изменит и языковую ситуацию. В 1598 году Шейбанидов свергла еще одна династия Чингизидов из улуса Джучи – Аштарханиды. Это событие имеет прямое отношение к окончательному краху Золотой Орды. Московское княжество стало самым могущественным среди русских княжеств, завоеванных монголами в 1240-х годах. По мере ослабления Золотой Орды Московское княжество стало меняться ролями со своими бывшими правителями. Уже в 1397 году некоторые татарские князья стали вассалами Московии. На заре XVI века Московское княжество диктовало условия волжскому Казанскому ханству. В 1547 году великий князь московский Иван IV (Грозный) принял титул царя, в который были намеренно заложены имперские коннотации, это был еще и явный признак отказа от какой бы то ни было связи со степной политической традицией. В 1552 году он осадой взял Казань и присоединил к Руси. Это была русская реконкиста, и историки часто рассматривают данное событие как основание того, что в будущем станет Российской империей. Четыре года спустя Иван Грозный повел свои войска вниз по Волге к Астрахани, столице еще одного государства-преемника Золотой Орды, и захватил ее. Так Московское княжество закрепилось на Каспийском море. Некоторые члены правящей семьи Астраханского ханства бежали в Мавераннахр, где (спустя поколение, в момент династического кризиса) им удалось свергнуть Шейбанидов. В Мавераннахре продолжалось правление Чингизидов при новой династии.
Не всех устраивало переселение Шейбани-хана на юг. Другие подданные Абулхайра отделились и остались на севере под предводительством чингизидских ханов Джанибека и Гирея. Эти группы стали называть казахами. Они продолжали вести кочевой образ жизни и кочевали по обширным землям к северу от Сырдарьи, от реки Урала на западе до озера Балхаш на востоке, где соседствовали с джунгарами – западными монголами, принявшими буддизм. Два столетия казахи были важной частью политической жизни Евразии: поддерживали отношения с Московским княжеством на западе, с джунгарами на востоке и узбеками Мавераннахра на юге, а также контролировали торговые пути, соединявшие эти государства.
Таким образом, в XVII веке династии Чингизидов правили всей Центральной Азией, за исключением Джунгарской степи. Новый политический порядок, сложившийся после восстановления чингизидской династии, носил чрезвычайно децентрализованный характер. Ханы казахской степи правили своими подданными совместно с другими потомками Чингисхана. К началу XVIII века казахскую степь делили между собой три племенных союза, или жуза, которые в западной литературе обычно называются ордами: Младший жуз (Киши жуз), Средний жуз (Орта жуз) и Старший (Улы жуз). Государства Мавераннахра и Моголистана, сосредоточенные вокруг крупных городов, тоже были децентрализованными. Их ханы были старшими потомками династии Чингизидов. Им приходилось выстраивать отношения с другими Чингизидами, а также с не относящимися к Чингизидам тюркскими племенами, которые обеспечивали военную мощь государств. Тюркская военная элита (эмиры) рассчитывала на долю доходов, получаемых от сельского хозяйства и торговли, и всегда могла перейти от одного Чингизида к другому. Следствием этого была слабость государственной власти и постоянная политическая нестабильность.