Члены Присутствия, предлагая свои изменения, были убеждены, что император поддержит своей властью Православную Церковь, разделив светское и церковное начала. Однако то, что хорошо в теории, часто трудно осуществляется на практике…
Положение, выработанное на заседаниях общего собрания и принятое в качестве официального документа Предсоборного Присутствия, предусматривало для императора право «решающего голоса»: новые постановления Церковь могла, как и раньше, издавать только с его разрешения, только с его разрешения могли созываться Соборы и ему же принадлежало право одобрения избранного Собором патриарха. Однако проект лишал царя его главного инструмента влияния на Церковь — обер-прокуратуры.
Осенью 1906 г. стало ясно, что Предсоборное Присутствие вскоре должно завершить свою деятельность. Трудно понять, что заставило власти так спешить с окончанием работ и даже назначать конкретную дату (15 декабря) их завершения. Проще было бы потребовать скорейшего по возможности завершения работ, но не определять сроки. Можно предположить, что спешили представить императору материалы до Рождества, чтобы уже в новом 1907 г. получить указ о созыве Собора. Это тем более кажется вероятным, что с лета 1906 г. в обществе стало изменяться отношение к будущему Православной Церкви. Не случайно журнал столичной духовной академии, откликаясь на начало осенних заседаний Предсоборного Присутствия, указывал, что возобновление работ прошло почти незамеченным. «Общество и печать, горячо относившиеся к русскому Поместному Собору, пока он был в проекте, все более и более охладевали к нему, по мере того как определялся ход работ в Предсоборном Присутствии. В настоящее время предстоящим Собором в обществе почти уже не интересуются. Мало ждет от него и духовенство». Это был тревожный симптом, свидетельствовавший, что перспективы церковного движения определяются политической жизнью страны. Обсуждение сложных историко-церковных и богословских проблем зависело от того, насколько благоприятной или неблагоприятной будет внутриполитическая ситуация. Осознание того, что созыв Собора не может быть полезен «симфоническому» государству, заставило светские власти поторопить членов Присутствия. В итоге, как отмечает исследователь, заседания Предсоборного Присутствия «были прерваны до завершения работы в отделах, и многие вопросы остались без обсуждения».
25 января 1907 г. император принял трех митрополитов — Антония, Владимира и Флавиана — с докладом работ Предсоборного Присутствия. Практического результата не последовало: точной даты созыва Собора никто не назвал. После победы над революцией созыв Собора воспринимался как событие, которое взбудоражит общество, лишь недавно успокоившееся. В условиях наступавшего политического «затишья» о церковной реформе предпочли временно не говорить: политическая «составляющая» церковной политики оказалась преобладающей. К тому же и в самой Церкви политические пристрастия, стимулируемые революцией, мешали не только разрешению давно назревших проблем, но даже правильному их пониманию.
1907 и начало 1908 гг. стали для светских властей тем временем, когда они искали ответ на вопрос, как корректнее не решать вопрос о восстановлении канонического церковного строя. Официозная пресса вынуждена была оправдывать затянувшуюся паузу, объясняя читателям, почему Собор так и не созывается: подготовительные работы объявлялись незавершенными, а время для Собора — неподходящим. К тому же в условиях, когда Первая и Вторая Думы показали свою нелояльность правительству и оказались распущенными, а Третья только начала свою работу, ожидать «определенной деятельности народного представительства» можно было сколь угодно долго. Так и получилось: церковно-общественная консервативная газета «Колокол», например, в течение первой половины 1908 г. практически ни разу не отозвалась на вопрос о Соборе, предпочитая обсуждать более «актуальные» вопросы.
Однако в церковной жизни наступившего 1908 г. все-таки произошло одно исключительно важное событие, которое современники, кто всерьез, кто в насмешку, назвали «некоторым подобием Всероссийского церковного Собора». Был созван IV Всероссийский миссионерский съезд, проходивший в течение двух недель, с 12 по 26 июля, в Киеве. На съезде присутствовали 3 митрополита, 32 архиепископа и епископа, 6 архимандритов, 152 представителя белого духовенства, 60 профессоров и преподавателей духовных и светских учебных заведений, 45 священников — епархиальных миссионеров и 23 — светских. Были чины центрального церковного управления и синодальные миссионеры, монахи, «ревнители православия» и т. д. Всего — 626 человек. Такое значительное число участников говорило о том, что съезду придавали исключительное значение (тем более что предшествовавший III миссионерский съезд состоялся одиннадцатью годами ранее, в 1897 г.).