Наказание еретиков сожжением на костре было введено в светское законодательство многих стран в XII–XIII вв. Для оправдания этого обычно ссылались на «божественные» законы. Так получила «теоретическое» обоснование длившаяся несколько веков церковная программа «заботы о спасении душ».
Другим источником религиозной нетерпимости в христианстве стала доктрина «спасения верой», исходя из которой долг христианина – обращать неверующих на путь спасения. Если проповедь и убеждение оказываются недейственными, если неверующие упорствуют в неприятии учения церкви, то тем самым они создают соблазн для других и угрожают их спасению: отсюда проистекает потребность удалить их из общества верующих – отлучением, наказанием или сожжением на костре.
Святая инквизиция (Inquisitio baereticae pravitatis) или святой трибунал (sanctum officium) – это был первый в мировой истории государственно-церковный орган искоренения инакомыслия. Количество преследованных, искалеченных, отверженных, лишенных имущества и доброго имени исчислялось миллионами, в их числе – участники народных еретических движений, руководители восстаний, герои патриотической борьбы, философы и естествоиспытатели, гуманисты и просветители, противники папства и феодальных порядков, народные знахари и ведуны. Католическая церковь не терпела конкурентов и инакомыслящих. На протяжении столетий костры инквизиции неизменно пылали там, где пробивались ростки нового, передового, нетрадиционного, свободного от догм и табу.
С историей средневековой инквизиции можно познакомиться по переведенной на многие европейские языки «Критической истории» Хуана-Антонио Льоренте и по двухтомнику американского историка Генри Чарльза Ли «История инквизиции в средние века» (1888), а также дополняющей его монографии С.Г.Лозинского, изданных на русском Брокгаузом и Ефроном в 1911–1914 г.г. Эти книги на многие годы заставили замолчать многих апологетов инквизиции. Ведь инквизиция в зародыше душила ростки всего нового и живого, тормозя социальное и духовное развитие человеческого общества.
Имя Бернардо Гуи, автора книги «Руководство инквизитора» (начало XIV века) ужасало всю Европу. Основатель ордена Доминик де Гусман за фанатическую преданность папскому престолу и заслуги ордена в расправе с еретиками (1234) был возведен в ранг святых…
В монастыре Санто-Доминго Кориканча в Перу гиды обращают внимание туристов на статую Сант Яго, организовавшего массовые убийства индейцев за отказ принять христианскую веру. Этот серийный убийца также объявлен католической церковью святым за борьбу с «неверными»…
Доносительство поощрялось светскими и церковными властями. В церквях пастве оглашался специальный «эдикт предательства», согласно которому все верующие должны были произносить вслед за инквизитором следующую клятву: «Клянусь перед Богом, святой Марией, крестом и знаменем и святым евангелием, что буду поддерживать, защищать и помогать святой католической вере и святой инквизиции (каково словосочетание!?), ее руководителям и министрам, разоблачая и сообщая обо всех и любых еретиках, их пособниках, защитниках и укрывателях, и тех, кто мешает и препятствует работе упомянутого святого трибунала (!), и что не окажу им помощи и поддержки и не укрою их. Более того, как только о них узнаю, сразу же сообщу и заявлю о них господам инквизиторам, в противном случае да спросит с меня господь Бог как с сознательного клятвопреступника».
На допросах инквизиторские палачи для получения признаний еретиками использовали жесточайшие пытки, опираясь на свод из 219 ересей, с вытягиванием кишок живьем и т. п. Наиболее кровавый след в истории оставила испанская инквизиция, Ее действия в Испании привело не только к экономическому упадку страны, но чуть ли не к двукратному сокращению численности населения на протяжении 70-летнего владычества инквизиции.
Охота на ведьм, процессы и казни женщин, обвиненных в ведовстве, продолжались до второй половины XVIII века и прекратились только тогда, когда могущество средневековой католической церкви было резко подорвано ее собственной деятельностью – еще один симптом наступающего заката. Последние казни ведьм и колдунов датируются: в Голландии – 1610, в Англии – 1684, в Америке – 1692, в Шотландии – 1727, во Франции – 1745, в Германии – 1775, в Швейцарии – 1782, в Польше – 1793, а в Испании – 1826 г.
В 1833 г. скончался Фердинанд VII, а в следующем году инквизиция была упразднена окончательно. Мрачный институт Святейшей Инквизиции перестал существовать. Христианская Церковь избавилась от такого порока и сам Папа Римский Иоанн-Павел II, произнес покаяние перед всем миром за этот грех.