Император согласился с предложением и оставил на записке резолюцию: «Изъять вопрос из Совещания и передать на рассмотрение Святейшего Синода». В тот же день, 13 марта, К. П. Победоносцев контрассигновал императорскую подпись. Обер-прокурор Святейшего Синода мог праздновать победу: представлявшееся ему опасным дело было вырвано из рук С. Ю. Витте. Однако победа Победоносцева была пирровой, и в этом он смог убедиться буквально через несколько дней.
Первоприсутствующий член Святейшего Синода митрополит Антоний уже 14 марта откровенно написал обер-прокурору о том, что сделанный им шаг — неправильный, так как в Комитете министров вопрос о церковных преобразованиях «вырастал органически из ранее поставленных вопросов религиозного порядка. Чрез Комитет само государство сказало бы, что оно снимает самим же им наложенные на церковную жизнь узы и предоставляет Церкви самой рассудить о способах устройства церковного управления по каноническим основаниям. Вот тогда бы, — полагал митрополит, — и началась работа Синода по организации Поместного Собора для устройства церковных дел».
Ответил Победоносцеву и Витте. Председатель Комитета министров прежде всего констатировал отсутствие у Победоносцева возражений по основному вопросу — о неканоническом характере церковной реформы Петра Великого. Витте справедливо полагал, что критиковавшееся обер-прокурором состояние церковной жизни при патриархах не давало оснований к разрыву с каноническим порядком церковного управления. В ответе С. Ю. Витте разбирались также и отдельные пункты записки К. П. Победоносцева: о возможном ослаблении церковно-государственных связей, о совершенном устранении из духовного ведомства бюрократического элемента, о средствах обеспечения духовенства, о несении духовенством полицейско-сыскных функций и о недочетах духовной школы. По всем пунктам ответ давал жесткую и аргументированную критику, свидетельствовавшую о том, что церковное «общественное мнение», симпатии историков Церкви и богословов — на стороне Витте, что его позиция «канонически аргументирована» лучше, чем позиция, защищавшаяся К. П. Победоносцевым.
Но обер-прокурор не обратил тогда внимания ни на заявления С. Ю. Витте, ни на слова митрополита Антония, тем более что последнему он в то время уже не доверял. Расчет Победоносцева был вполне ясен: с помощью подконтрольного (как он думал) Синода показать Императору, что никакой реформы Церкви не требуется, что иерархи вполне довольны состоянием дел и самим институтом высшего церковного управления. Однако его надеждам не суждено было исполниться. Иерархи выказали полную поддержку идее реформы Церкви, решив использовать, сколь возможно, полученное право рассмотреть вопрос «о желательных преобразованиях».
17 марта 1905 г. Святейший Синод официально выслушал предложение обер-прокурора от 13 марта о том, что ранее предложенный к обсуждению в особом Совещании министров и председателей департаментов Государственного Совета вопрос переносится на его рассмотрение. Дабы исполнить высочайшую волю, члены церковного правительства признали необходимым пересмотреть существовавшее в России государственное положение Православной Церкви, «ввиду изменившегося положения инославных исповеданий, глаголемых старообрядцев и сектантов, и преобразовать управление церковное». С этой целью Святейший Синод полагал необходимым прежде всего ввести в свой состав, наряду с постоянными, членов, вызываемых поочередно «из иерархов Российской Церкви», и возглавить Синод, «чести ради Российского государства», Патриархом, облеченным полномочиями областного архиерея. Это заявление можно было прочитать и таким образом, будто Патриарх виделся членам Святейшего Синода лишь декоративной фигурой (по крайней мере, указание на «областные полномочия» Патриарха дает возможность сделать подобное предположение). Таким образом, светские власти предупреждались о том, что властных «поползновений» у сторонников восстановления патриаршества нет.
Далее предлагалось созвать в Москве Поместный Собор из всех епархиальных епископов (или их представителей), на котором обсудить принципиальные вопросы церковной жизни. Среди этих вопросов значились следующие: о разделении России на церковные округа, управляемые митрополитами, что вызывалось «необходимостью передачи дел второстепенной важности из высшего управления в местные управления»; о пересмотре законоположений об органах епархиального управления и суда; о реформе прихода; об усовершенствовании духовных школ; о пересмотре законов о церковной собственности; о епархиальных съездах; о праве иерархов участвовать в заседаниях Государственного Совета и Комитета министров, а рядового духовенства — в местных городских, сельских и земских учреждениях при рассмотрении вопросов, затрагивавших интересы Церкви.