Все было кончено, и арест короля Карла являлся лишь вопросом времени. Сдавшись в плен шотландцам, он в 1646 году был близ Ньюарка передан в руки парламента. Бежав в следующем году из парламентского плена на остров Уайт, Карл начал переговоры с приведенной в глубокое замешательство пресвитерианской церковью. Ее руководители признали тот факт, что, приняв сторону пуритан, они активно содействовали крушению своей собственной королевской династии (в отличие от епископальной церкви Шотландии, до конца сохранявшей верность короне). К сожалению, исправить что-то было уже невозможно: выступившая в 1648 году на стороне короля шотландская армия потерпела у Престона катастрофическое поражение. В начале следующего года Карл предстал в Вестминстере перед Верховным судом, который не без колебаний вынес королю смертный приговор. 30 января 1649 года Карл I Стюарт при огромном стечение народа был обезглавлен на площади перед королевским дворцом Уайт-холл. Затем армия пуритан, сметая все на своем пути, ураганом промчалась по Ирландии. По приказу Кромвеля поголовно истреблялись гарнизоны сдавшихся крепостей, а его солдаты тысячами уничтожали ни в чем не повинных мирных жителей. И в этих зверствах огульно был обвинен весь несчастный английский народ.
Отменив законодательным актом королевскую власть, парламент в 1649 году провозгласил Англию республикой. В 1650 году Кромвель возглавил поход на Шотландию и в битве при Денбаре разгромил войско сына покойного короля — принца Уэльского Карла. Несмотря на это, шотландцы в 1651 году короновали принца, провозгласив его королем Карлом II. Новый монарх встретился еще раз с Кромвелем в сражении при Вустере и опять потерпел сокрушительное поражение, вынудившее его искать спасения во Франции.
Два года спустя Кромвель разогнал парламент и учредил республику. Назначив сам себя лордом-протектором, он ввел неприкрытую военную диктатуру — политический режим куда более суровый, нежели все существовавшие прежде. По его распоряжению налагался запрет на богослужение по англиканскому чину, а также празднование в любой форме Рождества и Пасхи. Образование сводилось к минимуму, ограничивалась свобода слова, а собственность подлежала конфискации. Супружеская неверность каралась смертной казнью, а матери-одиночки заключались в тюрьму. Сборища народа разгонялись, запрещались традиционные народные увеселения, а без разрешения государственных надзирателей нельзя было ни открыть таверну, ни произнести проповедь. Любой солдат по своему желанию мог наложить штраф на нарушителей постановлений. Те, кто осмеливался прибегнуть к молитве, молили Господа о скорейшем восстановлении прежних порядков.
Смерть Кромвеля в 1658 году ускорила крушение режима протектората, и диктаторские полномочия унаследовал его сын Ричард. К счастью он не смог долго удержаться на посту протектора. Не обладая ни политическими, ни военными талантами своего отца, Ричард Кромвель с самого начала оказался марионеткой в руках военной клики. В 1660 году собрался новый учредительный парламент — конвент, санкционировавший возвращение к власти Стюартов. Спустя одиннадцать лет после казни своего отца Карл II торжественно вступил в Лондон. Начался период Реставрации.
Карл показал себя умелым правителем и завоевал популярность в разных слоях английского общества. Он реформировал англиканскую церковь и декларировал равные права для всех религиозных конфессий. Несмотря на эти очевидные достижения, политики и духовенство продолжали упорно придерживаться своей линии поведения. Не принимая во внимание мнение короля, они не изъявили ни малейшего желания проявлять терпимость к тем, кто исповедовал иные религиозные убеждения. Особую непримиримость в этой связи они выказывали к иудеям и католикам. Более того, после женитьбы Карла на португальской принцессе Екатерине его противники настойчиво утверждали, что король склоняется в сторону латинской церкви. В связи с этим в 1673 году по настоянию оппозиции парламентом был принят «Акт о присяге», согласно которому присяга по англиканскому образцу была обязательна для каждого поступающего на государственную службу. Тем самым католикам и протестантам-диссидентам закрывали доступ к управлению государством и общественными делами.
Не секрет (хотя, возможно, и не столь общеизвестный факт), что появление первых масонских лож в Британии непосредственно связано с домом Стюартов. Идея ритуальной символики масонства, связанная с существовавшим в средневековье внутрицеховым разделением каменщиков по уровню профессионального мастерства, получила свое развитие во времена правления Карла I. Самые ранние упоминания о вступлениях во франкмасонские ложи относятся к 1640 году. Одной из главных целей этого духовного движения являлось приобретение систематизированных знаний в еще неисследованных областях науки. Следует отметить, что большая часть такого рода научных сведений хранилась в Шотландии еще со времен тамплиеров и цистерцианцев.