К тому же, начиная разговор о церковных проблемах, авторы неминуемо поднимали вопрос о религиозно-нравственном состоянии общества, которое представлялось им исключительно ненормальным. Например, защищавший архиепископа Амвросия от нападок публицист Л. Багрецов указывал на умственную и нравственную эпидемию, переживавшуюся, по его мнению, в то время и состоявшую «в отрицании Бога, Богом установленной власти и всего духовного в мире и человеке. Она грозит гибелью, — подчеркивал автор, — всякому общественному порядку, религии, грозит поколебать самые основы нашей святой Церкви и государства».
Вскоре архиепископ Амвросий скончался, и о письме И. Преображенского предпочли более не вспоминать. Но слово было сказано, и тем важнее оно было, что прозвучало при поддержке одного из старейших русских иерархов, известного своими богословскими и публицистическими выступлениями не меньше, чем консервативностью взглядов. Это значило, что даже иерархи Православной Церкви переставали соглашаться с ролью молчаливых статистов, заявляя о своих проблемах так, чтобы убедить государство: от успешности решения церковных проблем зависит и будущее православной империи.
Конечно, и светские власти прекрасно понимали актуальность религиозного вопроса. Доказательством может служить политическое завещание председателя Комитета министров Н. Х. Бунге, еще в 1890-х гг. на первый план ставившего «вопрос о введении широкой веротерпимости».
Однако проведение любых мероприятий в этом направлении предполагало прежде всего дарование прав и свобод главенствовавшей в стране конфессии, в том числе права на самостоятельное, свободное от мелочной регламентации и опеки решение внутрицерковных вопросов. Иначе говоря, необходимо было ослабление государственного контроля. Но понятный в теории вопрос непросто было перевести в практическую плоскость: ведь на протяжении почти двух веков Православная Церковь существовала в теснейшей зависимости от государства и представить последствия даже частичного пересмотра синодальной системы при всем ее несовершенстве было непросто. Это представляло тем большую трудность, что за XVIII и XIX ст. она стала частью единой системы управления империи и ее изменение неминуемо повлекло бы за собой «цепную реакцию», вызвав необходимость реформы других звеньев.
Немаловажным оставался и психологический фактор: воспитанные в духе безропотного послушания воле обер-прокурора, православные иерархи не имели опыта и традиций противостояния светской власти (за исключением нескольких инцидентов, например с ростовским митрополитом XVIII в. Арсением Мацеевичем, за противодействие церковной политике Екатерины II лишенного не только кафедры, но и монашества и переименованного в Андрея Враля). Отсутствие таких традиций, привычка опираться в трудных случаях на государственную помощь создавали дополнительные проблемы в случае изменения церковно-государственного устройства. К тому же многолетний обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев не уважал русскую иерархию, не доверял ей, признавая только внешнюю государственную силу. Характерный пример: как-то раз один из почитателей К. П. Победоносцева выразил восхищение единодушием епископов на сессиях Святейшего Синода, на что обер-прокурор цинично заявил: «Они нарушают единство своими подписями: у каждого из них разный почерк».