Итак, слово было сказано. С той поры митрополиты получили возможность самостоятельно решать вопросы церковного строительства, имея на то высочайшее разрешение. Уже через две с половиной недели, 14 января 1906 г., Святейший Синод принял решение о создании специального Предсоборного Присутствия для предварительного обсуждения всех намеченных к соборному рассмотрению вопросов. Быстро был определен и список лиц, призванных к работе в Присутствии. Его составили как архиереи и клирики, так и миряне — профессора духовных школ и знатоки различных богословских вопросов. В течение всего 1906 г. список неоднократно пополнялся и изменялся. «Церковные ведомости» регулярно сообщали об этом. К работе Присутствия привлекались компетентные специалисты, которые могли разобраться в хитросплетениях церковно-государственных отношений и предложить осуществимый в России проект внутрицерковных изменений. Имена членов Предсоборного Присутствия были широко известны не только в церковных кругах империи, но и за границей. Среди них были митрополиты: Петербургский Антоний (Вадковский) — председатель Предсоборного Присутствия, Московский Владимир (Богоявленский), Киевский Флавиан (Городецкий); архиепископы: Херсонский Димитрий (Ковальницкий), Литовский Никандр (Молчанов), Ярославский Иаков (Пятницкий), Финляндский Сергий (Страгородский); епископы: Волынский Антоний (Храповицкий),
Псковский Арсений (Стадницкий), Могилевский Стефан (Архангельский). В самом конце работ, 24 ноября 1906 г., в Присутствие был приглашен Сухумский епископ Кирион (Садзагелов). Впрочем, архиереи не имели в Присутствии большинства, большинство составляли священники (например, профессора-протоиереи Михаил Горчаков, Тимофей Буткевич, Федор Титов и др.) и богословы-миряне (например, профессора Н. А. Заозерский, Н. Н. Глубоковский, А. И. Бриллиантов и др.)* В конце марта 1906 г. император повелел ввести в состав Присутствия светских ученых, известных своей приверженностью церковной реформе и глубокой религиозностью (например, «неославянофилов» А. А. Киреева, Д. А. Хомякова, Ф. Д. Самарина). Всего принять участие в работе было приглашено 49 человек. Со времен Петра Великого это была первая попытка обсудить вопросы, необходимые для созыва Поместного Собора и проведения реформ в Русской Церкви. На этом пути избежать ошибок было практически невозможно, как невозможно было и уравновесить все интересы. Однако, несмотря на трудности, Предсоборное Присутствие все-таки было созвано и успело обсудить многие актуальные для Церкви вопросы.
Предсоборное Присутствие приступило к работе 8 марта 1906 г. в Александро-Невской Лавре, но регулярные заседания начались 14 марта 1906 г. и продолжались до 13 июня, затем был объявлен перерыв, и работа возобновилась лишь 1 ноября, чтобы окончательно прекратиться 15 декабря. Таким образом, Предсоборное Присутствие активно действовало лишь четыре с половиной месяца. Если принять во внимание то, что свою работу оно начинало в один из наиболее острых периодов борьбы с революцией, а завершило в то время, когда революция была почти полностью подавлена, станет ясно, почему интерес светских властей к созыву Собора за несколько месяцев резко понизился: в стране изменилась политическая обстановка. В условиях относительной стабилизации государственной машины у светских властей вызывало опасения дальнейшее укрепление церковной самостоятельности, влекущее за собой корректировку церковно-государственных отношений. Впрочем, первоначально же никто не сомневался в эффективности предстоявших богословам трудов.
Работа происходила в отделах (их было семь) и в общем собрании. Предполагалось, что все рассмотренные в отделах вопросы будут затем «пропущены» через общее собрание Присутствия. Однако для этого не хватило времени. На общем собрании были полностью рассмотрены работы первого и второго отделов и лишь некоторые разработки отделов с третьего по седьмой.
Первый отдел Присутствия, которым руководил архиепископ Херсонский Димитрий, оказался наиболее представительным: 26 членов, подавляющее большинство — профессора духовных академий. Заседания проходили в зале Училищного совета при Святейшем Синоде (Кабинетская ул., 13). Задачей отдела было рассмотреть вопрос о составе Поместного Собора и порядке решения дел на нем, а также проблему преобразования центрального церковного управления. Главное, что удалось полностью рассмотреть первому отделу и представить на общее собрание, а затем и на утверждение императора, — это проект положения о составе Собора (за исключением порядка выборов на Собор депутатов от клира и мирян).