Второй отдел, руководимый архиепископом Литовским Никандром, рассматривал вопрос о разделении России на митрополичьи округа, об их организации и о преобразовании местного церковного управления. В его состав входило 13 человек, причем некоторые из них были также и членами других отделов (например, первого). Работал второй отдел на Синодальном Преображенском подворье (Большая Подьяческая ул., 32).
Третий отдел под руководством архиепископа Ярославского Иакова занимался вопросами об организации церковного суда и пересмотре брачных законов, включая законы о смешанных браках. Заседания происходили в статистическом отделе Училищного совета, на той же Кабинетской улице. Для работы в отделе записалось всего 9 человек.
Четвертый отдел (председатель — епископ Могилевский Стефан), в работе которого участвовало 13 человек, исследовал один из наиболее болезненных в русской церковной жизни вопросов — о благоустроении прихода, а также вопросы о церковной школе, о порядке приобретения церковной собственности, о епархиальных съездах и участии священнослужителей в общественных и сословных учреждениях. Члены отдела собирались для заседаний в Синодальном архиве, располагавшемся в здании Святейшего Синода.
Пятый отдел под председательством епископа Псковского Арсения обсуждал вопрос о преобразовании духовно-учебных заведений. Участвовать в его работе изъявили желание 20 человек. Они собирались в зале заседаний Учебного комитета, в Святейшем Синоде.
В том же здании, в Синодальном архиве, проходили встречи шестого отдела, занятого делами веры — о единоверии, о старообрядчестве — и некоторыми другими. Восемь членов под председательством Волынского епископа Антония пытались распутать сложный узел взаимоотношений главной конфессии империи с теми, кого еще совсем недавно называли «раскольниками» и с кем велась активная борьба.
Последний, седьмой, отдел занимался анализом мер, необходимых «к ограждению православной веры и христианского благочестия от неправых учений и толкований ввиду укрепления начал веротерпимости в империи». Председателем этого небольшого отдела (в его работе принимали участие всего 7 человек) был архиепископ Финляндский Сергий. Заседания проходили в библиотеке Училищного совета на Кабинетской улице.
В общем собрании Предсоборного Присутствия был рассмотрен важный вопрос о правах будущего Патриарха, с необходимостью избрания которого согласились практически все. Он должен был председательствовать в Синоде, руководить его заседаниями, наблюдать за исполнением его решений и правильным течением дел во всех синодальных учреждениях. К Патриарху переходило право сноситься с иными поместными Церквями (по частным вопросам — от себя, по общим — от имени Синода) и с государственными органами. Оговаривалось право Патриарха непосредственно ходатайствовать о церковных нуждах перед императором и давать ему ежегодный отчет о внутреннем состоянии Церкви, что ранее было прерогативой обер-прокурора. Именно Патриарх должен был следить за правильным замещением архиерейских кафедр, быть арбитром при решении епископских дел, созывать Соборы («с ведома Синода и с соизволения Государя императора»). Имея «преимущества чести», Патриарх в случае каких-либо правонарушений подлежал епископскому суду «по благоусмотрению Государя императора».
Впрочем, высшее церковное управление не принадлежало патриарху единолично: приоритет сохранялся за Поместным Собором. Собору должна была принадлежать вся полнота власти в Церкви — законодательной, руководительной, ревизионной и высшей судебной. При этом Соборы должны были созываться не реже одного раза в десять лет.
Члены Предсоборного Присутствия признали, что отношения Церкви к государству в России определяются принадлежностью императора к Православию. Некоторые исследователи называли положенный в основу церковно-государственных отношений принцип «историческим», а не «отвлеченным». Логика была проста: раз так было в Византии и в России, то менять ничего не следует. Но, стремясь сохранить существовавшую модель отношений, трудно было надеяться на ослабление государственного контроля в церковных делах.