Дома оставались двое младших детей и Екатерина Семеновна. Сыновья вместе с матерью вели хозяйство: присматривали за скотиной и птицей, старательно возделывали огород. Когда Васе исполнилось 11 лет, отец стал брать его подручным на заработки, приучая к ремеслу. Жизнь входила в размеренную колею, Чепаевы становились одними из многочисленных балаковских обывателей. Однажды жившая по соседству семья священника пригласила Ивана Степановича и Екатерину Семеновну в гости. В разговоре за чаем с баранками оказалось, что соседи — дальние родственники сестры Ивана Степановича. Катерина Семеновна искренне обрадовалась: обрести на новом месте родню, да еще, по крестьянским меркам, привилегированную, было большой удачей. Как писал затем в одной из книг о Чапаеве Иван Кутяков, начдив рассказывал ему о «тяжелом детстве» и жаловался, что «остался неучем» и лишь в армии научился грамоте. Но этот рассказ не соответствует действительности.
Священник отец Владимир старался помогать новым родственникам и однажды, прослушав голос Василия, предложил Ивану отдать сына в церковно-приходскую школу, сказав, что у Васи красивый мальчишеский голос, подходящий для церковного хора. Богобоязненная Катерина искренне желала отдать сына в школу, но Иван долго сопротивлялся. И отец не соглашался отдать своего Васю на обучение с проживанием вне дома, отдельно от родителей. Иван был не против школы: нужен хотя бы один грамотный в семье из семи душ, но не хотел платить за обучение. Кроме того, он опасался, что без родительского надзора сын отобьется от рук. Только после настоятельных уверений отца Владимира в строгости порядков в школе и отсутствии платы за учебу Иван отпустил сына учиться. Василию сперва понравилась перемена обстановки, но через несколько недель он затосковал по дому и родным. Несмотря на печальные думы, мальчик терпеливо пел заданные псалмы. Хормейстер его нахваливал и предсказывал в случае прилежания и удачного стечения обстоятельств место дьякона. Обычное развитие карьеры приводило Василия на клирос — певчим в саратовский хор. С однокашниками у Васи Чепаева дружеские отношения не сложились. Большинство сверстников были детьми церковных служителей или мещан, многие из них считали, что мальчик из бедной крестьянской семьи им не ровня. Василий часто грустил и при свиданиях с домочадцами сетовал на одиночество. Официальные правила и неписаные каноны церковной школы сковывали энергию воспитанников, не позволяли им заняться после уроков веселыми играми, выплеснуть энергию в казаках-разбойниках, салках или подобных развлечениях. Наставники стремились ограничить детскую живость и непосредственность, обуздать самых непоседливых ребят. Даже за громкий смех, не говоря о неизбежных у мальчишек стычках или потасовках, могли наказать: выпороть, отправить в карцер или поставить на колени на горох.
Чапаев проучился чуть меньше трех лет. Наверное, он смог бы продолжать разучивать псалмы и духовные песнопения и дальше, но как-то раз серьезно проштрафился. Духовные наставники решили не ограничиваться по отношению к строптивому ученику обычными увещеваниями или наказаниями. О настоящем или вымышленном проступке сына плотника донесли отцу Владимиру. Тот не только пристыдил воспитанника, пообещав рассказать о его неподобающем поведении родителям (чего Вася очень боялся), но и велел отправить в карцер. Карцер церковной школы существенно отличался от обычного школьного помещения для наказания учеников, где все-таки было относительно тепло и сухо и можно было потихоньку попросить сторожа сбегать за калачом в ближайшую булочную. В церковной школе под карцер было отведено помещение на самом верху старой пожарной каланчи. Доски ветхого строения рассохлись, через щели в стенах свободно проникал ветер, и холод пробирал до костей.
Василия не только раздели, но и заставили снять обувь и босым отправили в карцер. Через час одиннадцатилетний Вася Чапаев понял, что может замерзнуть насмерть. Он уже почти не чувствовал рук и ног, а кроме того, начал впадать в тяжелое забытье.