Экспансия джунгар привела их к конфликту с династией Цин. Маньчжурские воины основали эту династию, когда свергли династию Мин и завоевали Китай – примерно в то же время, когда джунгары строили свое государство. Маньчжуров объединяли со степными народами многие традиции Внутренней Азии. На ранних этапах своих завоевательных походов они покорили восточные монгольские племена и включили их в состав империи в качестве военной элиты. Нурхаци, основатель династии Цин, женился на дочери монгольского вождя, и браки между императорской семьей и монгольской знатью стали обычным явлением. Династия Цин интересным образом соединила политическую идеологию Внутренней Азии и китайские методы организации и с помощью этой комбинации управляла самой густонаселенной империей того времени. Цин была династической империей, ею правила коалиция маньчжурских и монгольских воинов, которые считали, что отличаются от всех покоренных ими народов. Их отношения начались довольно мирно, когда в 1653 году джунгары отправили дипломатическую миссию в Пекин, но затем достаточно быстро ухудшились. Династия Цин ожидала, что джунгары станут вести себя как их вассалы, однако у Галдана (1677–1697 гг.), завоевателя Алтышара, были менее скромные амбиции. Обстановка накалялась, и в 1687 году началась первая из многих войн китайской державы против джунгар. У империи Цин было преимущество огромного земледельческого государства, однако значительные расстояния и размеры территории играли на руку джунгарам, обладавшим большой скоростью и мобильностью, и они раз за разом отражали нападения армии Цин. Джунгары оставались для Цин постоянной угрозой, однако последние осознавали опасность вторжения джунгар в империю и потратили несколько десятков лет на строительство оборонительных сооружений и военных путей на западе. Обретя новую силу, Цин распространили свое влияние на Восточный Туркестан. Мусульманские беки Кумула и Турфана стали вассалами и частью системы военного правительства.
Смерть джунгарского правителя Галдана-Цэрэна в 1745 году положила начало борьбе за престолонаследие, давшей шанс династии Цин. Когда Амурсана, один из претендентов на трон, обратился к империи за помощью в 1755 году, император Цяньлун был только рад услужить – и цинские армии разгромили Давачи, соперника Амурсаны. Однако Амурсана не удовлетворился положением вассала империи и поднял восстание. Тогда у Цяньлуна, похоже, закончилось терпение. Он объявил о полномасштабном вторжении в земли джунгар, намереваясь решить проблему раз и навсегда. «Никакого милосердия к мятежникам, – командовал он. – Пощадить лишь слабых и стариков. Мы воевали слишком мягко. Если так продолжится и дальше, наши войска отступят и не миновать новых трудностей»{14}. Это была грандиозная по своим масштабам кампания, длинные пути снабжения проходили по враждебной территории, однако войска справились с задачей. За следующие два года сражений имперская армия уничтожила джунгарский народ. Погибла пятая часть мужского населения Джунгарии, а женщин и детей распределяли в качестве слуг к военным командирам. Еще две пятых населения джунгар умерли от оспы, а остальные бежали на запад. Джунгария почти обезлюдела, и ее присоединили к империи Цин. «С такой политикой, – пишет Питер Пердью, ведущий специалист по истории той эпохи, – династии Цин удалось раз и навсегда силой добиться "окончательного решения" проблемы северо-западной границы Китая»{15}.
Экспансия династии Цин могла бы прекратиться уже на этом этапе, но обстоятельства сложились так, что она продолжилась. Джунгары удерживали Бурхануддина и Джахана, внуков Афак Ходжи, в качестве заложников в Кульдже. Китайцы освободили их и оказали им поддержку, чтобы сделать своими вассалами в Алтышаре. Однако после восстания Амурсаны братья тоже отказались от присяги династии Цин и попытались утвердить свою собственную власть. Император Цяньлун провел карательную экспедицию, и следующие два года цинские армии преследовали ходжей и их сторонников по всему Алтышару и Западному Туркестану. Братьев приютил Султан-шах, правитель Бадахшана (сейчас это Северный Афганистан), однако это убежище оказалось лишь временным. Когда цинские армии бросились в погоню по горячим следам, Султан-шах тянул сколько мог, но в итоге приказал убить братьев и отдал голову Джахана-ходжи маньчжурам. Трофей привезли в Пекин и торжественным образом преподнесли императору, а затем выставили на всеобщее обозрение у главных ворот Запретного города{16}.