Случилось так, однако, что в ходе событий, связанных с Французской буржуазной революцией и последующим завоеванием Наполеоном Папского государства, Генрих основательно подорвал свое здоровье. В 1799 году ему было предложено стать пенсионером британской короны с ежегодной выплатой денежного вспоможения в размере 5 тысяч фунтов стерлингов (порядка 250 тысяч фунтов по современному номиналу). Взамен от кардинала требовалось лишь одно — переписать заново свое завещание. На совместной встрече принца Эдуарда, графини Маргариты и папы римского было достигнуто соглашение о приемлемой перефразировке, и в 1802 году было составлено новое распоряжение с внесенными в него коррективами. Право наследования в переделанном документе по-прежнему оставлялось за принцем Эдуардом, и менялась лишь формулировка заключительной фразы. Выражение «моему племяннику графу Стюартону» в новом завещании заменялось словами «в пользу того государя, которому оно [наследство] переходит в силу де-юре кровного родства».
После смерти Генриха Стюарта в 1807 году король Георг и британский парламент пришли к выводу о еще меньшей приемлемости последнего завещания по сравнению со всеми остальными. Поэтому, игнорируя документ 1802 года, решено было обратиться к завещанию, датированному 1789 годом. Как следствие такого решения, в прессе появилось сообщение о том, что Генрих завещал королевское наследство своему «родственнику графу Стюартону». Надо сказать, что в Англии никому даже в голову не пришло справиться о том, кем же мог быть этот самый «родственник граф Стюартон».
Успешно преодолев первое препятствие, министры Ганноверского дома затем представили исправленное завещание кардинала от 1802 года. Вследствие крайней расплывчатости формулировки («в пользу того государя, которому оно переходит в силу кровного родства») распоряжение Генриха было ловко истолковано в пользу Карла Эммануила IV, бывшего короля Сардинии. Отрекшийся незадолго до этого от престола и принятый в орден иезуитов, он представлялся весьма удобной кандидатурой, ибо наследие Стюартов в этом случае переходило к не имевшему потомства монаху. Карл Эммануил, будучи осведомлен о том, что Стюарты пребывают в добром здравии, направил британскому парламенту послание, в котором благоразумно отказался от предложенного титула. Необходимо сказать, что уверенность его в этом зиждилась не на пустом месте. Еще в бытность Карла Эммануила королем Сардинии, Маргарита и ее сын Эдуард, начиная с 1797 года, проживали в его римской резиденции. Вестминстер, тем не менее, совершенно игнорируя письмо бывшего монарха, полностью скрыл от британцев существование представителей шотландского рода. Историки теперь пишут о «побочной родственной ветви», потомки которой обосновались ныне в Баварии. В действительности же всеми признанный королевский род Стюартов существует и поныне, принимая живое участие в делах европейского конституционного правления.
В 1809 году между сыновьями Георга III вспыхнул жаркий спор, получивший название «войны братьев», касавшийся преданности приверженцев обоих суверенов. Принц Эдуард, герцог Кентский (отец королевы Виктории), принадлежал к обществу франкмасонов, а его брат, принц Август, герцог Сассекский, являлся членом братства тамплиеров. Проблема Эдуарда заключалась в том, что коллеги его брата, тамплиеры, были сторонниками Стюартов. Поскольку его энергичные попытки склонить их на сторону правящей Ганноверской династии закончились неудачей, принц довольствовался созданием внутри существовавшей масонской организации филиала, именовавшегося тамплиерским. Данное направление франкмасонства курировалось герцогом Кентским и придерживалось так называемого «йоркского ритуала». Тамплиеры духовно-рыцарского ордена соблюдали «шотландский ритуал» и находились под покровительством принца Якова Эдуарда Стюарта, второго графа Олбани.
Находясь в изгнании, Стюарты принимали самое деятельное участие в становлении и развитии масонского движения во Франции и Италии. Представители этого рода были неутомимыми пропагандистами и распространителями «шотландского ритуала», характеризовавшегося более высокими степенями масонства и более древними тайными обрядами по сравнению с другими направлениями этого религиозно-этического течения. Выдающееся положение среди деятелей этого движения занимал граф Сен-Жермен — кузен и духовный наставник Карла Эдуарда. Участие самих Стюартов в этих обществах, зиждившееся на строгом соблюдении установленных прав и привилегий, было продиктовано искренним желанием познакомить членов братства с подлинной культурой античности и происхождением древних искусств. В Британии масонские ложи стали удобным местом для организации тайных заговоров против правительства вигов и немецкой династии. Сплоченные по всей стране общностью интересов ложи тори и общества якобитов превратились в главную мишень секретной службы вигов, чьи высокопоставленные агенты умело проникали в эти духовные братства. В более позднее время английское франкмасонство обходилось уже без политических интриг, сосредоточиваясь больше на аллегорической символике, а также заповедях братской любви, веры и милосердия.