В январе 1815 года инквизиция была временно восстановлена в Мексике, когда власть в стране на короткое время перешла к роялистам. Имущество трибунала было возвращено, однако от его прежнего богатства осталось всего 773 песо и голые стены без мебели. В 1817 году состоялся последний процесс – над человеком, обвиненным в чтении запрещенных книг. Затем, в 1820 году, когда Мексика добилась независимости от Испании, инквизиция была окончательно и бесповоротно запрещена.
Учрежденная в 1571 году, инквизиция в Мексике распространяла свою юрисдикцию на Центральную Америку, на испанские владения в Северной Америке и – по другую сторону Тихого океана – на испанский доминион Филиппины. Двумя годами раньше, в 1569 году, инквизитор прибыл в Перу, и в 1570 году в Лиме был учрежден отдельный трибунал. Его юрисдикция простиралась к югу до Чили и Аргентины и, по крайней мере в течение некоторого времени, к северу до Колумбии, Венесуэлы и Карибских островов.
Деятельность инквизиции в Перу очень близко напоминала деятельность родственного ей института в Мексике. Как и в Мексике, ересь первоначально подпадала под юрисдикцию местных епископов. Когда инквизиция была официально учреждена в 1570 году, в Лиме и Куско ожидали своего решения более ста дел. Как и в Мексике, рассмотрение всех подобных дел перешло из рук епископов в ведение собственного трибунала инквизиции, который начал свою деятельность с того, что сжег в 1573 году протестанта-француза. В Лиме также индейцы были освобождены из-под юрисдикции инквизиции. Однако в каждую местность, занятую испанскими поселенцами, были назначены представители трибунала. В Лиму по заведенному порядку передавались дела из Буэнос-Айреса (за 2 тысячи миль), а также из Сантьяго-де-Чили. И в Перу инквизиция получала большую часть своего все увеличивавшегося дохода от преследования богатых купцов. Немало богатых купцов, главным образом португальского происхождения, были арестованы в 1634 году; им было предъявлено обвинение в тайном исповедовании иудаизма, а их собственность была автоматически конфискована. В 1639 году состоялось «великое аутодафе», подобное тем, которые проводились в Мексике, и миллионы дополнительных песо были присвоены инквизицией. Эти средства, по словам одного историка, «буквально испарились, и никто не знал, куда они делись». Когда Филипп IV Испанский узнал о масштабе конфискаций, он потребовал свою долю от выручки. Инквизиция признала вырученную ею сумму, но сослалась на то, что у нее почти ничего не осталось от нее после расчета со своими кредиторами, из которых мало кто существовал на самом деле. Как и ее мексиканский аналог, инквизиция в Перу имела немалое количество досадных дел, в особенности касавшихся совращения женщин в исповедальне священниками. С 1578 по 1585 год было пятнадцать подобных случаев. К 1595 году в тюрьме находились двадцать четыре священнослужителя, обвинявшихся в том же преступлении. Один из них проявил столь бурную приапическую активность, что на него донесли сорок три женщины. Приговоры же, выносимые аморальным священнослужителям, были в целом смехотворными. Большинство просто лишались на какое-то время права причащаться или отсылались на год-два в монастырь. Как и в Мексике, законной – и менее стыдной, чем похотливые священники, – добычей были протестанты. Среди англичан на аутодафе 30 ноября 1587 года был Джон Дрейк, кузен сэра Фрэнсиса. Корабль Дрейка, обогнув мыс Горн, потерпел крушение в Тихом океане, недалеко от берегов современной Чили. Он с товарищем перебрался через горы, а затем доплыл на каноэ до самого Буэнос-Айреса. Тут их схватили и отправили снова через горы в Лиму. Во время процесса Дрейк капитулировал, принял католичество и был приговорен к трем годам жизни в монастыре. Его товарищ оказался более упрямым, его подвергли пыткам, а затем приговорили к четырем годам каторжных работ на галерах с последующим пожизненным заключением.
