Стоглав отменил «несудимые» грамоты, тем самым сделав все монастыри и приходские причты подсудными своим епископам. Светским судам он запретил судить духовных лиц. В соборных постановлениях осуждались распространенные в народном быту бесчинства и пережитки язычества; судебные поединки, скоморошеские представления, азартные игры, пьянство.
Многие постановления Стоглава касаются богослужения. Некоторые из них (о двуперстии, о сугубой аллилуии) стали впоследствии знаменем для старообрядцев. Эти постановления были отменены Большим Московским Собором 1667 г., который объяснил факт их принятия «простотою и невежеством» Отцов Стоглава.
Вопреки постановлению Собора 1503 г., Стоглав разрешил взимание ставленнических пошлин, но установил для них, равно как и для треб, твердую таксу. При этом было решено, что все эти дани должны собирать не архиерейские чиновники, а поповские старосты и десятильники.
Собор 1572 г. издал грамоту о четвертом браке Ивана Грозного. В виде исключения этот брак не расторгли, но на царя наложили епитимию. На основании «Томоса единения» Собор подтвердил недопустимость четвертого брака, подлежащего непременному расторжению.
Постановлением Собора 1580 г. архиерейским домам и монастырям запрещалось приобретать новые земельные владения. Исключение было сделано лишь для бедных монастырей, но и они могли получать новые вотчины только через царские пожалования.
Источники русского церковного права эпохи Патриаршества
После учреждения Патриаршества в Москве в 1589 г. Поместный Собор 1590 г. издал деяние с грамотой Константинопольского Патриарха Иеремии II об избрании Патриархом Иова и о Патриаршем титуле его преемников. Это деяние помещено в начале печатной «Кормчей».
В XVII веке Соборы продолжали оставаться высшей церковной инстанцией. Собор 1621 г. при Патриархе Филарете вынес постановление о перекрещивании католиков, лютеран и реформатов, присоединяемых к Православной Церкви. Это постановление в отношении католиков отменено Собором 1656 г., а Собором 1667 г. отменено полностью.
Собор 1666 г. созванный для суда над расколоучителями, издал «Наставления благочиния церковного» как руководство для приходских священников.
Собор 1667 г. при царе Алексее Михайловиче вошел в историю под названием Большого Московского. В его деяниях участвовали Восточные Патриархи: Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Собор был созван для суда над Патриархом Никоном.
Помимо приговора по делу Патриарха, Собор отменил постановления Стоглава, благоприятные старообрядчеству, а также постановление Филаретовского Собора о перекрещивании западных христиан и запрет священнослужения вдовым священникам и диаконам. Отцы Большого Московского Собора воспретили рукополагать невежд. Священникам Собор повелел обучать своих детей грамоте.
Вступивших во второй брак священнослужителей Собор постановил лишить сана, но дозволять им петь на клиросе или вступать на государеву службу, кроме военной. Мирянам вновь было воспрещено судить клириков за церковные преступления. Повторены были на Соборе прежние постановления о наказании еретиков не только церковными, но и «градскими» казнями. Собор запретил постригать одного из супругов без согласия другого, а также требовать от постригающихся вкладов в монастырь. Запрещено было посвящать за Литургией более одного епископа, священника и диакона, самовольно открывать мощи без предварительного дознания и соборного постановления.
Архимандритам Собор благословил носить митру, если богослужение не возглавляет епископ. По постановлению Собора 1667 г., митрополиты стали носить белые клобуки, а диаконы и священники — скуфью.
Норму взаимоотношений церковной и государственной власти Большой Московский Собор выразил так: царь имеет преимущество в делах политических, а Патриарх — в церковных. Постановления Собора упомянуты в «Духовном регламенте» (1721 г.) как действующие законы. Они были включены в «Полное собрание законов Российской Империи».
Собор 1675 г. пересмотрел «Архиерейский Чиновник» и установил положения о преимуществах и отличиях Патриарха, митрополита, архиепископа, епископа и других иерархических лиц; о последовании мироосвящения и освящения антиминса. Собор запретил священникам отдавать свои места в приданое дочерям, с тем чтобы эти места переходили к зятьям. Постановления Собора были напечатаны как дополнения к «Архиерейскому Чиновнику».