Церковная жизнь на Юге постепенно восстанавливалась, однако повседневная тяжелая работа требовала верховного окормления. Святейший Патриарх, находясь в Москве, не мог руководить епархиями, отделенными линией фронта. Создавалась реальная угроза, что в отдельных губерниях, казачьих областях вопросы местной церковной жизни будут решаться «самостийно». Созываемый собор должен был учредить статус «высшего церковного управления, объединяющего церковную жизнь нескольких епархий», определить его состав и порядок работы.
Предсоборное совещание, начавшее свою работу в праздник Святой Пасхи 27 апреля 1919 г. в Екатеринодаре, обратилось с просьбой к старейшему на юге России архипастырю – архиепископу Ставропольскому Агафодору созвать Юго-Восточный Церковный Собор в Ставрополье в течении ближайшего месяца. Согласие Агафодора вскоре было получено и 19 мая 1919 г., после торжественного молебна, заседания Собора начались…
Несмотря на то, что на Соборе участвовали представителя лишь пяти кавказских епархий (Ставропольской, Донской, Владикавказской, Сухумско-Черноморской и Бакинской), признавалось, что «Временное Церковное Управление» будет руководить «всеми епархиями уже освобожденными и постепенно освобождаемыми» ВСЮР. Члены собора были уверены в «скорейшем освобождении Святейшего Патриарха», после чего временное разделение Церкви устраняется.
Собор работал с 19 по 23 мая. За это время были утверждены практически все постановления, касающиеся церковной жизни – от организации Высшего Временного Церковного Управления (далее – ВВЦУ) до проектов восстановления приходов. В соответствии с принятым «Положением» Управление признавалось носителем «Высшей церковной власти на юге России». По сути ВВЦУ становилось правительственным органом, близким по статусу к другим управлениям деникинского Особого Совещания при Главкоме ВСЮР. Деятельности Православной Церкви на юге России придавалось значение государственной политики. Председателем стал епископ Донской и Новочеркасский Митрофан (Тимошкевич), а в состав ВВЦУ вошел протопресвитер Шавельский. Практически весь аппарат протопресвитера армии и флота стал аппаратом Управления, а его начальник канцелярии И.Махароблидзе, возглавил канцелярию ВВЦУ.
Компетенцию Управления составили «все те дела, которые подлежали ведению и решению возглавляемых Патриархом Священного Синода и Высшего Церковного Совета… в полном соответствии с установленными правилами Всероссийского Поместного Собора». Уравнение в компетенции стало одной из причин последующего разделения Русской Православной Церкви. Однако весной 1919 г. уверенность в неизбежной и скорой победе Белого дела и скорейшем освобождении Патриарха» была столь велика, что работа, автономного ВВЦУ не воспринималась еще как длительная. Примечательно, что сами руководители Белого движения подчеркивали необходимость активного участия Церкви в борьбе с советской властью. Об этом говорил в своем обращении к Собору главком ВСЮР ген. Деникин: «…Церковь в плену… И я от души приветствую Поместный Собор юга России, поднимающий меч духовный против врагов Родины и Церкви…».
Помимо принятия положения о ВВЦУ, о церковном приходе, Собор принял обращения к Верховному Правителю России адмиралу А.В.Колчаку, Всевеликому Войску Донскому, Терскому и Кубанскому казачьим войскам, ко «всем чадам Православной Церкви и к красноармейцам. В них уже напрямую говорилось о необходимости вооруженной борьбы с советской властью: «все воинства, сражающиеся с большевиками… орудие в руках Божиих… Да укрепит же и да ниспошлет Господь Вседержитель силы на предстоящий бранный подвиг по освобождению не только родного края, но и московских кремлевских святынь…»…
Повседневная церковная жизнь на юге России, так или иначе, оказывалась связанной с Белой властью, ведь эта власть поддерживала Церковь. Многие священнослужители, особенно на Дону и Кубани, участвовали в проповеднической работе в рядах Белой армии. Сохранилось большое количество приказов, распоряжений о награждении священников за «неусыпные труды при исполнении служебных обязанностей», за совершение церковных треб во время «гонений» саном протоиерея и игумена, камилавкой и скуфьёю, наперсным крестом на георгиевской ленте, архипастырским благословением от епархиальных советов. В самом Новочеркасске был заложен храм «Освобождения Дона» в честь Чудотворной иконы Божией Матери Аксайской. Дон и Кубань в 1918–1919 г.г. были выделены в самостоятельные епархии: Кубанскую (из состава Ставропольской) и Ростовскую и Новочеркасскую (из состава Екатеринославской). С июня 1919 г. в Новочеркасске при епархиальном училище начали работу военно-проповеднические курсы, готовившие пропагандистов для работы на фронте, в запасных частях предполагалось ежегодно готовить до 30 пропагандистов. Во всех полках ВСЮР были восстановлены должности полковых священников…