Спор о Феодорите не прекратился с его смертью. Уже после Халкидонского собора против него выступил на Западе Марий Меркатор, известный своею борьбою с пелагианами. Он обвинял Феодорита в несторианстве и доказывал свое обвинение сопоставлением выдержек из Феодорита с сочинениями Феодора (Мопсуестийского) и Нестория, с одной стороны, и Кирилла, папы Целестина и определениями Ефесского собора, с другой. Такой подбор и сопоставление оказывались очень неблагоприятными для Феодорита. В разбор воззрений Феодорита по существу Марий Меркатор не входил. Практических последствий это полемическое выступление не имело. Положение обострилось позже. Само собой понятно, что в монофизитских кругах к Феодориту затаили непримиримую вражду. Для монофизитов осуждение Феодорита, естественно, связывалось с отрицанием Халкидонского собора, на котором его приняли в общение и признали его православие. В конце V-го века император Анастасий прямо поставил вопрос об анафематствовании Феодорита. В то же время выступил против него Филоксен Иерапольский, подбиравший из его творений соблазнительные места. С течением времени возбуждение нарастало и в 520 году император Юстин свидетельствовал, что «Феодорит всюду обвиняется в заблуждении по вере». В противовес этим толкам в Кире устраивали торжественные собрания в честь и в память блаженного епископа... При Юстиниане наступление монофизитов стало в особенности бурным. На Константинопольском собеседовании между севирианами и православными в 531 г. снова было прямо поставлен вопрос о Феодорите. Монофизиты подвергали сомнению искренность его отречения от Нестория в Халкидоне. Снова возникал вопрос о смысле разногласия между Феодоритом и Кириллом... Так постепенно назревал вопрос о «трех главах», о Феодорите, Иве и Феодоре. Этот вопрос был резко поставлен Юстинианом в его эдикте, вероятно, 544 года (известен только в пересказе и ссылках). По-видимому, здесь немного говорилось о Феодорите. Ему вменяли в вину возражения против святого Кирилла и порицание Ефесского собора. Юстиниан старался разделить вопрос о Феодорите и о Халкидонском соборе, и утверждал, что ни Феодорит, ни Ива не принимали участия в догматических деяниях собора, что они были призваны на собор уже после осуждения Евтихия и Диоскора и после составления вероизложения... Под угрозой изгнания Юстиниану удалось добиться согласия на осуждение «трех глав» от патриарха Константинопольского Мины и от других патриархов. Папа Вигилий еще раньше дал свое согласие. Но Запад выразил решительный протест, особенно Африканские клирики. Вигилий переменил тогда свое отношение и, вытребованный императором в Константинополь, стал здесь в оппозицию — и произнес на патриарха Мину отлучение. Впрочем, вскоре он снова уступает императору. Однако, на него опять оказывают давление. Гермианский епископ Факунд представляет обширный труд «В защиту трех глав». О Феодорите Факунд говорил немного, но старался по существу разъяснить смысл его разногласий с Кириллом и оправдать вообще поведение «восточных» в Ефесе. Вместе с тем Факунд раскрывает те выводы, которые можно сделать из осуждения «глав» в подрыв значения Халкидонского собора. Он опровергает Юстиниана, будто Ива и Феодорит не участвовали в деяниях собора. И заключает: «Сочинения Феодорита против блаженного Кирилла не могут быть осуждены без того, чтобы чрез это не показался предосудительным и Халкидонский собор, потому что Феодорит принимал участие в его рассуждениях и определениях, защищал письмо папы Льва, опровергающее безумие Евтихия, и доказал его правоту для непонимающих». Не без влияния Факундовой защиты папа Вигилий в своем новом суждении (11-го апреля 548 года) говорит о «главах» очень мягко, оговаривает неприкосновенность и достоинство бывших соборов, и ограничивает свое осуждение в отношении Феодорита только его возражениями против «глав» Кирилла. Но и это суждение папы вызвало протесты по всему Западу, и в 549 году Вигилий снова отказался от него. В 551 году Юстиниан возобновляет вопрос о «трех главах» в своем «исповедании веры». Здесь вопрос о Феодорите сводится к его борьбе против Ефесского собора и против святого Кирилла, и к отдельным его выражениям. Вместе с тем Юстиниан подчеркивает признание Халкидонского собора. Во время этих колеблющихся решений и суждений вопрос понемногу освобождался от монофизитского освещения. Окончательное решение он получил на V-ом Вселенском соборе. В подробностях своих ход дела на соборе для нас не вполне ясен. Но общий смысл соборного решения вполне определенный. Личность Феодорита, как человека и учителя, и правота его веры признаны выше подозрений. Но в числе его творений обнаружены такие, которые по разным причинам, по неосторожности и необдуманности изложения и языка, должны быть признаны соблазнительными. Собор определил отвергнуть «то, что нечестиво написал Феодорит против правой веры и против двенадцати глав святого Кирилла, и против первого Ефесского собора, и что написано им в защиту Феодора и Нестория». Это не было отлучением Феодорита, но означало отрицание догматического авторитета за его неудачной полемикой со святым Кириллом, что не дает, однако, права к сомнению в его правомыслии вообще. Такое именно толкование постановлениям V-го собора было дано тогда же папою. Так именно восприняло их и церковное сознание. Феодорит почитается в Церкви, как блаженный муж среди отцов Халкидонского собора и учителей благочестия. Но его богословские суждения приемлются с оговорками, с учетом неточности и неосторожности в изложении и языке.