Английские заключенные снова фигурировали на аутодафе в апреле 1592 года, и трое были приговорены к смерти. Затем в 1593 году Ричард Хокинс, сын сэра Джона, предпринял безрассудную экспедицию против испанских укреплений на побережье Тихого океана, затем двинулся в глубь территории. Летом следующего года после сражения неподалеку от Кито, столицы современного Эквадора, он был вынужден сдаться вместе с семьюдесятью четырьмя своими соратниками. Шестьдесят два из них были сразу же отправлены на галеры. Оставшихся, в том числе самого Хокинса, доставили в Лиму и передали в руки инквизиции. Восемь из них, вместе с семью другими английскими заключенными, захваченными в плен в других местах, предстали перед судом во время аутодафе 17 декабря 1595 года. Все они обратились в католичество и благодаря этому избегли костра, впрочем, другие четыре жертвы разных национальностей были сожжены. Сам Хокинс был слишком болен, чтобы появиться на суде. Однако его имя и то уважение, которое он приобрел у испанцев, принесли ему исключительное в таких случаях освобождение от наказания. В конечном итоге он смог вернуться в Англию, где был удостоен рыцарского звания. Ближе к концу семнадцатого столетия инквизиция в Перу, подобно своему мексиканскому аналогу, становилась все более вялой, неэффективной и коррумпированной. Инквизиторы вели себя подобно знати и свободно предавались мирским удовольствиям. Один из них, к примеру, снискал себе дурную славу тем, что держал в качестве любовниц двух монашек. Как и в Мексике, инквизиция в Перу получила новый толчок от французской революции и возвышения Наполеона. Перуанские инквизиторы тоже стали ревностно изобличать политически вредоносные материалы и преследовать «вольнодумцев», франкмасонов, мнимых или реальных революционеров и всех врагов режима. В 1813 году, однако, инквизиция в Перу была запрещена реставрированной испанской монархией. Она снова была учреждена в 1815 году, однако потерянных денег себе не вернула. В 1820 году она была окончательно и бесповоротно упразднена.
Хотя первые испанские поселения были в Вест-Индии и на Карибских островах, они находились под властью Перу. Только в 1719 году было создано новое, третье по счету вице-королевство – Новая Гранада – со столицей в Картахене, что на территории современной Колумбии. Такое разделение юрисдикции в Латинской Америке было установлено сначала Церковью, а уже потом короной. В 1532 году была утверждена епископская кафедра Картахены и назначен епископ. В 1547 году Богота стала столицей провинции. Спустя шесть лет она получила статус архиепископской епархии. Колумбия, Венесуэла и Карибские острова подпадали под политическую власть вице-короля Перу, однако обладали своей собственной духовной властью. Архиепископ Боготы располагал полномочиями, сопоставимыми с полномочиями архиепископов Лимы и Мехико. Они включали, по крайней мере первоначально, и инквизиторские полномочия. Так, в 1556 году архиепископ издал указ о том, что в его епархии нельзя продавать и даже иметь у себя никакие книги, за исключением тех, которые были изучены и одобрены Церковью. Как уже отмечалось, в 1570 году в Лиме инквизиция учредила собственный независимый трибунал, обладавший полномочиями на территории всех испанских владений в Латинской Америке южнее Панамы. В 1577 году трибунал в Лиме направил инквизитора в Боготу. Этот человек быстро приобрел дурную славу. Он яростно враждовал с архиепископом. Он регулярно держал женщин в своих апартаментах и нередко жестоко с ними обращался. Местные монахини запретили ему доступ в свою обитель из-за его «распутных речей». Один из его преемников пошел еще дальше и снискал себе репутацию развратника за «адюльтеры и инцесты со служанками, женами и вдовами, матерями, дочерями и сестрами». В 1608 году инквизиция в Испании учредила новый, отдельный трибунал в Картахене, снабдив его полномочиями, сравнимыми с полномочиями трибуналов Лимы и Мехико. Его власть простиралась от Панамы, Колумбии и Венесуэлы до Гвианы и Вест-Индии. Новый трибунал вскоре стал даже более коррумпированным, чем трибуналы в Лиме и Мехико. В течение более столетия поблизости не было вице-короля, чтобы держать его в узде. А когда в 1719 году было наконец создано вице-королевство Новая Гранада, картахенская инквизиция была слишком сильна, чтобы позволить вмешиваться в свои дела. Первое аутодафе состоялось в феврале 1614 года. Тридцать жертв были проведены через город и осуждены за различные незначительные провинности. Желая посостязаться в помпезности и зрелищности с аутодафе в Лиме и Мехико, картахенские инквизиторы отнеслись к своим обязанностям с небывалой серьезностью, и «многословие было таково, что церемонии продолжались с половины десятого утра до позднего вечера».