С первых же дней войны Православная Церковь приняла самое активное участие в деле организации помощи армии и флоту. Уже 20 июля 1914 г. (по старому стилю) определением за № 6502 Святейший Синод призвал монастыри, церкви и паству делать пожертвования на раненых и на помощь лицам, призванным на войну. Монастыри и другие подведомственные Православной Церкви учреждения призывались подготовить все возможные места под госпитали, а также подыскать способных к уходу за ранеными лиц. Во всех храмах были установлены кружки для пожертвований в пользу Красного Креста и т. п. В тот же день было принято и другое определение (№ 6503) — «об организации во всех православных приходах помощи семьям лиц, находящихся в войсках». В связи с началом боевых действий члены Святейшего Синода приняли также некоторые решения, касавшиеся их личного посильного участия в помощи воевавшей Родине: определением за № 6712 от 29 июля 1914 г. «все получаемое по должности членов или присутствующих в Святейшем Синоде жалованье» было решено жертвовать на основанный в Петрограде лазарет. По представлению ректора столичной Духовной Академии ей. Анастасия (Александрова; 1861–1918) 18 августа 1914 г. Святейший
Синод учредил «Комитет русских духовно-учебных заведений по оказанию помощи больным и раненым воинам действующей российской армии», открывший 17 сентября 1914 г. этапный лазарет в г. Минске. В дальнейшем Комитет развернул еще один подвижной лазарет на Кавказском фронте. Переданные в ведение Главного управления Красного Креста, оба эти лазарета обеспечивались духовно-учебными заведениями ежемесячным содержанием.
Февральская революция 1917 г. стала социальным детонатором антирелигиозных настроений среди недовольных своей жизнью людей. В их представлении Церковь и царство были едины, и десакрализация представлений о царстве естественно сказывалась и на отношении к Церкви. Мировая война расшатала нравственные устои многомиллионной русской армии, костяк которой составляло крестьянство. «Огрубление нравов» и потеря чувства законности (в том числе и «поколебание» понятия о собственности) создавали, по словам современника, «благоприятную почву для разжигания в массах низменных страстей». Все это напрямую касалось Церкви, которая не представляла себя существующей автономно от власти. Власть, в том числе и прежде всего церковная, базировалась на прочном фундаменте традиции. Разрушение «формы» поэтому не могло не сказаться на восприятии содержания. К тому же понять складывавшуюся ситуацию было психологически непросто. В первые дни революции даже Святейший Синод оказался в самом хвосте событий, плохо понимая происходившее. По рассказу товарища последнего обер-прокурора Н. Д. Жевахова, на заседании 26 февраля 1917 г. присутствовали не все иерархи, не было обер-прокурора. Осознавая опасность развивавшегося движения, князь предложил первоприсутствующему члену митрополиту Киевскому Владимиру (Богоявленскому) выпустить воззвание к населению, которое было бы не только зачитано в храмах, но и расклеено на улицах. По мысли Жевахова, воззвание могло явиться грозным предупреждением восставшим со стороны Церкви, влекущим, в случае ослушания, церковную кару. Но его предложение так и осталось всего лишь предложением — члены Святейшего Синода никакого постановления не приняли. Заседание 26 февраля оказалось последним в самодержавной России. Через несколько дней император отрекся от престола и Церковь навсегда лишилась своего Верховного Ктитора. К такому развороту событий она была явно не готова. «Всеобщего ликования» по случаю «свержения самодержавия» большинство архиереев не понимало. «На душе моей лежала тяжесть, — вспоминал впоследствии митрополит Евлогий (Георгиевский; 1868–1948). — Вероятно, многие испытывали то же, что и я».
Временное правительство, как известно, не ликвидировало обер-прокуратуру, оставив светский надзор новой, «демократической» власти над Православной Церковью. Новая власть, вместе со всеми другими властными полномочиями монарха, присвоила себе и право утверждения решений Святейшего Синода. Это не было «анахронизмом» или «случайностью». Временное правительство вовсе не желало полной свободы совести западноевропейского образца, хотя 14 июля 1917 г. и приняло постановление «О свободе совести», узаконившее вневероисповедное состояние. Постановление скорее фиксировало уже происшедшее, чем пыталось разрушить старую церковно-государственную связь. Разумеется, не были забыты и общие принципы свободы совести: униаты и сектанты, например, благодаря постановлению получали право действовать легально. Вскоре после этого было организовано Министерство исповеданий, а должность обер-прокурора Святейшего Правительствующего Синода — уничтожена. Первым и, как оказалось, последним руководителем этого Министерства с 5 августа 1917 г. стал А. В. Карташев (1875–1960).