После одиннадцати лет независимого правления обстоятельства вынудили Карла в 1640 году вновь создать парламент. Этому событию предшествовали серьезные проблемы, связанные с попыткой архиепископа Кентерберийского Лода ввести англиканскую церковную службу в Шотландии. Вмешательство в дела автономной пресвитерианской церкви было воспринято шотландцами как кощунственное оскорбление национальных чувств и вызвало всеобщее восстание. Палата общин Вестминстера, состоявшая из пуритан, сразу же обвинила архиепископа Лода в государственной измене, отправив его вслед за этим на эшафот. Участь прелата постигла и первого помощника короля, лорда Страффорда, обезглавленного при огромном стечении народа на одной из лондонских площадей. Затем пуритане энергично взялись за роспуск Звездной палаты — чрезвычайного королевского суда по политическим делам. В 1641 году парламентом была выработана так называемая Великая ремонстрация — длинный перечень злоупотреблений короля за время его единоличного правления.
Сгладив кое-как шотландскую проблему, Карл в следующем году столкнулся с новыми трудностями в Ирландии. Недовольные действиями английских лендлордов и политикой правительства, поощрявшего заселение Ольстера британскими протестантами, католики-ирландцы подняли вооруженное восстание. Карл попытался было подавить военными средствами движение инсургентов, однако парламент твердо решил не выпускать из своих рук контроля над вооруженными силами, резонно опасаясь, что король может обратить оружие в его сторону. После того как Карл попытался лично арестовать пятерых лидеров парламентской оппозиции, путь в Лондон королю был закрыт навсегда. Это было началом гражданской войны.
Король поднял свое знамя в Ноттингеме, сформировав армию из своих сторонников — кавалеров. Командование парламентскими войсками принял на себя Оливер Кромвель — честолюбивый сквайр, член парламента от графства Кембридж. Его кавалерия встретилась с роялистами у Эджгилла, однако сражение закончилось безрезультатно. В отличие от пышно разодетых кавалеров, сторонники Вестминстера имели истинно пуританский вид, подчеркиваемый коротко остриженными волосами. Кавалеры, длинные волосы которых ниспадали до плеч, тут же окрестили своих противников «круглоголовыми». Отличавшиеся отчаянной храбростью и стойкостью в бою латники Кромвеля заслужили кличку «железнобоких».
После сражения при Эджгилле круглоголовые заключили с шотландцами ковенант (общественный договор), согласно которому последние должны были оказать англичанам военную помощь. Парламент со своей стороны обязался ввести по примеру Шотландии государственную пресвитерианскую церковь и взял шотландскую армию на свое содержание. Все это вкупе с 30 тысячами фунтов стерлингов (огромной по тем временам суммой), выплачивавшихся ежемесячно в эдинбургскую казну, оказалось достаточным, чтобы заручиться поддержкой пресвитерианской церкви. Результатом такой помощи стала победа армии Кромвеля, одержанная в 1644 году над роялистами в сражении при Марстон-Муре, близ Йорка.
В следующем году парламентская армия «нового образца» разгромила войско Карла в битве при Нэзби (в Нортгемптоншире). Решающую роль здесь сыграла конница «железнобоких», обрушившаяся на фланг и тыл роялистов. И только после этого солдатам-шотландцам удалось понять истинную натуру своих собратьев по оружию — пуритан. До сих пор скотты видели в них просто представителей другого протестантского течения, родственного их собственному пресвитерианскому направлению. Но теперь они смотрели на вещи широко открытыми глазами. Стало известно, что после битвы при Нэзби круглоголовые жестоко расправились со всеми женщинами-ирландками, обнаруженными в лагере роялистов, зверски изувечили находившихся там же англичанок. Отобрав у шотландцев захваченных ими в бою пленных, они выкололи несчастным глаза, отрезали уши и вырвали языки. На юге Англии подавляющее большинство народа все еще поддерживало дело пуритан, но теперь это аскетичное религиозное течение явило себя в новом свете. Теперь многие видели в нем армию фанатичных преследователей, оспаривавших первенство по жестокости и бесчеловечности у «Святой палаты» католической инквизиции. В недалеком будущем этим самым изуверам суждено было с неистовой мстительностью обрушиться на своих недавних союзников в решимости извести ведьм и колдунов!