Государство начало выделять средства на содержание церкви, признавало за церковными праздниками статус государственных. Система орденов империи была основана на именах святых, что создавало сложности при присвоении орденов лицам неправославных вероисповеданий. Сращивание РПЦ с государством проявилось и в том, что православные священники фактически получали чины в соответствии с Табелью о рангах; высшее духовенство приравнивалось к генеральским чинам.
По состоянию на 1898 год Российская православная церковь насчитывала 66 епархий, из них 64 в пределах империи, одна (Алеутская) в Америке, одна (Японская православная церковь) в Японии, 37 тысяч приходов, 720 соборных церквей, 2 тысячи церквей при общественных и государственных учреждениях, 440 монастырей мужских и 250 женских.
Согласно законодательству Российской империи, ведение метрических записей о рождении, браке и смерти было предоставлено духовенству. Существовали ограничения брака между представителями разных исповеданий, в частности, по состоянию на 1898 год запрещались браки христиан с нехристианами. До 1874 г. все дети старообрядцев считались незаконнорождёнными, так как они отказывались венчаться в церкви. С 1874 г. для старообрядцев был введен гражданский брак. Ряд ограничений были наложены на переход из одной веры в другую: христианам запрещалось переходить в нехристианскую веру, православным – выходить из православия. В 1738 году, в царствование Анны Иоанновны, отставной морской офицер Александр Возницын обратился в иудаизм, за что был сожжён по приказу императрицы. Но не иметь никакой веры совсем запрещалось (Политический отдел и финансы/Церковь). Вплоть до 17 апреля 1905 года выход из православия считался уголовным преступлением («совращение из православия» каралось каторгой до 10 лет).
Государство использовало религию для решения национально-политических задач. Так, например, после польских восстаний 1831 года и 1863 года проводилась кампания по принудительному воссоединению греко-католиков с православием (в частности, этому давлению подвергались Украинская греко-католическая церковь и Белорусская греко-католическая церковь).
Присоединенные к православию иноверцы и их потомки зачастую лишь формально числились православными. Это относилось к латышам, насильственно присоединенным к православию, а затем «отпавшим» в лютеранство, греко-католикам, «упорствующим в католицизме», крещеным татарам «отпавшим в магометанство». Но самую большую группу составляли различные сектанты (в основном, старообрядцы), отпавшие от синодального православия, но официально числившиеся православными. Законом этим лицам запрещалось открыто исповедовать свою настоящую религию. Рождения, браки и смерти этой части населения большей частью оставались не записанными в метрические книги, они не имели законной семьи (В.К.Пинкевич. П.А.Столыпин и религиозный вопрос в начале XX века).
И только с 17 апреля 1905 г., под влиянием революции, был издан Указ об укреплении начал веротерпимости. Он разрешал «отпадение» от православия в другие христианские или нехристианские исповедания. Отменили законодательные ограничения в отношении старообрядцев и сектантов. Ламаистов было воспрещено впредь официально называть идолопоклонниками и язычниками (Именной высочайший указ, данный сенату «Об укреплении начал веротерпимости» от 17.04.1905 года).
Уголовное Уложение о преступлениях религиозных, вступившее в силу 14.03.1906, относило к религиозным преступлениям «богохуление и оскорбление святыни», что определялось как «произнесение бранных слов на Бога (Святую Троицу), Богородицу Деву Марию, Бесплотные Силы и Святых Угодников; предметом оскорбления святыни признаются Святые Таинства, Священное Писание, иконы, мощи, … христианская вера» (Право России). Менее тяжким преступлением считалось кощунство, то есть неуважение к христианству и его священным предметам, «непристойные насмешки» над верой и священными предметами. Богохуление христианской веры наказывалось вплоть до каторги, если оно было совершенно в церкви. Кроме того, преступлениями считалось «воспитывание малолетних по правилам не той веры, к которой они должны принадлежать по условиям рождения», и воспрепятствование принятию православия.
Также до 1905 г. существовала практика внесудебного заключения по «высочайшему повелению» императора в монастырские тюрьмы Соловецкого и суздальского Спасо-Ефимьева монастырей по религиозным мотивам (А.С.Пругавин. Монастырские тюрьмы в борьбе с сектантством: К вопросу о веротерпимости. Москва, 1905. СУЗДАЛЬСКАЯ МОНАСТЫРСКАЯ ТЮРЬМА). В июле 1913 г. 6-й ротой 50-го Белостокского полка в монастырях горы Афон на территории Греции с применением силы были задержаны и затем вывезены в Россию свыше 600 российских монахов, бывших сторонниками имяславия, осуждённого Святейшим Синодом как ересь (Еп. Иларион (Алфеев). СВЯЩЕННАЯ ТАЙНА ЦЕРКВИ. Введение в историю и проблематику имяславских споров).