Перед отъездом они получили от Флавиана и Евсевия обращение к Римскому престолу. В Рим обратился и Феодорит. От папы он ждал формального пересмотра всего дела. Он обращался к нему, как к предстоятелю еще не высказавшейся поместной церкви, к тому же в особенности независимой от Константинопольского давления. Кроме Рима некуда было обратиться. Восток был бессилен и ослаблен. Александрия и Константинополь были во власти врагов. Феодорит ждал от папы вмешательства в качестве третейского судьи. Расчет на помощь Рима оправдался. Деяний Диоскорова соборища папа не признал. Феодорита Римский собор, по-видимому, принял в общение, восстановил его в епископском достоинстве. Сам Феодорит в это время жил в своем удаленном Апамийском монастыре, по-видимому, в большой нужде. В своих письмах он продолжал жаловаться на свое несправедливое «убиение», и подчеркивал догматический смысл поднятого против него гонения. В особенности, его смущало и тревожило малодушие большинства, запуганного и подавленного крутым поведением Диоскора. «Какие полипы изменяют свой цвет сообразно скалам или хамелеоны свою краску сообразно листьям так, как эти переменяют свое мнение, смотря по времени», скорбно спрашивал Феодорит. И призывал всех заботиться об «акривии». Он много пишет в это время, и в своих письмах разъясняет христологические истины, опровергая вместе с тем распространяемые врагами лжетолкования и клеветы. Как на образец точного догматического толкования он указывает на томос папы Льва к Флавиану, не принятый на разбойничьем соборе, но впоследствии одобренный на Халкидонском соборе. «Как только я прочитал его, — писал Феодорит, — я восхвалил человеколюбивого Господа, что Он не оставил совсем Церквей, но сохранил искру православия, и даже не искру, но величайший огонь, могущий воспламенить и осветить вселенную»... С воцарением Маркиана положение в империи изменилось. Изгнанникам было разрешено вернуться, вернулся в Кир и Феодорит. 17-го мая 451 года была издана императорская сакра о созыве собора на 1-ое сентября в Никее. Это отвечало желаниям Феодорита, прямо просившего «созвать собор не из людей мятежных и бродяг, но из таких, которым вверены дела Божии»... На соборе Феодорит был встречен бурно. Египтяне отказывались признавать его, как епископа, и заседать с ним. Но «сенат» и императорские сановники, поддерживаемые «восточными», встали на защиту Феодорита, как явившегося истцом и обвинителем против собора 449 года. В соборных голосованиях и рассуждениях он с самого начала принимал участие, как его полноправный член. На восьмом заседании Феодорит был восстановлен на своей Кирской кафедре, — и «всякое сомнение на счет боголюбезнейшего Феодорита разрешилось». От него потребовали только прямой анафемы на Нестория. Из соборных деяний видно, что Феодорит как будто пробовал от этого уклониться, предлагая прочесть свое собственное вероизложение, чтобы установить, как он верует и учит. «Меня оклеветали, — говорил он, — и я пришел доказать, что я православный. Я проклинаю Нестория и Евтихия, но не буду говорить об этом, пока не изложу, как я верую»... Очевидно, он боялся, что простое осуждение Нестория окажется двусмысленным, ибо на нем могут согласиться совсем не единомысленные между собою православные и монофизиты. Отлучение Нестория еще не решает вопроса о православии отлучающего. Поэтому, когда собор не пожелал слушать его подробного исповедания, Феодорит прибавил к анафеме на Нестория ссылку на уже состоявшиеся определения (орос) собора и на томос папы Льва. Во всяком случае Феодорит был восстановлен и возвращен на кафедру. О жизни Феодорита после Халкидонского собора неизвестно почти ничего. В последние годы своей жизни он, по-видимому, сторонился от церковных событий, хотя еще в 453 году его к этому особым посланием призывал папа Лев. Скончался он, вероятно, в 457 году.