В новое время выдвинута была и так называемая теория целевого имущества, согласно которой нет надобности отыскивать субъекта права церковной собственности, церковное имущество принадлежит не физическим и юридическим лицам, а той или иной цели или назначению. Эта теория получила широкое распространение среди канонистов-католиков, но она отвергалась цивилистами-специалистами по гражданскому праву как логически несостоятельная, ибо цель, утверждают они, непременно предполагает лицо, преследующее ее.
В XVII и XVIII вв. в противовес теории общецерковного права и под влиянием антихристианской идеологии естественного права складывается так называемая публицистическая теория, которая право собственности церковного имущества переносила на государство. Эта теория вполне соответствовала государственно-правовым доктринам протестантского мира. Она же послужила обоснованием секуляризации церковных владений, которая проводилась в XVIII и XIX вв. в православных и католических странах, в том числе и в России, хотя при проведении секуляризации у нас в 1764 году в манифесте Екатерины II не было ссылок на данное учение, напротив, утверждалось, что правительство пошло на это мероприятие ради «славы имени Божия».
В эпоху Реформации протестантскими учеными была выдвинута еще одна — церковно-общинная теория, согласно которой собственником церковного имущества является община как корпорация. Ввиду неполноты этой теории даже применительно к протестантским церквам и невозможности ее действия в Католической Церкви, которая не рассматривает епархию или приход как самостоятельный субъект каких-либо прав, в XIX веке сформулирована была еще одна, близкая к ней теория, но более гибкая — так называемая институтная. Согласно этой теории субъектом церковной собственности являются и общины-корпорации, и институты, основанные не на корпоративной или коллегиальной основе, а подчиненные воле их учредителей. Названная теория позволяла считать субъектами церковной собственности как церковные общины, так и церковные институты. Такие идеи выдвигались в области теории права.
Что касается положительного права, то в Католической Церкви субъектом права церковной собственности признаются:
1. mensa episcopalis — епископские дома;
2. кафедральные и коллегиальные капитулы, т. е. духовные корпорации при церквах, соответствующих нашим соборам;
3. приходская должность и служащее для ее обеспечения имущество (beneficium);
4. церковная фабрика fabrica ecclesiae, — фиктивный субъект, материальным субстратом которого служит имущество, предназначенное для сооружения, устроения и поддержания храма и богослужения;
5. монашеские ордена и конгрегации;
6. учебные и благотворительные церковные заведения.
В российском законодательстве синодальной эпохи говорится об имуществе, принадлежащем Святейшему Синоду, архиерейским домам, приходским церквам без разделения fabrica и beneficium, как на Западе, а также монастырям, православным женским общинам, бесприходным городским храмам (кафедральным, кладбищенским и ружным), духовно-учебным заведениям, попечительствам о бедных духовного звания, епархиальному духовенству, в собственности которого находились свечные заводы и денежные капиталы.
Неприкосновенность имущества Церкви и церковных учреждений, в зависимости от правовой системы того или иного государства и от статуса Церкви в нем, защищается теми или иными законами. Сама же Церковь не имеет ни власти, ни права защищать свое достояние санкциями принудительного характера; она располагает для этого средствами иного, духовного характера. 42 правило Карфагенского Собора гласит: «Определено такожде, чтобы пресвитеры, без соизволения своих епископов, не продавали вещей церкви, в которой посвящены. Равно и епископам не позволительно продавати церковныя земли, без ведома Собора или своих пресвитеров. Того ради, кроме нужды, и епископу не позволительно расточати вещи, находящиеся в церковной описи». А Отцы VII Вселенского Собора в 12 правиле изрекли: «Аще кто, епископ или игумен, окажется что-либо из угодий, принадлежащих епископии, или монастырю, продавшим в руки властей, или отдавшим иному лицу: не твердо да будет оное отдаяние, по правилу Святых Апостол, глаголющему: епископ да имеет попечение о всех церковных вещах, и оными да распоряжает, яко Богу назирающу; но не позволительно ему присвояти что-либо из оных, или сродникам своим дарити принадлежащее Богу: аще же суть неимущие, да подает им яко неимущим, но под сим предлогом да не продает принадлежащаго Церкви (Ап. 38). Аще поставляют в предлог, что земля причиняет убыток, и никакой пользы не доставляет, то и в сем случае не отдавати поля местным начальникам, но клирикам или земледельцам. Аще же употребят лукавый оборот, и властелин перекупит землю у клирика, или земледельца, то и в сем случае продажа да будет недействительна, и проданное да будет возвращено епископии, или монастырю, а епископ, или игумен, тако поступающий, да будет изгнан: епископ из епископии, игумен из монастыря, яко зле расточающие то, чего не собрали».