Однако в 1538 г. во время эпидемии Нострадамус потерял жену и детей. Семья д’Энкосс подала на него в суд, требуя вернуть приданое. Почти одновременно медик получил приказ явиться к инквизитору Тулузы в связи с антикатолическими высказываниями де Нотрдама. К этому же периоду относится и разрыв со Скалигером, причины которого остаются неясными.
Нострадамус вновь отправляется в странствия. В 1539–1544 гг. его видели в Венеции, Турине, других итальянских городах, а также в Эльзасе. В мае 1544 г. он принял участие в борьбе против эпидемии чумы в Марселе. С мая 1544 г. по январь 1545 г. он вновь борется с эпидемией – на этот раз в Экс-ан-Провансе. Наконец, в 1547 г. врач посещает Лион, где вместе со своими коллегами также принимает участие в противоэпидемических мероприятиях.
Чума, как и другие эпидемические болезни (собственно, peste была их собирательным названием), оставалась неизлечимой. Работа врача, которому подчинялись специальные бригады, сводилась к принудительному удалению из города заболевших либо их изоляции, попыткам защиты здоровых, а также контролю за похоронами мертвых; речь шла не о лечении, а о локализации эпидемии. До открытия антибиотиков о лечении чумы не могло быть и речи. Профилактика эпидемических заболеваний также находилась в зачаточном состоянии. Догадка Дж. Фракасторо о специфичности заразного начала («контагия») была выдвинута как раз в это время, но потребовались века напряженных научных исследований, чтобы победить болезнь. В XVI же столетии чума воспринималась как бич Божий – наподобие стихийного бедствия, которое нельзя предсказать, предупредить и тем более остановить.
Сведения о том, что Нострадамус открыл некое средство от чумы – за 400 лет до эры антибиотиков – часть поздней легенды о нем. На самом деле рецепт этого средства (ароматические вещества) не выходит за рамки современной ему медицины. Это состав профилактического, а не лечебного действия. Такие составы были широко распространены (нечто подобное приводится и в сочинении Фракасторо). Верно и то, что на тот момент такой состав был лучшим, что могла предложить медицина; альтернативой были облатки с цитатами из Св. Писания, магические снадобья из порошка рога единорога (рецепты типа пресловутого «философского яйца») и кровопускания.
В 1547 г. Нострадамус поселяется в Салоне де Кро (Salon de Craux en Provence). В ноябре этого же года он сочетается вторым браком с вдовой Анн Понсар Жемеллой (Anne Ponsard Gemelle). Это был год «смены власти» (mutation de regne) – смерть Франциска I знаменовала собой начало нового периода в истории Франции. Его сын Генрих II учредил «Огненную палату» – орган внесудебной расправы с «еретиками»-протестантами. Одновременно он отменил налоговые льготы в Аквитании, что привело к массовым восстаниям, с исключительной жестокостью подавленным коннетаблем (главнокомандующим) Анном де Монморанси. Казалось, что золотой век Франциска, оказывавшего широкое покровительство людям науки и искусства и не проявлявшего излишней жестокости без особой надобности, сменяется мрачными временами.
Нострадамус прочно обосновался в Салоне. Он приобрел дом, продолжал медицинскую практику, не прекращая, однако, своих поездок. Одну из них, в Геную и Савону, он совершил около 1549 г., – одновременно с Франсуа Рабле. Цели и обстоятельства его путешествий в Италию остаются неясными.
В 1550 г., после очередной поездки в Италию, Мишель де Нотрдам выпустил астрологический предсказательный альманах.
Жанр альманаха был чрезвычайно распространен в Европе XV и особенно XVI вв. Эти книжечки, да часто и просто листки или складные буклеты, сочетали в себе календари – гражданский, церковный, медицинский и сельскохозяйственный, а также сведения познавательного и нравоучительного характера. Также они содержали астрологические предсказания самой разной тематики – политика, войны, медицина, церковная жизнь, погода… Все это сопровождалось ссылками на Альбумазара, Алькабита, Птолемея и других известных астрологов древности – для придания этим изданиям авторитета. Их популярность была очень высокой; в XVI в. в Европе выходили сотни альманахов – на латыни, а также английском, итальянском, немецком, испанском, французском и других языках.
Альманахи Нострадамуса, впрочем, выделялись из общего ряда. В них доминировала тема близких бедствий; значительное место автор отвел будущей судьбе (как правило, очень печальной) французских земель и стран Европы. С 1555 г. в его альманахах стали появляться пророческие четверостишия, резюмировавшие предсказания на месяц. Весной 1555 г. он выпустил первое издание «Пророчеств магистра Мишеля Нострадамуса», состоявших из пророческих четверостиший (катренов), относившихся, как следовало из предисловия, в том числе и к событиям далекого будущего.