Такое недоверие, в свою очередь, самым негативным образом сказывалось на внутрицерковных отношениях: между архиереями и белым духовенством, между приходскими священниками и православными мирянами. По точному замечанию известного юриста и общественного деятеля А. Ф. Кони, Победоносцев «допускал существование условий, в которых росли среди духовенства те чувства обиды и ненависти к светской власти, которые так ярко вспыхнули при освободительном движении».
Все это необходимо учитывать, когда заходит речь о событиях, предшествовавших и сопутствовавших церковным реформам начала XX в. Впрочем, несмотря на имевшиеся сложности, духовенство и церковная общественность постепенно стали заявлять о проблемах, не боясь (или боясь меньше, чем ранее) недовольства обер-прокурора. Главными центрами, откуда доносились голоса о насущности реформ, были Духовные Академии — Московская, Казанская и Санкт-Петербургская. Профессора этих духовных школ «создали для реформы огромную подготовку в богословском сознании». Но более всего в деле популяризации вопроса об изменении антиканонического устройства православного церковного управления сделали москвичи — как профессора Духовной Академии, так и православные миряне. Одним из важных этапов на пути подготовки общественного сознания к проведению церковных реформ стала статья известного церковного публициста, бывшего революционера Л. А. Тихомирова (1852–1923).
В декабре 1902 г. в «Московских ведомостях» он опубликовал большую работу под названием «Запросы жизни и наше церковное управление». В этой статье откровенно заявлялось, что необходимо восстановить нарушенный Петром Великим строй церковного управления, что «учреждения 1721 года вышли неудачными», хотя, по его мнению, принципиально и не исказили государственно-церковных отношений. Подобная поправка в тех условиях была необходима, поскольку позволяла говорить о реформе, избегая критики государственного всевластия в церковных делах. Именно поэтому Тихомиров акцентировал внимание на том, что церковное управление построено не сообразно с собственными законными принципами и основная причина тому — сохранение устарелого принципа коллегиальности, введенного сподвижником Петра — архиепископом Феофаном Прокоповичем — под прикрытием идеи соборности.
Предложения сводились к следующему. Прежде всего, Тихомиров считал необходимым возобновить и время от времени созывать Поместные Соборы, которых Святейший Синод никак не может заменить. Во-вторых, в самом Святейшем Синоде требуется разъединить функции, «ошибочно слитые воедино по вине несостоятельной и всюду отброшенной идеи коллегиальности». Это значило, что первенствующий член Святейшего Синода («митрополит резиденции государя Императора») получит все права Синода по управительным функциям, то есть права Патриарха. Далее, остальной состав Святейшего Синода сохранит свои совещательные функции, при этом его состав усилится присоединением к вызываемым членам ученых архимандритов и протоиереев. Обер-прокуратура в результате проведенных изменений должна вернуться к своей основной функции государственного надзора за законным течением дел церковного управления. Этому должна способствовать и передача права контактов с верховной властью от обер-прокурора первосвятительствующему митрополиту или Патриарху, «если первосвятитель получил бы такое наименование, для того чтобы не умалять внешнего престижа России в отношении восточных патриархий, и особенно в отношении Рима».
Таким образом, резюмировал Тихомиров, все было бы приведено в действенное состояние, тем более что органы церковного управления не уничтожены, а как бы «зарыты» в смешении всех в одно учреждение и поэтому лишаются «возможности исполнить удовлетворительно хотя бы и одну из возложенных функций». Подход публициста к проблеме нельзя не признать исключительно тонким: понимая бесперспективность критики синодальной системы и проведенной Петром в XVIII столетии церковной реформы, Тихомиров предлагает вернуться к мысли великого преобразователя России о «сильном и важном правительстве церковном», подмечая, что этого одинаково требуют интересы и Церкви, и государства. На фоне постоянно звучавших тогда заявлений о росте неверия и слабом влиянии Церкви не только на образованное общество, но и на простой народ, мысли автора могли встретить самое внимательное и доброжелательное отношение.