Новым доказательством этой заинтересованности стала очередная статья Л. А. Тихомирова «Государственность и религия», опубликованная в «Московских ведомостях» в конце февраля — начале марта 1903 г. В ней Тихомиров выступал против усвоения государством религиозного индифферентизма как принципа, так как религия всегда неразрывно связана с нравственностью. Исходя из этого, автор говорил, что потребность охранить и развить общественную нравственность естественно приводит государство к связи с Церковью. Поэтому-то так важно правильно поставить «союз» гражданского и духовного общества, чтобы они друг другу не только не мешали, но и помогали.
Затем публицист вполне логично обращался к формулированию главной задачи — как государству «дать Церкви самостоятельность, возможность быть такою организацией, каковою она должна быть по своим законам, и при этом остаться с нею в союзе». При этом Тихомиров полагал, что имеет право быть оптимистичным и ожидать позитивного решения государственно-церковного вопроса, от которого зависит «союзное существование государственности и религии». Оптимизм публициста оправдывался тем, что интерес светских властей к церковным проблемам чувствовался тогда вполне явно. К примеру, в манифесте «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка», опубликование которого было приурочено ко дню рождения Императора Александра III — 26 февраля, имелась статья, в которой указывалось на необходимость деятельно продолжать мероприятия, направленные к улучшению материального положения сельского духовенства и подъему его значения в общественной жизни паствы. Разумеется, в манифесте подчеркивалось и первенствующее значение Православной Церкви.
Стоит также заметить, что в проекте манифеста 26 февраля 1903 г., составленном близким к Николаю II издателем консервативной газеты «Гражданин» князем В. П. Мещерским, имелся пункт, предполагавший разработку условий, «на которых могла бы быть расширена разумная свобода слова и совести, в согласовании оной с духом нашей Церкви и государственного строя». Однако эта статья подверглась редактированию в первую очередь. Из нее вначале убрали, превратив в самостоятельную статью, положение о свободе совести и развили тему о роли Православной Церкви как «первенствующей и господствующей». В окончательной же редакции Государь вычеркнул вовсе статью о свободе слова, фактически исключив и статью о свободе совести.
Но, несмотря на это, важно отметить, что наряду с вопросом о положении Православной Церкви все-таки рассматривался и вопрос о свободе совести. Значит, светские власти понимали их взаимосвязь, хотя и не вполне представляли, как «технически» сохранить первенство и одновременно претворить в жизнь принцип свободы совести. С другой стороны, заявив в манифесте о необходимости участия клириков в жизни паствы, власти показали свою заинтересованность в большей, чем наблюдалась ранее, социальной активности Православной Церкви и выразили неудовлетворенность состоянием религиозного окормления мирян.
В апреле 1903 г. Император в ходе посещения Москвы заехал в Новоиерусалимский монастырь, где был погребен известный церковный реформатор Патриарх Никон. Пресса откликнулась на это посещение, заявив, что могила святителя «теперь настоящий символ примирения царя и патриарха». «Московские ведомости» не забыли указать, что только впоследствии, с появлением в России протестантских влияний, личное столкновение царя Алексея Михайловича и патриарха Никона «раздули для потомства в образчик будто бы принципиального столкновения власти церковной и государственной и сделали из памяти Никона орудие для искажения столь благотворного союза власти верховной и святительской».
Более откровенно высказаться было трудно: газета, опубликовавшая к тому времени уже серию статей Л. А. Тихомирова, однозначно высказывалась в пользу восстановления патриаршества, доказывая государю, что его власть от этого только укрепится. Не случайно Патриарх Никон назывался в заметке «другом царским»; неизвестный автор ставил вопрос, когда же наконец засияет прежней жизнью символическое место «царя мира». У газеты имелись для таких вопросов веские основания: в церковных кругах было известно, что Николай II читал записку Л. А. Тихомирова и соглашался с ней. Более того, по словам генерала А. А. Киреева, «в уме государя в Москве, очевидно, боролись какие-то противоречивые течения. Несомненно, предполагалось что-то серьезное в области Церкви. В типографии чиновники сидели до 9 часов субботы (перед Пасхой), но их распустили». К сожалению, не известно, что планировалось объявить: прямых материалов на этот счет обнаружить не удалось. Но косвенные данные (сообщение Киреева и заметка в «Московских ведомостях») свидетельствуют, что государственных решений о Церкви ждали. К тому же весной 1903 г., очевидно, в Москве у митрополита Антония (Вадковского) состоялся разговор с дядей царя, московским генерал-губернатором великим князем Сергеем Александровичем. Разговор касался необходимости изменения строя церковной жизни. Сергей Александрович сочувствовал церковным реформам. А спустя месяц, в мае 1903 г., министр внутренних дел В. К. Плеве рассказал митрополиту Антонию, что у него состоялся разговор с государем и что он, Плеве, хотел бы поговорить с Владыкой о необходимости переустройства церковного управления на основах канонов. Хотя разговор так и не состоялся, у столичного архипастыря сложилось впечатление, что Николай II этим вопросом серьезно занят.