Ряд участников Стоглавого собора (иосифляне) встретили программу, изложенную в царских вопросах, ожесточенным сопротивлением. Гнев Ивана IV обрушился на наиболее видных представителей иосифлян. 11.05.1551 г. (т. е. через несколько дней после завершения собора) была запрещена покупка монастырями вотчинных земель «без доклада» царю. У монастырей отбирались все земли бояр, переданные ими туда в малолетство Ивана (с 1533 г.). Тем самым был установлен контроль царской власти над движением церковных земельных фондов, хотя сами по себе владения остались в руках у церкви. Церковь сохраняла свои владения и после 1551 г. Кстати, при первом Патриархе России Иова (в пику Ивану Грозному) в 1579 г. Волоцкого Иосифа причислили к лику святых. А 07.12.2009 г. по благословению патриарха Кирилла Иосиф Волоцкий был объявлен покровителем православного предпринимательства и хозяйствования (Кирилл-Гундяев подытожил главный смысл церковной деятельности Иосифа).
В дальнейшем наиболее значимые события в жизни церкви наступили во времена смуты. Этому периоду истории будет уделено особое внимание, так как день окончания смуты и польской оккупации официально объявлен одним из самых значимых государственных праздников современной России, который неоднозначно трактуется историками и РПЦ. Но, как считает автор, приоритетного внимания заслуживает точка зрения по этому вопросу доктора исторических наук, профессора А.В.Пыжикова («Украинский колорит русской Смуты». https://ss69100.livejournal.com/3916577.html).
После смерти последнего Рюриковича – царя Федора Иоанновича в 1598 году польский король Сигизмунд III обратился к московскому боярству с предложением избрать на трон себя, сулил всем шляхетские вольности. Годунову же обещал сохранить положение правителя, как и было при Федоре. Годунова это не устроило, и вскоре появился Лжедмитрий I (Гришка Отрепьев, предположительно, бывший вассал Романовых), по мнению А.В.Пыжикова, как совместный продукт Варшавы, запорожско-приднепровского казачества, а также «пятой колонны» в лице литовско-украинской и московской элит. Его в Польше основательно подготовили к воцарению, и в 1604 году он двинулся на Россию.
В Туле произошло знаменательное событие – встреча с представителями той самой «пятой колонны», существование которой не желают видеть романовские историки и официальная церковь. Туда прибыли трое братьев Шуйских, Ф. И. Милославский, В. В. Голицын, Д. И. Масальский. После встречи с ними Отрепьев в качестве доказательства своего царского происхождения начал демонстрировать усыпанный бриллиантами крест, якобы подаренный ему в детстве Милославским.
Кроме бояр в Тулу приехал и еще один любопытный персонаж – Рязанский архиепископ Игнатий. Вместо преданного Годунову патриарха Иова, именно Игнатий, первым из церковников публично приветствовавший новоявленного «государя», был избран и поставлен в 1605 году новым Патриархом Московским и всея Руси на архиерейском соборе (А.А.Булычев // Православная энциклопедия. – М.: Церковно-научный центр «Православная энциклопедия», 2009, т. XXI, с. 110–113, с.752 – ISBN 978-5-89572-038-7).
Весть о смерти Годунова деморализовала его сторонников, после чего массовый переход на сторону Лжедмитрия стал фактом. К нему из Москвы прибыли многие, включая даже царскую кухню с прислугой.
Наконец 20 мая 1605 года вся польско-украинско-боярская компания торжественно въехала в Кремль. Московские колокола многочисленных церквей не смолкая звонили весь день, из-за чего, по свидетельству очевидцев, свита Лжедмитрия с непривычки чуть не оглохла (это так церковь встречала ставленника польских оккупантов).
«Царь» первым делом отправился к гробу Ивана Грозного и погрузился в громкие рыдания. Через некоторое время привезли «мать» – инокиню Марфу (Нагую): сцена с рыданиями повторилась снова. Были возвращены практически все опальные семейства, пострадавшие во время годуновского правления.
Особенно трепетное отношение псевдоРюрикович продемонстрировал к семейству Романовых. Филарет (в миру Федор Романов) из простого монаха был возведен в сан Ростовского митрополита, а его 12-летний сын Михаил (будущий царь) – получил чин стольника при дворе Лжедмитрия, что явилось беспрецедентным для того времени. Кроме того, умерших в ходе гонений романовских родственников перевезли в столицу и с почестями перезахоронили.