На этом история полемики не завершилась: как комментарий уже к обеим статьям (Н. А. Заозерского и Л. А. Тихомирова) вскоре, в ноябре 1903 г., была написана работа профессора МДА по кафедре истории философии П. В. Тихомирова, однофамильца Л. А. Тихомирова. Появилась она в «Богословском вестнике» — в январском и февральском его номерах за 1904 г. Отметив факт долговечности петровского церковного управления, П. В. Тихомиров признал, что «за весь этот период трудно указать такое время, когда бы как в духовенстве, так и в народе не существовало скрытого недовольства своими церковными порядками, проявлявшегося иногда и в форме открытой критики и протестов». По словам профессора, за последние 30–40 лет и духовная, и светская журналистика постоянно возвращаются к этому вопросу.
Действительно, в 1860-е гг., в эпоху Великих реформ, вопрос о месте Православной Церкви в русском обществе, равно как и проблема церковных реформ были весьма актуальны и привлекали внимание современников. Однако в дальнейшем, особенно в годы правления императора Александра III и обер-прокурорства К. П. Победоносцева, ситуация кардинальным образом изменилась. Только с 1890-х годов вновь начала разгораться полемика. Об этом Тихомиров и напоминал своим читателям. «Теперь старый вопрос опять поставлен на очередь», — отмечал он. Сделав эти предварительные замечания, профессор решил осветить только одну принципиально важную историко-каноническую сторону вопроса о церковном управлении.
По его мнению, существовавшая в русской Церкви форма этого управления введена была без соблюдения необходимых канонических условий. Далее, рассмотрев те основания, которые приводились для оправдания церковной реформы Петра Великого, П. В. Тихомиров делал вывод, что «приговор об их каноническом достоинстве приходится дать отрицательный». Более того, профессор заявил, что светская власть в России провозгласила принцип своего верховенства над Православной Церковью и de facto захватила в свои руки ее высшее управление. А этот захват Церковь не одобрила и не признала. Следовательно, свое «теперешнее» (то есть синодальное) состояние Церковь могла признавать только временным. В петровской синодальной системе, писал П. В. Тихомиров, решительно нечем дорожить, а стремление к ее реформе необходимо приветствовать, возродив в церковной жизни господство «канонической соборности».
Впрочем, помимо публицистических статей, в которых резко критиковалось антиканоническое положение Православной Церкви и предлагались меры по решению церковного вопроса, тогда же увидела свет и апологетическая брошюра барона А. А. Икскуля «Отношения государства к религии». Можно предположить, что заинтересованной стороной в издании брошюры выступала светская власть, ибо проводимые Икскулем мысли должны были доказать одну «непреложную» истину: реформа Петра Великого не испортила, а исправила существовавшие в России церковно-государственные отношения. Не разделяя известную и популярную в Европе идею итальянского политика Кавура о свободной Церкви в свободном государстве, барон заявлял, что при разработке законоположений, касающихся религии, необходимо избегать мер, которые отталкивали бы государство от религии, ибо религия — не частное дело.
«Едва ли можно сомневаться в правильности вывода, — писал А. А. Икскуль, — что, воспрещая в деле религии все, что государству вредит, правительство не должно, однако, установлять при этом стеснений, не вызываемых действительною, безусловною необходимостью». При этом он подчеркивал, что духовенству не следует обладать государственной властью, точно так же как и последней не следует претендовать на непосредственное церковное управление. Автор много говорил о вреде принудительных мер в области религии, стараясь проиллюстрировать это доказательствами, взятыми не из российской, а из европейской практики. После такого экскурса барон специально остановился на религиозных проблемах, существовавших в России, указав, что «нигде в мире не существует, кажется, такой живой связи между государством и Церковью», как в нашей стране.