Впрочем, это стало ясно в те же годы, когда церковная общественность стала вновь серьезно говорить о необходимости церковной реформы и восстановлении канонического строя церковного управления.
Вопрос о церковных реформах в течение многих десятилетий входил в число табуированных. Поднимать его было не столько опасно, сколько бесполезно, так как обер-прокурор Святейшего Правительствующего Синода К. П. Победоносцев искренно полагал, что именно в Церкви хранится необходимый России «запас простоты», надеялся, что духовные средства позволят обойтись без переустройства «учреждений». По мнению Победоносцева, любые разговоры о реформировании строя церковного управления мешали «нормальному» (как он его понимал) течению государственной жизни, поскольку Церковь и царство в России представляли собой нераздельное целое. Именно поэтому он считал принципиально недопустимым пересмотр петровской синодальной системы, почти за двести лет своего существования ставшей вполне «традиционной». Стараясь держать православное духовенство подальше от «злых» вопросов современности, обер-прокурор тем самым содействовал понижению их интеллектуального уровня, отстраненности и отчужденности клира от мира. Вред такого подхода осознавали не только враги Победоносцева, но и его политические друзья.
Чем дальше, тем больше современники понимали, что вопрос из теоретической плоскости неминуемо должен перейти в практическую. Ярким доказательством стала статья, появившаяся весной 1901 г. в богословско-философском журнале «Вера и разум», издававшемся в Харьковской епархии. Представлена она была в виде письма, адресованного архиепископу Харьковскому и Ахтырскому Амвросию (Ключареву; 1820–1901). Маститый иерарх, которому шел восьмой десяток лет, архиепископ Амвросий был известен консервативными взглядами в духе «Московских ведомостей» М. Н. Каткова. «Верой и разумом» он фактически руководил, помещая на страницах журнала те статьи, которые отвечали его религиозно-философским представлениям. Нельзя было и представить, чтобы журнал опубликовал какой-либо материал, не уведомив архиепископа, без его согласия и благословения.
Тем удивительнее кажется опубликованное в «Вере и разуме» письмо некоего почетного гражданина «из бывших духовных» Иеронима Преображенского, который совершенно открыто заявлял о ненормальных церковно-государственных отношениях, сложившихся в России с петровских времен. Преображенский писал, что после неудачи Патриарха Никона в XVII в. Церковь навсегда подчинилась власти государей и по существу всегда играла роль «чего изволите», согласуясь «духу времени». Не избежал критических нападок и обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев. Пророчески звучали слова автора письма, когда он, резюмируя, задавался вопросом, окажется ли несправедливым предположение, «что все наше духовенство, в лице своих представителей, при изменившемся сверху режиме, так же будет славословить государя конституционного, как славит оно теперь самодержавного. Итак, зачем лицемерить, ведь не в самодержавии тут сила, а в монархе». И хотя И. Преображенский надеялся на лучшее («на будущее надо смотреть с упованием»), тем не менее с горечью констатировал, что ни он, ни архиепископ Амвросий, по старости, не доживут «до того времени, когда Церковь наша очистится от всякой лжи, неправды и всего несущественного». Это было первое открытое заявление такого рода, сделанное в православном журнале с ведома православного архиерея. Именно публикация в «Вере и разуме» и положила начало активному обсуждению исключительно важных проблем церковно-государственных отношений и показала, что игнорировать многочисленные нестроения синодального устройства уже невозможно.