Несмотря на новый успех, Чапаев вновь обращается к командованию 4-й армии. 7 августа он телеграфировал:
«Ввиду восстания банд “зеленых” я боюсь за свою дивизию, как это было с 22 дивизией и с остальными частями, которые действовали на уральском фронте. У “зеленых” имеется достаточно седел, винтовок, бомб и патронов, то есть все то, что подобрано ими от 22 дивизии при отступлении. Требую в категорической форме дать мне право на ликвидацию этих повстанцев, зная из долголетнего опыта, что никогда фронт не будет спокоен и прочен, если тыл в опасности. За время уральского похода из строя дивизии выбыло около 3 тысяч лошадей, и орудия возить не на чем. Часть орудий бездействует ввиду неимения лошадей, подвод с тыла не дают… я наступление дальнейшее остановил и с форп. Бударинский дальше не пойду, пока не будет ликвидировано восстание в тылу. Отряды, высланные вами для ликвидации восстания “зеленых”, я на них не надеюсь как на слабо организованные части, которые способны при удобном случае передать оружие противнику… Жду срочного ответа».
И снова типичное нарушение воинской субординации, которое к тому же мало оправдывалось реальной обстановкой: Чапаев получил на усиление Самарскую крепостную бригаду, части которой можно было использовать для очищения тыла. Отряды дезертиров в Саратовской и Самарской губерниях к середине лета 1919 года были значительно ослаблены из-за постоянных столкновений с частями Внутренней охраны и Красной армии, людских потерь и большого расхода боеприпасов. Немало бывших красноармейцев и крестьян, уклонившихся прежде от службы в армии, покинули ряды «зеленых» после серии амнистий, которые освобождение от наказаний сдавшихся сочетали с репрессиями против семей злостных дезертиров: они могли подвергнуться разорительному штрафу, лишиться части земельного надела и скота, не исключалась и угроза высылки в отдаленные губернии. Командарм Авксентьевский снисходительно относился к эскападам Чапаева в свой адрес из-за выдающихся боевых успехов чапаевской дивизии, он также знал, что начдив 25-й пользуется доверием и расположением Михаила Фрунзе, которого он также ценил. Сам Авксентьевский не слишком опасался обвинений командующего Ударной группой: он работал с Фрунзе еще в Ярославском военном округе с лета 1918 года и знал, что командующий Южгруппой (а затем и фронтом) не привык верить наветам на своих подчиненных и решать кадровые вопросы до того, как сам разберется в существе конфликта.
9 августа части чапаевской дивизии заняли Лбищенск. До трагедии оставалось меньше месяца. Тем временем бурный конфликт между Чапаевым и Фурмановым разрешился росчерком бюрократического пера. 30 июля в штаб дивизии пришла телеграмма об отзыве комиссара в политуправление Туркестанского фронта (в него была преобразована Южная группа Восточного фронта с присоединением 11-й армии Южного фронта). К этому времени, если верить Фурманову, противоречия между ним и Чапаевым сгладились. «Это просто уваживается мое устное ходатайство перед Ревсоветом, когда мы с Чапаем были в Самаре. Но с тех пор уже давно много воды утекло… Мы с Чапаем работаем дружно. Нам расстаться тяжело», — писал в дневнике Фурманов. Начдив не хотел отпускать комиссара, к которому успел привыкнуть, и даже написал рапорт в политуправление с просьбой оставить его в дивизии. Сам Фурманов был вроде как не против остаться и колебался: «Сам я, скажу откровенно, затосковал. Мне все-таки тяжело расставаться с дивизией, в которую врос, с которой сроднился. Особенно теперь, когда я узнал, что она перебрасывается к Царицыну, а там, может быть, и на Северный Кавказ». Но вскоре в штаб дивизии пришла телеграмма с разъяснением, что Фурманов отзывается не из-за конфликта с начальником дивизии, а для получения нового, более высокого назначения по службе.
Прощание, если верить очевидцам, выглядело трогательным. Немало авторов приводят воспоминания шофера Чапаева, Василия Козлова, что «Чапаев долго разговаривал с Главкомом по прямому проводу, горячо возражал против этого решения, доказывал, что Фурманова в дивизии хорошо знают и ценят и что он лично с ним сработался, а когда возражения начдива были отклонены, он с согласия Фурманова послал в штаб армии официальную телеграмму с просьбой отменить решение. Но это ничего не дало».