Святейший Синод просил императора созвать «в благопотребное время» в Москве Поместный Собор, избрать Патриарха и разрешить поставленные выше вопросы. 22 марта документ подписали семь членов Святейшего Синода: три митрополита — Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский), Московский Владимир (Богоявленский) и Киевский Флавиан (Городецкий), архиепископ Финляндский Николай (Налимов) и епископы — Волынский Антоний (Храповицкий), Владимирский Никон (Софийский), Винницкий Климент (Берниковский). Примечательно, что замещавший Победоносцева в заседаниях В. К. Саблер не только встал на сторону митрополита Антония и других приверженцев реформы, но также принял на себя редакцию текста всеподданнейшего доклада!
Однако этим действия синодалов не ограничились. Уже 18 марта 1905 г. они подготовили и подписали специальное обращение к государю, в котором поблагодарили его за «почин делу великому, вечному и святому» — рассмотрению дела о церковных преобразованиях. Указав на благо восстановления соборного начала, «теперь не действующего», иерархи подчеркнули, что в нем заключается творческая сила и высшее нравственное достоинство Церкви, «а управляющие поместными Церквами Патриархи и митрополиты <…> стараются о том, чтобы обычное течение церковной жизни продолжалось в строгом согласовании с соборными постановлениями». Члены Святейшего Синода, таким образом, заявили, что инициатор реформ — сам Государь, а они — лишь исполнители его высочайшей воли.
Для Победоносцева это был неприятный сюрприз. Уже через два дня после заседания Святейшего Синода, проходившего 17 марта, и спустя сутки после подписания иерархами обращения к Николаю II он решил личным письмом известить императора о происшедшем. Разговор о церковных реформах, по мнению Победоносцева, был явно несвоевременным в условиях смуты, царившей в стране (разгоралась революция, в дальнейшем названная Первой). Он вновь повторял старые упреки, что поднял этот вопрос митрополит Антоний «по личному соглашению с председателем Комитета министров» и что все направлено главным образом против должности обер-прокурора. Зная, что Государь не был противником созыва Собора, Победоносцев не стал тогда писать о ненужности Собора, лишь указав на трудности его созыва в современной ситуации.
Обер-прокурор знал, что делал: ведь уже 23 марта 1905 г., по своей должностной обязанности, он официально передал Государю всеподданнейший доклад Святейшего Синода. К этому докладу был приложен и проект высочайшего указа Святейшему Синоду, который, по мнению иерархов, император вполне мог одобрить. «С сердечным сочувствием соизволяя на постановление Святейшего Синода о поставлении строя церковного управления в соответствие с применением к оному соборного начала, — говорилось в проекте указа, — не оставлю в благопотребное по нынешним обстоятельствам время созвать для сего по древнему примеру православных императоров Поместный Собор всероссийской Церкви». Наличие проекта высочайшего указа говорит само за себя: подготовившие его иерархи надеялись на утверждение своего доклада.
В отличие от них, обер-прокурор не мог вдохновляться перспективами кардинальных изменений всего строя церковной жизни. Видимо, поэтому спустя шесть дней после первого письма, 25 марта, Победоносцев решился вновь обратиться к Николаю II. В новом послании обер-прокурор указывал, что церковная реформа «изобретена» митрополитом, что Собор принес бы только смуту, что, «кроме небольшого кружка некоторых здешних священников, монахов, профессоров, возбуждающих митрополита, простые русские люди и все белое духовенство, во множестве сельское с белым, возмущены до глубины души и шлют отчаянные вопли, проклиная участников дела и называя их гапонцами».
Делая такие заявления, Победоносцев мог опираться и на консервативную прессу, например на «Московские ведомости». Именно в этой газете, ранее опубликовавшей статьи Л. А. Тихомирова о насущных церковных преобразованиях, 25 марта 1905 г. была помещена заметка с характерным названием «Церковный переворот». «Не более недели назад, — говорилось в ней, — никто из православных русских людей, — кроме, может быть, немногих посвященных в тайны митрополита Антония и С. Ю. Витте, — не подозревал, что к числу множества переворотов и попыток к переворотам, приводящих Россию во внутреннее бессилие при борьбе с внешним врагом, присоединится еще переворот церковный». Газета указывала, что «семидневным переворотом» был попран дух церковного канона, состоящий в единении мысли и воли всей Церкви. Лихорадочность и скороспелость реформы, убеждали «Московские ведомости», неизбежно будет иметь множество ошибок. Кроме того, и время выбрано неудачно: Отечество переживает тяжелую войну, и стремление именно теперь провести церковные изменения заставляет задуматься над вопросом: не с целью ли захвата власти решились на них церковные реформаторы? Заметка была на руку Победоносцеву, доказывая правильность его тезиса о «простых русских людях, возмущенных до глубины души» действиями инициаторов церковной реформы.