Еще раньше, в 1560 году, государственной религией Шотландии было провозглашено пресвитерианство, в котором главенствующее место было отведено скорее церковным старостам, чем епископам. Через три года, после одобрения королевой Елизаветой «Тридцати девяти статей», определивших религиозную доктрину, к югу от Адрианова вала была учреждена англиканская церковь. Предполагалось, что после того как Стюарты станут монархами обоих королевств, они будут поддерживать в равной степени оба главных религиозных направления, сосуществовавших без взаимных претензий. Такая задача оказалась невыполнимой, в частности, по той причине, что монарх считался главой англиканской церкви. Для достижения компромисса Стюарты учредили в Шотландии епископальную церковь, по структуре своей являвшуюся полнейшим аналогом англиканской церкви. Но теперь, когда король был обязан поддерживать и третью церковь, положение осложнилось еще больше. В довершение ко всему возникла также и другая проблема. Кроме того, что Стюарты являлись королями Британии, они также были и государями Ирландии (независимость которой была провозглашена лишь в 1921 году) и имели определенные обязательства перед ирландским народом, который по традиции исповедовал католичество.
Елизавета I, не особенно считавшаяся с мнением парламента, оставила после себя огромный государственный долг. Вследствие этого король Яков был вынужден увеличить размеры налогов. Одобрив данную меру, парламент, тем не менее, настоял на том, что монарх не должен копировать диктаторский стиль правления Елизаветы. Ограничив его деятельность целым рядом оговорок, депутаты, по сути дела, лишили короля какой бы то ни было личной власти. Яков отреагировал заявлением о том, что согласно шотландским традициям, он не подотчетен парламенту и несет ответственность только перед Богом и своим народом. Он утверждал, что долг его состоит в том, чтобы от имени народа следить за соблюдением писаной конституции Шотландии и, если возникнет необходимость, выступить с конституционных позиций против церкви и парламента. В отличие от Шотландии, у Англии не было (как и нет в настоящее время) своей писаной конституции, а поэтому люди не могли защитить своих прав и свобод. Существовали только сохранившиеся с феодальных времен традиции, облекавшие властью высшие слои общества.
На протяжении всего времени правления династии Стюартов на первый план неизменно выходили противоречия между соперничавшими фракциями христианской церкви. Силой проводя в жизнь постановление парламента «о религиозном единообразии», касавшееся единого чина богослужения, Яков VI (I) вывел из душевного равновесия католиков и способствовал тем самым возникновению «порохового заговора». Кроме того, насаждая принятый англиканской церковью свой авторизованный перевод Библии, он дал повод протестантам обвинить себя в сговоре с Римом. У королей из рода Стюартов не было другой возможности угодить англичанам, пресвитерианам и католикам, как только проявлять ко всем им полную терпимость. Главная трудность, однако, была в том, что состоявший из англикан парламент не реагировал должным образом на проявления такого рода чувства, в особенности если дело касалось евреев.
Сын Якова, Карл I, взойдя на престол, первым делом позаботился об искоренении в Вестминстере дискриминационного духа. Министры в такой степени погрязли в религиозных и территориальных распрях, что совершенно позабыли о делах государства. Руководствуясь вышеуказанными соображениями, Карл распустил в 1629 году причинявший одни лишь беспокойства парламент и учредил вместо него свою собственную администрацию. Своими действиями монарх завоевал большую популярность в народе. Ему также удалось впервые в XVII столетии сбалансировать государственный бюджет. За шесть лет своего правления он добился более благосклонного расположения своих подданных, нежели это удавалось любому из английских государей, начиная с Генриха VII (1485—1509). Однако по мере того, как крепла мощь закостенелых в своем догматизме пуритан, бразды правления государством ускользали из рук Карла.
Религиозные доктрины надменных англиканских епископов вызывали все большую антипатию в самых широких слоях общества. Неудивительно, что люди быстро принимали сторону пуританских проповедников, которые так же, как и они, осуждали епископат. Король Карл делал все, что мог, для спасения репутации англиканской церкви, но преуспел лишь в том, что потерял множество потенциальных сторонников. В ходе продолжавшейся войны с Испанией король связал себя союзом с Францией, заключив брак с дочерью Генриха IV принцессой Генриеттой-Марией. Этот шаг Карла привел в негодование как англиканскую церковь, так и пуритан, ибо по приезде в Англию супруга короля так и осталась католичкой.