Казалось бы, должен последовать разбор последних публикаций, в которых анализировались церковно-государственные отношения и церковная реформа Петра Великого. Но автор поступил иначе. Понимая, что лучшая оборона — это нападение, барон заявил, что русская государственная власть совершенно правильно поступила, упразднив патриаршество, поскольку оно «стремилось подняться на царскую высоту и могло бы, в своих отношениях к непосредственным и прямым государственным задачам, присваивать себе те же нежелательные вмешательства в них и соперничества, которыми отличается папство». В этих словах слышны отголоски «Духовного регламента» Феофана Прокоповича, писавшего в начале XVIII в. о вреде патриаршества по причине непонимания простым народом отличий духовной власти от самодержавной. По существу, А. А. Икскуль вновь популяризировал старый тезис: самодержавие не терпит двоевластия.
Однако Икскуль позволил себе и более серьезный разбор проблемы, полагая желательным расширение свободы веры до свободы совести. По мнению автора, это не привело бы к отпадению православных в католицизм или протестантизм, но ослабило бы переход православных в русские расколы, «совпадающие с русским характером и настроением». Иллюстрировал сказанное пример старообрядцев, численность которых не уменьшалась из-за законодательных воспрещений. В качестве доказательств из новейшей литературы А. А. Икскуль использовал только газету «Гражданин».
Это было не случайно. Барон признавался в конце своего труда, что при его составлении руководствовался высочайшим повелением «укрепить неуклонное соблюдение властями, с делами веры соприкасающимися, заветов веротерпимости, начертанных в Основных законах империи Российской, которые, благоговейно почитая Православную Церковь первенствующей и господствующей, предоставляют всем подданным нашим инославных и иноверных исповеданий свободное отправление их веры и богослужения по обрядам оной».
Как известно, эти слова взяты из манифеста 26 февраля 1903 г., в составлении которого В. П. Мещерский принимал самое живое участие. Князь еще с 1902 г. стал проводить в своем проправительственном издании идею гармонии свободы и самодержавия и, разумеется, хотел, чтобы эта мысль вошла в манифест. Но «либерализм» Мещерского сочли неуместным в официальном документе, и Николай II вместе с В. К. Плеве изъяли соответствующий пассаж. Видимо, не желая оставлять своей идеи, князь решил популяризовать ее в брошюре А. А. Икскуля, тем более что вопрос о церковных реформах в тот период активно обсуждался в печати. Понимание актуальности вопроса о свободе совести для эффективного решения стоящих перед Православной Церковью проблем свидетельствовало, что и в правительственных (или околоправительственных) кругах сознавали неизбежность реформ, но не представляли еще путей, по которым можно было бы провести эти реформы наиболее безболезненно.
Однако даже подобные статьи, авторы которых, оправдывая синодальную петровскую систему, все-таки полагали важным делом укрепление начал веротерпимости в империи, были неприемлемы для обер-прокурора, ибо свидетельствовали о необходимости серьезных изменений в духовной сфере, то есть находили тогдашнее положение Православной Церкви неудовлетворительным.
В конце концов жертвой этой дискуссии все же стал и К. П. Победоносцев — символ неизменности религиозно-политических порядков, существовавших в императорской России. 2 ноября 1904 г. в газете «Русское слово» был опубликован антипобедоносцевский памфлет молодого священника Григория Петрова — популярного в те годы петербургского проповедника, преподавателя богословия в Политехническом институте и настоятеля церкви при Артиллерийской академии. Не называя обер-прокурора по имени, автор совершенно призрачно намекал на него — современники без труда могли узнать в «страшном нигилисте» (так назывался фельетон) именно Победоносцева. Через два дня «Страшный нигилист», правда уже под иным названием — «Великий инквизитор» — появился на страницах «Санкт-Петербургских ведомостей».
Спустя несколько дней начальник Главного управления по делам печати Н. А. Зверев уверял своих знакомых, что про фельетон ему никто не доложил, стремясь подчеркнуть свою непричастность к появлению на страницах легальной русской прессы политического обвинения в адрес многолетнего обер-прокурора Святейшего Синода. То, что фельетон был написан священником, можно рассматривать как определенное «знамение времени»: самый факт публикации, последующая ее перепечатка, а также безнаказанность автора — все это показывало недееспособность победоносцевской системы управления Церковью. И дело было не столько в личности обер-прокурора, сколько в том, что эта личность олицетворяла.