Одновременно, в начале 1950-х годов, проводилась и военная реформа, одним из элементов которой явилось восстановление отмененной после Северного похода системы войсковых политкомиссаров для усиления идейно-политического воспитания солдат и укрепления партийного контроля за действиями командиров. Отсутствие должного воспитания, считал Чан, привело к тому, что «воля к борьбе с врагом ослабла и боевой дух оказался полностью утрачен. Более того, солдаты не понимали, что следует защищать народ и объединяться с ним, они же, напротив, притесняли его без всяких ограничений. Так что военная дисциплина полностью отсутствовала». Начальником Главного политуправления министерства обороны Чан в апреле 1950 года назначил своего сына Цзинго, у которого, однако, вскоре возникли напряженные отношения с начальником группы американских военных советников генералом Чейзом. Генерал был недоволен тем, что Главное политуправление, как он считал, играет роль «секретной службы» Гоминьдана в армии, а потому «недемократично». Он требовал поставить политуправление под контроль своей группы. Но Чан встал на сторону сына, и Чейз в конце июля 1955 года ушел в отставку.
Была осуществлена и реорганизация армии. К осени 1953 года вооруженные силы Тайваня были сокращены в два раза — до 600 тысяч человек (с двадцати до десяти армий) и перевооружены американским оружием. Их боеспособность существенно повысилась: американские советники и инструкторы знали свое дело.
Одновременно Цзинго организовал массовую кампанию по вовлечению военнослужащих в Гоминьдан, чтобы превратить тайваньскую армию в партийную. Проводилась кампания энергично, и к 1954 году из 600 тысяч солдат и офицеров 210 тысяч (то есть более одной трети) уже были членами партии.
Все эти реформы проходили на фоне усиления авторитарного правления Гоминьдана и при колоссальных расходах на оборону — до 70 процентов годового бюджета. Чан и его единомышленники отказывались признать, что гражданская война закончилась. Для них она продолжалась и после того, как американцы взяли на себя обеспечение их безопасности, а потому обещание Чана соблюдать основные права человека не выполнялось. Помимо введения военного положения, на Тайване был установлен жесточайший белый террор, направленный против «красной опасности». Руководимые Цзинго секретные службы Гоминьдана повсеместно разоблачали «коммунистов», «шпионов» и «вредителей», среди которых оказались даже несколько генералов армии и их жены. За первые десять лет террора арестованы были тысячи людей. Из них не менее двух тысяч — расстреляны, а восемь тысяч получили суровые тюремные сроки; многие были брошены в концентрационный лагерь, созданный по приказу Цзинго на острове Люйдао (Зеленый остров), расположенном к юго-востоку от Тайваня. Лагерь носил издевательское название — Институт новой жизни.
Одной из жертв террора стал и генерал Сунь Лижэнь, заговорщические планы которого стали, по-видимому, известны Чану. В июне 1954 года генерал был смещен с поста главкома вооруженных сил и назначен на второстепенную должность начальника личного штаба Чан Кайши. А в августе следующего года — отправлен под домашний арест. (Он выйдет на свободу только через 13 лет после смерти Чана, в марте 1988 года, и будет реабилитирован.)
В апреле 1953 года либеральный губернатор Тайваня К. С. У после попытки покушения на его жизнь ушел в отставку. Вместе с женой он бежал в США, откуда 27 февраля 1954 года послал депутатам тайваньского Национального собрания открытое письмо, в котором осудил однопартийный режим, превращение национальной армии в партийную, введение института политкомиссаров, разгул белого террора спецслужб Цзян Цзинго, нарушение прав человека и свободы слова. В ответ в официальной тайваньской прессе поднялась волна обвинений в адрес К. С. У в «предательстве» и «коррупции». Но бывший губернатор не только не замолчал, но и усилил атаку на террористический режим Чан Кайши. Он начал писать письма Чану и давать интервью американским журналистам. (В результате Чан исключил его из партии, но чтобы как-то сбить волну критики в свой адрес, летом 1954 года позволил его сыну, который оставался в заложниках на Тайване, воссоединиться с родителями.)